5.O‘rta Osiyo davlat universiteti ikkinchi jahon urushi yillarida. Ikkinchi jahon urushi mamlakatimiz uchun alohida sinov yillari bo‘ldi. Urush-ning dastlabki kunlaridanoq universitet olimlari va talabalaridan bir qanchasi ko‘ngilli bo‘lib jangga otlandilar. Mamlakat himoyasi bilan bir qatorda universitetdagi ilm-fanning to‘xtab qolmasligsha harakat davom etdi. Universitetdagi o‘quv-uslubiy va ilmiy faoliyat urush yillarining talablari bo‘yicha qay-ta tashkil etildi. Birinchi navbatda, mamlakat mudofaasi uchun muhim bo‘lgan sohalarga e’tibor qaratildi. Besh yillik o‘quv tizimi harbiy holatni hisobga olgan holda uch yillik qilib belgilandi va bu maqsadsa dasturlar qayta tuzib chiqildi.
Harbiy kafedra qoshida snayperlar, radistlar, telegrafistlar, harbiy tarjimonlar va hamshiralar tayyorlaydigan kurslar tashkil qilindi. Birgina snayperlar kursi qisqa muddatda 200 kishini tayyorlab, frontga yubordi. Universitetdan harbiy xizmatga chaqirilgan I.D.Kurganskiy 1945 yili o‘z qadrdon o‘quv dargohiga qahramon bo‘lib qaytdi. 1941 yilning noyabrida Samarqanddagi O‘zbekiston davlat universiteti O‘rta Osiy davlat universiteti bilan birlashtirildi. Buning natijasida 1941-42 o‘quv yilida 5 fakultet: tarix, fizika-matematika, ximiya, biologiya, tuproqshuposlik-geografiya-geologiya fakultetlari faoliyat olib bordi. Bular qatoriga urush yillarida tashkil etilgan filologiya va sharqshunoslik fakultetlari qo‘shildi. Universitetda urush yillarida Fanlar akademiyasining 4 haqiqiy a’zosi, 7 muxbir a’zosi, 41 fan doktori va 65 fan nomzodi ishlagan edi. 1942 yili universitet talabalari soni 881 kishini tashkil etar edi. Urush yillarining so‘nggiga borib, 246 muallimdan 42 nafari professor, 99 tasi dotsent ilmiy unvoniga ega bo‘ldi.
Urush davrida universitetni 821 mutaxassis bitirib chiqdi. Ayni yillarda universitetda 34 doktorlik va 277 nomzodlik dissertatsiyalari yoqlandi. Urush yillari faqatgina mamlakatni himoya qilish yoki qiyin sharoitga qaramay o‘quv jarayonini tashkil etish kabi masalalar bilan cheklanilgani yo‘q. Ayni yillarda ilmiy faoliyat rivoj topganini anglatuvchi qator manbalar mavjud. Xususan, Alisher Navoiy tavalludining 500 yillik yubileyi ayovsiz janglar davom etayotgan bir paytda universitet ilmiy jamoasi tomonidan nishonlandi. Navoiy mavzusida Olim SHarafiddinovning «Alisher Navoiy. Hayoti va ijodi» monografiyasi chop etildi. Rossiyalik olim E.E.Bertels «Navoi. Ocherk tvorchestva» asarida ulug‘ o‘zbek adibining hayot yo‘li va ijodiy faoliyati jahonniig eng peshqadam adiblari Dante, SHekspir, Bayron, Pushkin ijodi darajasida baholanishi lozimligini anglatish bilan birga, Navoiy ijodiy merosiga nisbatan «fors adabiyotining taqlidchisi», «saroy amaldori» kabi yondashuvlardan kelib chiqib emas, balki badiiy-ilmiy nuqtai nazardan yondashish kerakligini uqtirdi.
1943 yilning noyabrida O‘zbekiston Fanlar akademiyasining tashkil etilishi muiosabati bilai universitet olimlaridan T.A.Sarimsoqov, professorlar V.I.Romanovskiy, A.S.Uklonskiy va boshqalar akademiklikka saylandilar. Muxbir a’zolari sifatida professorlar E.P.Korovin, I.P.Sukervanik faoliyat boshladilar.
1944 yili universitetda SHarq fakultetining tashkil etilishi munosabati bilan uning Eron-afg‘on, turk va uyg‘ur bo‘limlari ochildi, keyinroq esa Arab filologiyasi va SHarq mamlakatlari tarixi bo‘limlari ish boshladi. Mahalliy olimlar bilan bir qatorda sharqshunoslik ilmining darg‘alari hisoblangan akademiklar M.S.Andreev, E.E.Bertels, professorlar I.P.Petrushevskiy, A.A.Semenov, A.N.Boldirev, L.Z.Pisarevskiy kabilar ham yurtimiz talabalariga bilim berish bilan mashg‘ul bo‘ldilar.
1945 yilning may-iyunida tuproqshunoslik-geologiya-geografiya fakulteti ikkiga ajralib, Tuproqshunoslik-geologiya hamda Geografiya fakultetlari sifatida mustaqil faoliyat ko‘rsata boshladilar. Filologiya fakultetining bunyodga kelishi mamlakatda nafaqat til va adabiyot ta’limi, balki filologik ilmning taraqqiyoti uchun ham e’tiborli omil bo‘ldi. Dastlab fakultetning rus va o‘zbek bo‘limlari tashkil etildi. So‘ngra esa O‘zbek tili va adabiyoti kafedrasi mustaqil faoliyat boshladi va uning mudiri etib taniqli adabiyotshunos olim A.Sa’diy tayinlandi.
SHunday qilib, urush yillarida ilm-fan rivoji to‘xtab qolgani yo‘q, bu davrga kelib universitetning 8 fakultetida 55 ta kafedra ish yuritgan bo‘lsa, undagi professor-o‘kituvchilar soni 246 nafarga etdi.