L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Internetdan yuklab olish uchta usulda mumkin: to'g'ridan-to'g'ri gipermatnli hujjatdan;
FTP serveridan;
elektron pochta orqali.

2. 
   Bioinformatikaning internet komponentlari.
   

Internet ko'plab davlat, ta'lim va tijorat muassasalarini bog'laydigan kompyuterlar va mahalliy kompyuter tarmoqlarining global tarmog'idir. Bu kompyuterlarga o'z elektron tillarida muloqot qilish imkonini beradi. Biologik ma'lumotlar butun dunyo bo'ylab tarqalgan ko'plab kompyuterlarda saqlanadi va bu ma'lumotlarga kirishning eng oson yo'li bu barcha kompyuterlarni yagona tarmoqqa ulashdir.
Kompyuterlar bir-biriga turli yo'llar bilan ulanishi mumkin, eng keng tarqalgani optik tolali yoki koaksiyal kabellar va simsiz aloqalar bo'lib, masofaviy foydalanuvchilar o'rtasida ma'lumot almashish imkonini beradi.
Yaratilgan yagona tarmoqlar tizimining samarali ishlashi uchun yagona aloqa protokoli TCP / IP - Transmission Control Protocol / Internet Protocol (Transmission Control Protocol (ma'lumotlar) / Internet Protocol) ishlab chiqilgan. TCP ma'lumotlarni paketlarga bo'lish va keyin aloqa kanali orqali uzatiladigan paketlarni yig'ish qoidalarini belgilaydi.
IP tarmoq bo'ylab ma'lumot paketlarini manzillash va marshrutlashni boshqaradi. Tarmoqqa ulangan kompyuterlar tugunlar sifatida qaraladi va ma'lumotlar paketlarini uzatish orqali bir-biri bilan aloqa qiladi. O'tkazishni amalga oshirish uchun ma'lumotlar birinchi navbatda bir-biridan mustaqil ravishda yuborilgan kichik paketlarga (axborot birliklariga) bo'linadi va ular belgilangan joyga etib borgach, birlashtiriladi. Lekin paketlar to'g'ridan-to'g'ri bir mashinadan boshqasiga yuborilishi shart emas; ular yakuniy qabul qiluvchiga yo'lda bir nechta kompyuterlardan o'tishlari mumkin. Agar tanlangan marshrutning oraliq tugunlaridan birortasi ishlamasa, tarmoq protokollari turli yo'nalishlarning o'zaro kesishishi tufayli mumkin bo'lgan muqobil yo'l qidirish funktsiyasini ta'minlaydi. Internet dasturiy ta'minotni tarqatish va tadqiqotchilarga uzoq serverlarda murakkab tahlillarni o'tkazish imkonini beradi.
1980-yillarning oxirigacha. Internet orqali ma'lumotlar bazalariga kirishning uchta asosiy usuli mavjud :

1. 
   elektron pochta serverlari;
   
2. 
   FTP
   
3. 
   telnet serveri.
   

Elektron pochta serveri matnli xabarlarni bir kompyuterdan ikkinchisiga yuborish vositasidir.
FTP (File Transfer Protocol) - bu kompyuter fayllarini masofaviy kompyuterlar o'rtasida uzatish protokoli.
TELNET - bu tarmoq protokoli bo'lib, operatorga masofaviy kompyuterlarga ulanish va ularda xuddi shu mashinalarga jismoniy kirish imkoni bo'lgandek ishlash imkonini beradi. Elektron pochta serverlari olimlarga pochta serveri manziliga elektron pochta so'rovini yuborish orqali ma'lumot almashish imkonini berdi. Ertami-kechmi, so'rov server tomonidan ko'rib chiqildi va natija jo'natuvchining pochta qutisiga yuborildi. Biroq, bunday tizimning kamchiliklari bor edi - so'rovlar noto'g'ri, xatolar bilan ishlangan va javobni cheksiz uzoq kutish kerak edi.
FTP tadqiqotchiga to'liq ma'lumotlar bazasini yuklab olish va o'z kompyuterida qidirish imkonini berdi. Ma'lumotlar bazalariga kirishning bu usuli ham o'zining kamchiligiga ega - tadqiqotchi har bir yangilashdan keyin foydalanadigan barcha ma'lumotlar bazalarini vaqti-vaqti bilan yuklab olishi kerak.
TELNET foydalanuvchiga masofaviy kompyuterga ulanish va uning dasturiy va apparat resurslariga kirish imkonini beradi. Bu usul vaqti-vaqti bilan so'rovlar uchun foydalidir. Uning kamchiliklari foydalanuvchi autentifikatsiyasini murakkab boshqarish va ortiqcha yuklashni o'z ichiga oladi
masofaviy kompyuterning hisoblash quvvati. Kompyuterlar bir-biriga tarmoq orqali ulangandan so'ng, xabarlar va fayllar aniq manzilga yuborilishi uchun alohida kompyuterlarni aniqlashning aniq usulini topish kerak bo'ldi. Tugunlar orasidagi aloqani osonlashtirish uchun Internetdagi har bir kompyuterga noyob identifikatsiya raqami (uning IP-manzili, internet protokoli manzili) beriladi. IP-manzil noyobdir va faqat bitta kompyuterni ifodalaydi. U nuqta bilan ajratilgan arab raqamlarida yozilgan.
Misol uchun, AQSh hukumati qoshidagi Milliy Sog'liqni saqlash instituti ( NIH) qoshidagi Milliy Tibbiyot kutubxonasi ( NLM) qoshidagi Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi ( NCBI) kompyuteri quyidagi IP manzilga ega : 130.14 .29.110.
Bu raqamlar ma'lum bir kompyuterni, ushbu kompyuter joylashgan xostni va ushbu xost tegishli bo'lgan domenni (va subdomenni) ifodalaydi. Bu raqamlar kompyuterlarga ma'lumotlarni uzatish yo'nalishini aniqlashga yordam beradi.
Bundan tashqari, raqamli IP-manzillarni matn nomlari bilan taqqoslaydigan muqobil ierarxik domen nomlari tizimi yaratildi, shunda Internet manzillari tushunarliroq shaklda yozilishi mumkin. Misol uchun, "ncbi.nlm.nih.gov" yozuvi yuqoridagi raqamlarga ekvivalent bo'lib, "Milliy tibbiyot kutubxonasi" (nlm) ostidagi "Milliy biotexnologiya ma'lumotlar markazi" (ncbi) tugunini anglatadi. AQSh hukumati (gov) huzuridagi Sog'liqni saqlash institutlari" (nih). Raqamli IP manzillar va matn nomlari o'rtasidagi yozishmalarni, shuningdek IP manzil yoki Internet xostning geografik joylashuvini quyidagi manzilda aniqlashingiz mumkin: http://smart-ip.net/tools/geoip.
Butunjahon Internet tarmog'i Internetda tarqalgan ma'lumotlar bazalarini samarali integratsiyalash orqali o'zaro bog'lanish imkoniyatini sezilarli darajada kengaytirdi va shu bilan mahalliy kompyuterlarda ma'lumotlar bazalarining bir nechta nusxalarini yuklab olish va saqlash zaruriyatini yo'q qildi. Buning yordamida tadqiqotchi oxirgi ko'rilgan yozuvga qaytish imkoniyati bilan faol gipermatnli o'zaro havolalar yordamida ma'lumotlar bazasi yozuvlarini osongina ko'rishi mumkin.
ExPASy (Expert Protein Analysis System - Expert Protein Analysis System, http://www.expasy.org/) - molekulyar biologiya bo'yicha birinchi veb-server 1993 yilda Jeneva universiteti klinikasi va Jeneva universitetining o'zi tomonidan birgalikda yaratilgan.