L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Gen oilalariga kiruvchi ketma-ketlikni guruhli tahlil qilish guruhning ikkidan ortiq a'zolari o'rtasida aloqalarni o'rnatishni o'z ichiga oladi, bu esa oilaning yashirin konservativ xususiyatlarini aniqlashga imkon beradi.
Bir nechta ketma-ketlikni moslashtirishning maqsadi ketma-ketliklarning tuzilishi to'g'risidagi ma'lumotlarning qisqacha, ammo har tomonlama tavsifini ishlab chiqarishdan iborat bo'lib, uning asosida ushbu ketma-ketliklar ko'rib chiqilayotgan genlar oilasiga tegishli yoki yo'qligini aniqlash mumkin bo'ladi. Juftlik hizalama bilan solishtirganda, bir nechta tekislash evolyutsion konservatizm haqida ko'proq ma'lumot beradi. Ko'p tekislash imkon qadar ma'lumotli bo'lishi uchun u yaqin va uzoqdan bog'liq ketma-ketliklarning teng namunasini o'z ichiga olishi kerak.
Ketma-ketliklarning maqbul ko'p tekisligini qurish uchun mos ustunlarga iloji boricha ko'proq o'xshash belgilar kiritiladi. Ketma-ketliklar guruhini bir nechta tekislash ushbu guruh ichidagi eng o'xshash hududlar haqida ma'lumot berishi mumkin. Proteinlarda bunday hududlar konservativ domenlar bilan ifodalanishi mumkin - funktsional faol yoki tizimli.
Agar bir yoki bir nechta hizalanish a'zolarining tuzilishi ma'lum bo'lsa, ba'zida qaysi aminokislotalar boshqa hizalanish a'zosi oqsillarida o'xshash fazoviy tuzilmalarni hosil qilishini yoki qaysi genlar boshqa hizalanish a'zosi nuklein kislotalari ketma-ketligida bir xil joylarni egallashini taxmin qilish mumkin.
Bir nechta ketma-ketlikni tekislash, shuningdek, guruhning boshqa a'zolariga xos bo'lgan zondlarni bashorat qilish yoki o'xshash ketma-ketliklar oilasini - bir xil yoki turli organizmlardan topish uchun ham qo'llaniladi.

3. 
   Hizalama natijalarini vizualizatsiya qilish.
   

Ko'p protein hizalamalari natijalarini tahlil qilishni osonlashtirish uchun turli xil turdagi aminokislotalar qoldiqlari kompyuter ekranida turli xil ranglar bilan ranglanadi. Bo'yashning mumkin bo'lgan usullaridan biri 16-jadvalda keltirilgan.


16-jadval. Protein ketma-ketligining bir nechta tekislanishini ko'rishda aminokislotalar qoldiqlarini bo'yashning mumkin bo'lgan usullaridan biri

Rang	Qoldiq turi	Aminokislotalar
Sariq	kichik qutbsiz qoldiqlar	Gly, Ala, Ser, Thr
Yashil	Hidrofobik	Cys, Val, He, Leu, Pro, Phe, Tyr, Met, Trp
binafsha	Polar	Asn, Jin, Uning
Qizil	manfiy zaryadlangan	Asp, Glu
Moviy	Ijobiy zaryadlangan	Lys, Arg

Ranglar palitralaridan birini ishlatish misoli rasmda ko'rsatilgan. 3.16. Bir nechta tekislash natijalarini vizualizatsiya qilishning muhim elementi izohlar yoki konsensuslardir.

Annotatsiyaning eng oddiy turi ClustalW dasturi tomonidan qo'llaniladi, unda aminokislotalarning fizik-kimyoviy xossalarini ma'lum bir tekislash holatida (ushbu ustunda) saqlanish darajasi quyidagi belgilar bilan ko'rsatiladi: "*" - "identifikatsiya"; ":" - "konservativ" va "." - ma'lum bir ustun ichida "yarim konservativ" aminokislotalarni almashtirish.