L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Proteomika 2D gel elektroforezi, ko'p o'lchovli xromatografiya va massa spektroskopiyasi kabi texnologiyalar yordamida oqsillarni tozalash va tavsiflash bilan shug'ullanadi.
To'g'ridan-to'g'ri farmakologiya (to'g'ridan-to'g'ri dori dizayni) - rentgen kristallografiyasi yoki NMR spektroskopiyasi kabi usullar yordamida olingan biologik maqsadning uch o'lchovli tuzilishi haqidagi bilimlarga asoslangan.
Yo'l - digrafdagi yoylar takrorlanmaydigan marshrut; oddiy usul - takrorlanuvchi uchlari yo'q. Agar bir cho'qqidan ikkinchisiga yo'l bo'lsa, ikkinchi cho'qqiga birinchisidan chiqish mumkin .
Biopolimerlarning ketma-ketligi (oqsillar va nuklein kislotalar - DNK va RNK) - ularning aminokislotalar yoki nukleotidlar ketma-ketligini aniqlash (lotincha sequentum - ketma-ketlik). (1) 8 zanjirni tugatish va (2) kimyoviy parchalanish reaktsiyalariga asoslanadi.
Sequence Retrieval System (SRS) molekulyar biologiya maʼlumotlar bazalari uchun veb-brauzerdir. U EMBnet foydalanuvchilariga qo'shimcha xizmatlarni taqdim etish uchun ishlab chiqilgan.
Strukturaviy genomika ma'lum genom tomonidan kodlangan har bir oqsilning uch o'lchovli tuzilishini tasvirlashga intiladi .
Suboptimal tekislash - bu eng yuqori ball optimal darajadan past bo'lgan shartli optimal tekislash.
Skriptlar - bu dastur tomonidan bajariladigan fayllar. Ular Microsoft Visual Basic, Java Script va PERL kabi skript tillarida yozilgan.
Nuqta matritsasi (nuqta syujeti) ikkita ketma-ketlik o'rtasidagi o'xshashlik haqida tasavvurga ega bo'lgan eng oddiy tasvirdir.
O'xshashlik (yoki moslik) nuqta matritsasi - bu jadval yoki matritsa bo'lib, unda qatorlar bitta ketma-ketlik elementlariga, ustunlar esa boshqa ketma-ketlik elementlariga mos keladi. Eng oddiy ko'rinishda, agar taqqoslanayotgan elementlar har xil bo'lsa, nuqta
matritsa kataklari bo'sh qoldiriladi, agar ular bir xil bo'lsa, to'ldiriladi.
filogenetik tahlil taksonlar o'rtasidagi munosabatlarni tavsiflaydi va tirik organizmlar o'rtasidagi evolyutsion munosabatlar tarixini tushunishga yordam berish uchun mo'ljallangan.
Filogeniya - odatda daraxt shaklida tasvirlangan biologik ketma-ketliklar (organizmlar) o'rtasidagi munosabatlarning tavsifi. Bu, ayniqsa, agar biz haqiqiy ajdodlar ketma-ketligini bilmasak, juda muhimdir.
modeli - atomlar to'plar bilan ifodalanadi. To'p va simli modellarning superpozitsiyasi ba'zan menteşeli model deb ataladi.
Ekson - bu ribosoma oqsilga aylanadigan messenjer RNKda saqlanadigan DNK segmenti.
Nazorat ishlarining namunali

1. 
   Haqiqiy oqsil namunasini tahlil qilish va aniqlash. Qabul qilingan protein
   

tripsin tomonidan hazm qilinadi. Olingan peptidlar aralashmasining massa spektrometrik tahlili o'tkazildi va ulardan 12 tasi aniqlandi. m/z Intensiv. 524.0297 78.46803 568.0103 340.4989 624.4703 274.0348 765.7037 160.0496 841.503141.0422906.87141.0422906.879284.49.879284.
1729.986 104.2812 1730.984 78.6473 1775.092 292.4921 2008.3 129.2828 2359.535 20.6769 MS spektri boʻyicha tegishli dasturlar yordamida oqsilni aniqlang. Protein paydo bo'lgan joyini aniqlang.

2. 
   Proteinlarning tuzilishi. Protein ma'lumotlar bankidan C1R COMPLEMENT SERINE PROTEASE strukturasini yuklab oling, Pfam (ProteinFamiliesdatabase) yordamida ushbu oqsilning domen tashkiloti haqida ma'lumot oling. Har bir domendagi aminokislotalar qoldiqlari sonini yozing. Strukturani tasavvur qiling. Har bir domenning atomlarini bir xil rang bilan ranglang (barcha domenlar turli xil ranglarda bo'lishi kerak). Proteinda disulfid bog'larini hosil qiluvchi aminokislota qoldiqlarini tanlang.
   
3. 
   Chemsketch yordamida lizofosfolipid molekulasini chizing. Lizofosfolipid glitserinning hosilasi bo'lib, unda gidroksil guruhlaridan biriga fosfor kislotasi qoldig'i, ikkinchisiga esa yog' kislotasi qoldig'i biriktiriladi. Lizofosfolipidning tasviri ikki rangda bo'yalgan bo'lishi kerak: strukturaning gidrofil (zaryadlangan) qismi bir rangga, hidrofobik qismi boshqa rangga bo'yalgan bo'lishi kerak . Quyidagi diagrammadan qayta-qayta foydalanib, ushbu molekulalar suvda va qutbsiz erituvchida hosil bo'ladigan tuzilmalarni chizing. Ushbu tuzilmalarni nomlang.
   
4. 
   2 ta ketma-ketlik berilgan:
   

ATTCCGTTTTTTCCCCAGTAGAGGTGATAATATG va ATCTCGCTTATTTCCAAGGCGTGGTGCTAACATC.
Hizalama qiling. Ularni aminokislotalar ketma-ketligiga aylantiring. Olingan aminokislotalar ketma-ketligini solishtiring. Ushbu fragmentlardan tarjima mahsulotining vazifasini aniqlash mumkinmi?

5. 
   Ba'zi genlarning ketma-ketligi mavjud. Вот его нуклеотидная последовательность: atgagtaaaggagaagaacttttcactggagtggtcccagttcttgttgaattagatggcgatgttaatggg caaaaattctctgtcagtggagagggtgaaggtgatgcaacatacggaaaacttacccttaattttatttg cactactgggaagctacctgttccatggccaacacttgtcactactttctcttatggtgttcaatgcttctc aagatacccagatcatatgaaacagcatgactttttcaagagtgccatgcccgaaggttatgtacaggaa agaactatattttacaaagatgacgggaactacaagacacgtgctgaagtcaagtttgaaggtgataccc ttgttaatagaatcgagttaaaaggtattgattttaaagaagatggaaacattcttggacacaaaatggaa tacaactataactcacataatgtatacatcatgggagacaaaccaaagaatggcatcaaagttaacttca aaattagacacaacattaaagatggaagcgttcaattagcagaccattatcaacaaaatactccaattgg cgatggccctgtccttttaccagacaaccattacctgtccacacaatctgccctttccaaagatcccaac gaaaagagagatcacatgatccttcttgagtttgtaacagctgctaggattacacatggcatggatgaacatacaaa Ushbu gen nima ekanligini aniqlang va o'zgartirilgan organizmda ushbu genning mavjudligini aniqlash uchun primerlarni tanlang.‌‌Insulin signalizatsiya yo'li. Insulin signalizatsiya yo'li uchun gen tarmog'ini yuklab oling, reaktsiyalar ketma-ketligini sharhlang.
   
6. 
   Menke kasalligida mavjud bo'lmagan oqsilning normal funktsiyasi qanday? A. thaliana genomida bu genning gomologi bormi? Ha bo'lsa, A. thalianada bu gen qanday vazifani bajaradi?
   
7. 
   Qaysi sigir xromosomasida odam xromosomasining 8q21.12-hududiga gomologik hudud mavjud?
   
8. 
   O'roqsimon hujayrali anemiyaga olib keladigan mutatsiya A asosini T uchun yagona almashtirish bo'lib, gemoglobin b zanjirida Glu ^ Val almashtiriladi. Baza almashtirish 5'-GTGAG-3' (normal) ^ GTGTG (mutant) ketma-ketligida sodir bo'ladi. Bu farqni aniqlash uchun qaysi cheklovchi fermentdan foydalanish mumkin? Uning o'ziga xosligi nimada?