L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

EMBOSS paketidagi revseq dasturidan quyidagilar uchun foydalaning :

• 
  teskari ketma-ketlikni qurish;
  
• 
  to'ldiruvchi ketma-ketlikni qurish;
  
• 
  teskari to‘ldiruvchi qatorni yasash .
  

J02799 ketma-ketligi uchun quyidagi amallarni bajaring.
e ) Bitta nukleotidlar ketma-ketligidan qancha mumkin bo'lgan tarjimalarni (aminokislotalar ketma-ketligiga) olish mumkin? Biz bu variantlarning barchasini olishga harakat qilmaymiz.
J20799 ni mumkin bo'lgan aminokislotalar ketma-ketligiga tarjima qilish uchun EMBOSS transeq dasturidan foydalaning. Bu dastur buni uchta to'g'ridan-to'g'ri va uchta teskari to'ldiruvchi ketma-ketlikning istalgani uchun yoki barcha to'g'ridan-to'g'ri va/yoki teskari to'ldiruvchi ketma-ketliklar uchun bajarishi mumkin - buning uchun -frame bayrog'i mavjud.
O'qish ramkasi DNK yoki RNKdagi nukleotidlar ketma-ketligini ketma-ketlikni o'qish boshlangan nukleotidga (birinchi, ikkinchi yoki uchinchi) qarab bir-birining ustiga chiqmaydigan nukleotidlar (uchlik) qatori sifatida o'qishning uchta mumkin bo'lgan usullaridan biridir. . Misol uchun, TGCTGCTGC da uchta mumkin bo'lgan o'qish ramkalari mavjud: TGC TGC TGC, GCT GCT va CTG CTG.
e ) Yuqorida tavsiflangan muammo tarjima uchun to'g'ri o'qish ramkasini tanlashdir. Yaxshiyamki, J02799 misolida, mumkin bo'lgan oltita variantdan faqat bittasi mavjud bo'lib, u haqiqiy va mazmunli ORF (ochiq o'qish ramkasi) beradi.
J02799 ketma-ketligidagi barcha mumkin bo'lgan ORFlarni chizish va eng uzunini aniqlash uchun EMBOSS plotorf dasturidan foydalaning. Keyin ushbu ma'lumotdan foydalanib, ushbu genning tegishli oqsilga tarjimasi bilan bog'liq bo'lgan boshlang'ich va yakuniy nukleotidlarni ketma-ketlikda aniqlang. ORF ni tanlash haqida nima deya olasiz - qoidalar, xususiyatlar va boshqalar? Shuni yodda tutish kerakki, plotorf boshlang'ich va to'xtash kodonlari bilan cheklangan hududlarni qidiradi. Boshqacha qilib aytganda, boshlang'ich kodoni bo'lmagan eukaryotik ekzonlar o'tkazib yuboriladi. Plotorf prokaryotik DNK ketma-ketlikda yoki eukaryotik mRNKda foydalanish mantiqiy. Yordam ma'lumotlari http://emboss.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/help/plotorf manzilida mavjud
g ) Endi J02799 ga o'xshash natijaviy ketma-ketliklarni ko'rib chiqamiz. Nega bizga kerak va nima uchun bu qiziq?

• 
  Ketma-ket evolyutsiya - turli organizmlarda paydo bo'ladigan mutatsiyalar va genlarning qayta tuzilishi / hodisalari tufayli o'xshash ketma-ketliklar paydo bo'lishi mumkin;
  
• 
  Konservativ saytlarni qidirish;
  
• 
  Sun'iy ravishda amalga oshirilgan mutatsiyalar bilan yozuvlarni qidiring.
  

Bizni qiziqtirgan DNK mintaqasiga o'xshash ketma-ketliklarni olish uchun biz BLAST dasturiy paketidan foydalanamiz - http://www.ebi.ac.uk/blastall/ yoki http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ PORTLASH/ . Natijalarni html sahifalar sifatida saqlashingiz kerak bo'ladi - ular keyingi ishda bizga kerak bo'ladi.
Tegishli ma'lumotlar bazasi va dasturni tanlang ( yordam uchun http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/ncbiblast/help/index-protein.html ga qarang ).
uchun SwissProt -da nukleotidlar ketma-ketligini va blastpni qidirish va solishtirish uchun EMBL ma'lumotlar bazasida blastn-dan foydalaning.
J02799 ga o'xshash ketma-ketliklarni topishga harakat qiling.
a ) H5N1 parranda virusi ( parranda grippi) nafaqat qushlar, balki odamlar uchun ham juda xavfli va xavflidir. Uning xususiyatlaridan biri yuqori mutatsiyali faollikdir.