L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Nazorat savollari va topshiriqlari.

1. 
   Tananing axborot arxivi nima?
   
2. 
   DNK molekulalari nima?
   
3. 
   Genetik kod nima?
   
4. 
   Ona davlat nima?
   
5. 
   Axborotga asoslangan bog'liqliklar nima qiladi
   

bioinformatika?

6. 
   Genomik tahlil uchun qanday dastur ishlatiladi?
   
7. 
   Nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasida o'zaro bog'liq ketma-ketliklarni qidirish uchun qanday dastur ishlab chiqilgan?
   
8. 
   Dastur qanday muammoni hal qiladi?Klustal?
   
9. 
   Protein molekulyar tahlili uchun yana qanday dasturlarni bilasiz?
   

2. 
   filogenetik daraxtlar. Filogenetik daraxtlarni qurishda maxsus dasturlardan foydalanish.
   
   1. 
      Filogeniya tushunchasi va filogenetik tahlil.
      

Filogeniya - odatda daraxt shaklida tasvirlangan biologik ketma-ketliklar (organizmlar) o'rtasidagi munosabatlarning tavsifi.
Ketma-ketliklar (organizmlar) o'rtasidagi qayd etilgan o'xshashlik va farqlar filogeniyani qayta qurish uchun ishlatiladi.
Sistematikada filogenetik tahlil taksonlar o'rtasidagi munosabatlarni tavsiflaydi va tirik organizmlar o'rtasidagi evolyutsion munosabatlar tarixini tushunishga yordam berish uchun mo'ljallangan. Filogenetik tahlil natijasida qayta tiklangan evolyutsiya tarixi odatda irsiyning taxminiy nasl-nasabini ifodalovchi shoxlangan, daraxtga o'xshash diagrammalar sifatida tasvirlangan.




Guruch. 5.2. Matlabda biologik ketma-ketliklarni bir necha marta tekislash natijasi.

molekulalar, organizmlar yoki ikkalasi o'rtasidagi munosabatlar. Bu jarayonlarni tushunish uchun asos har bir alohida organizmda umumiy ajdoddan ajralib chiqqandan beri sodir bo'lgan evolyutsion hodisalarning miqdoriy bog'liqligi hisoblanadi. Bunday holda, biz faqat haqiqiy voqealarning bilvosita ko'rsatkichlarini ko'rib chiqamiz. Filogenetikada organizmlar guruhlari orasidagi evolyutsion munosabatlarni vizual tasvirlashning eng qulay usuli filogenetik daraxtlar deb ataladigan grafiklardir. Bunday filogenetik rekonstruksiyalarni amalga oshirish uchun (qoralama modellar sifatida) onlayn dasturlardan foydalanish qulay. Talabalar uchun eng qulayi bu http://www.phylogeny.fr/ saytida mavjud bo'lgan Mutaxassis bo'lmagan dasturiy ta'minot to'plamidir . Phylogeny.fr - bu biologik ketma-ketliklar orasidagi filogenetik munosabatlarni qayta tiklash va tahlil qilishga bag'ishlangan bepul, foydalanish uchun qulay veb-xizmat. Phylogeny.fr serveri ketma-ketliklar toʻplamidan ishonchli filogenetik daraxtni rekonstruksiya qilish maqsadida turli bioinformatika dasturlarini birlashtirishga asoslangan .

2. 
   Phylogeny.fr to'plamida filogenetik tahlilni amalga oshirish bosqichlari
   

1. 
   Dastlab, biz nukleotid yoki aminokislotalar ketma-ketligi bilan faylga ega bo'lishimiz kerak. Biz allaqachon mavjud bo'lgan ketma-ketlik faylidan foydalanamiz, biz FASTA formatlari bilan bir nechta moslashtirish uchun foydalanamiz.
   

Biz kerakli sahifaga o'tamiz ( http://www.phylogeny.fr/ ).