L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Uskunalar: kompyuter sinfi, Internetga ulanish
Nazariy material (ish tartibi).
EMBOSS http://emboss.sourceforge.net/ "Evropa molekulyar biologiya ochiq dasturiy ta'minot to'plami". EMBOSS ochiq kodli dasturiy ta'minot to'plamidir. U molekulyar biologlarning ehtiyojlari uchun maxsus ishlab chiqilgan. EMBOSS to'plami ko'plab biologik ma'lumotlar formatlarini avtomatik ravishda taniydi va foydalanuvchi uchun tarmoq ma'lumotlar bazalaridan ushbu ma'lumotlarni shaffof tarzda olish imkonini beradi. BO'LMA ketma-ketlikni tahlil qilish uchun ko'p sonli yordamchi dasturlarni o'z ichiga oladi, shuning uchun to'liq dasturiy ta'minot to'plamini tashkil qiladi. BO'LMA ketma-ketliklarni o'z ichiga olgan ma'lumotlar bilan boshlash uchun yaxshi bepul variant. Chuqurroq tahlil qilish uchun tegishli yordam, texnik xizmat va yangilanishlarga ega tijorat mahsulotlari mavjud.
a ) EMBOSS dasturining so‘nggi versiyasini (ftp://emboss.open-bio.org/) yuklab oling va kompyuteringizga o‘rnating. Paket uchun hujjatlar http :// da mavjud bo'rttirma . manbaforge . net / ilovalar / # ro'yxati .
b ) GenBank faylini DNK ketma-ketligi E bilan toping . Coli izotsitrat dehidrogenaza J 02799, u №1 laboratoriyada ishlatilgan.
c ) Faylni oching va undagi nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligini toping. Nukleotidlar ketma-ketligi - DNK - aslida oqsilning aminokislotalar ketma-ketligini kodlashiga ishonch hosil qiling. Buni DNK ketma-ketligidagi aminokislotalar ketma-ketligiga to'liq mos keladigan nukleotidlarni (uchliklarni) aniqlash orqali amalga oshirishingiz mumkin. Diqqatli bo'ling! O'qish ramkasi (birinchi kodon) birinchi nukleotiddan emas, balki ikkinchi yoki uchinchidan boshlanishi mumkin!

• 
  Genetik kodni bu erda olish mumkin:
  

http :// helixweb . nih . gov / gcode . html . Aminokislota kodi http :// www . mun . ca / biokimyo / kurslar /3107/ aasymbols . html
Nukleotidlar ketma-ketligidan sharh satrini, bo'shliqlarni va boshqa belgilarni olib tashlashingiz kerak bo'lishi mumkin.
O'qish ramkasining boshlanishini (ya'ni birinchi aminokislotaga to'g'ri keladigan nukleotidlar ketma-ketligidagi joyni) topishning tez, ammo ayni paytda qo'pol usuli bu qandaydir pastki qatorni qidirish funktsiyasidan foydalanishga harakat qilishdir. Biz bilamizki (genetik kodga qarang) ATG M ( metionin ) va ayni paytda ATG boshlang'ich kodon bo'lishi mumkin. Siz nafaqat M kodlash ketma-ketligini emas, balki aniqroq (uzunroq) pastki qatorlarni topishga harakat qilishingiz mumkin - nukleotidlar ketma-ketligidagi kamida dastlabki oltita aminokislotalar uchun kodonlarni izlashga harakat qiling. Shuningdek, ketma-ketlikning oxirini qidirishingiz mumkin - oqsilning aminokislotalarini kodlaydigan kodonlar tugaydigan joy. Shuni yodda tutingki, uchta to'xtash kodonlari mavjud - TAG, TAA, TGA. Bu kodonlar aminokislotalarga aylantirilmaydi. Muntazam iboralardan (agar iloji bo'lsa) foydalanishingiz mumkin, chunki genetik kod buzilgan, ya'ni bitta aminokislota bir nechta kodonlar bilan kodlanishi mumkin.
Masalan, Lizinni qidirish uchun muntazam ifoda AA[A,G] (UNIX uchun). Mashq: Leysinni muntazam ifoda bilan qanday yozish kerak?
d ) Ikkinchi muammo shundan iboratki, bizni qiziqtirgan oqsilni kodlovchi ketma-ketlik aslida DNK ning to'ldiruvchi zanjirida joylashgan bo'lishi mumkin (va ma'lumotlar bazasida berilgani emas, yetakchi va orqada qolgan zanjir, zanjir deb ataladi). + va strand-). Ma'lum bo'lgan DNK mintaqasining komplementar ketma-ketligini qanday olish mumkin? Ma'lumki, ikkinchi zanjir, DNK ketma-ketligi birinchisiga teskari komplementarlik xususiyatiga ega:
5' CATGTCCA 3'
3'
Molekulyar biologiyada komplementarlik - nukleotidlarning faqat qat'iy belgilangan juftlarni hosil qilish qobiliyatidir (ma'ruzalarga qarang).