L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Maslahat : Mozilla Firefox veb-brauzeridan foydalaning. Ushbu veb-brauzer Internet Explorer yoki Google Chrome-ga qaraganda ushbu turdagi saytlar va dasturlar bilan tezroq ishlaydi.

2. 
   Filogenetik daraxtni qayta tiklash uchun bir nechta harakatlar bajarilishi kerak. Avvalo, saytdagi taklif qilingan variantlarda bir nechta tekislashni amalga oshiring. Printsip va dasturlar biz yuqorida ko'rib chiqqanlar bilan bir xil. Bular bizga ma'lum
   

MUSCLE, Kluastal V. Bizga noma'lum dasturlardan - T-Coffee va ProbCons. Biz (masalan) MUSCLE dasturini tanlaymiz va bog'langan havolani bosing. Biz dastur oynasi bilan sahifaga o'tamiz (5.3-rasm) va fayldan ketma-ketliklarimizni joylashtiramiz.



Guruch. 5.3. Phylogeny.fr serverining boshlang'ich sahifasi.
Bunday holda, ketma-ketlik turi uchun variantlarni o'zingiz belgilashingiz shart emas. Keyin Submit tugmasini bosing va ish natijasini kuting (5.4-rasm)


<■ f "wwfhjfogeyA C ' Sxgle P ♦ *' W
Filogeniya tahlili haqida
"Bir marta bosish"
O'zingizning ketma-ketliklar to'plamini joylashtiring va dasturiy ta'minot sizning nomingizdan qaror qabul qilishiga ruxsat bering (Har bir qadam ma'lumotlaringiz uchun optimallashtirilgan).
"Kengaytirilgan"
Turli bosqichlar uchun parametrlarni qo'lda o'rnating.
"A la Carte"
Mavjud bo'lgan ko'proq dasturlardan foydalanib, o'zingizning filogeniya ish oqimini yarating.
O Qo'shnilaringiz ketma-ketligini o'rganing
Bitta ketma-ketlikni joylashtiring, Blast-ni ishga tushiring va uning gomologik ketma-ketliklarini o'rganing.
E Onlayn filogeniya dasturlari
Shaxsga to'g'ridan-to'g'ri kirish
Bir nechta tekislash


Guruch. 5.4. Phylogeny.fr serverining dastur bloklari bilan bosh sahifasi.
dastur tomonidan taklif qilingan formatlardan birida tekislangan ketma-ketliklarni olishimiz kerak . Buni aniqroq qilish uchun FASTA formatini tanlaymiz (5.6-rasm). Hizalama natijasi yaqin atrofdagi oynada ochiladi va uni nusxalash yoki saqlash mumkin.



Guruch. 5.5. Phylogeny.fr serveridagi MUSCLE dasturi oynasi.

2. 
   Filogeniyani blokirovka qilish dasturlari:
   

PhyML - maksimal ehtimollik usuliga asoslangan algoritmdan foydalanadi. Matematik statistikada maksimal ehtimollik bahosi yoki maksimal ehtimollik bahosi (MLE) - ehtimollik funksiyasini maksimallashtirish orqali noma'lum parametrni baholash usuli. Ushbu usul odatda ketma-ketliklar guruhidagi kuzatilgan o'zgarishlarni eng yaxshi tushuntiradigan evolyutsion daraxt yoki daraxtlarni topish uchun ishlatiladi. Maksimal ehtimollik usuli evolyutsion modeldagi ehtimollik usullarini tushunishni talab qiladi.



Guruch. 5.7. Filogenetik rekonstruksiyani amalga oshiradigan belgilangan dasturlar blokiga ega Phylogeny.fr server sahifasi.

Bu algoritmning kamchiligi shundaki, oddiy kompyuterlar ko‘p sonli uzun ketma-ketliklarni samarali va tez qayta ishlay olmaydi, chunki bular ketma-ketliklarni takroriy sanab o‘tish va ko‘plab hisoblash bosqichlariga asoslangan ko‘p bosqichli algoritmlardir. Maksimal ehtimollik □o'xshashlik usulidan foydalanganda biz ma'lumotlarni haqiqiyga "yaqinroq" qiladigan model parametrlarining qiymatlarini olamiz. Maslahat : 60 harfdan ortiq ketma-ketlikni ishlatmang.

TNT - ushbu algoritmda amalga oshirilgan maksimal tejamkorlik printsipi "Occam's Razor" deb nomlangan uslubiy tamoyilda tuzilgan. Qisqacha aytganda, u shunday deydi: "Kishi keraksiz narsalarni ko'paytirmaslik kerak". Filogeniyada bu tamoyil eng ko'p afzal qilingan filogenetik daraxt, evolyutsion o'zgarishlarning minimal sonini o'z ichiga olgan, lekin evolyutsiya jarayonini maksimal darajada tushuntiradigan, ya'ni. eng konservativ - barcha ketma-ketliklar uchun eng kam sonli mutatsiyalarni talab qiladigan daraxt. Maksimal tejamkorlik printsipi evolyutsion munosabatlarni qayta qurish uchun mashhur algoritmdir. Biroq, maksimal ehtimollik algoritmi kabi, bu ketma-ketliklarni takroriy sanab o'tish va ko'plab hisoblash bosqichlariga asoslangan ko'p bosqichli algoritmlardir. Tahlil qilinadigan ketma-ketliklar soni ortishi bilan mumkin bo'lgan daraxtlar soni o'sib boradi, bu esa ma'lumotlarni qayta ishlashni qiyinlashtiradi.
BIONJ - Qo'shnilarni qo'shish algoritmi klaster usuli bilan bog'liq bo'lgan, ammo ma'lumotlarning ultrametrik bo'lishini talab qilmaydigan usul. Bu usul, ayniqsa, evolyutsiya hodisalari turli tezliklarda sodir bo'lgan ketma-ketliklarni o'z ichiga olgan ma'lumotlar to'plami uchun juda mos keladi. Algoritm har bir takson juftini bitta daraxtga birlashtirishdan oldin orasidagi masofani hisoblashni talab qiladi. Buning uchun o'zgartirilgan masofa matritsasi quriladi.Ushbu algoritm UPGMA usulining modifikatsiyasi (Arifmetik o'rtachalar yordamida og'irlashtirilmagan juftlik guruhi usuli).
Janob Bayes - Bayes printsipi deb ataladigan ushbu algoritm model parametrlarining posterior taqsimotini baholash uchun Monte-Karlo usulida (MCMC) Bayes tahlili va Markov zanjirlaridan foydalanadi. Bunday holda, taqsimot parametri filogenetik daraxt va dastlabki parametrga asoslangan evolyutsion modeldan va bir nechta tekislash natijalaridan olingan ehtimoldan iborat. Bayes xulosasi molekulyar filogenetikada filogeniya turini va ketma-ketlikni ajratish vaqtini baholash uchun tobora ko'proq foydalanilmoqda. Tushuntirish : bu juda uzoq vaqt talab etadi, chunki u ko'p sonli iteratsiyalarni talab qiladi.

2. 
   Dasturlarning har birining ishining natijasi ishlatiladigan algoritmga asoslangan filogenetik daraxtning tuzilishi bo'ladi (5.7-rasm). Biroq, keyingi ish uchun biz natijalarning grafik ko'rinishiga emas, balki chiqish fayllaridan biriga qiziqamiz. Yaratilgan Newick format daraxti haqida ma'lumot olishimiz kerak (5.8-rasm).