Mikroorganizmlarni suyuq ozuqa muhitida o’stirish jihozlari

Biologik ketma-ketliklarning yakka taqqoslanishi.
BLAST gomolog ketma-ketliklarni topadi, u nafaqat ketma-ketliklarni to‘laligicha solishtiradi, balki ikki berilgan ketma-ketliklarda joylashish bo‘yicha uchrovchi kalta o‘xshashliklarni ham topadi. Boshlang‘ich so‘zlarni topuvchi bu jarayon ekish deb ataladi. BLAST lokal taqqoslashlarni yaratishni boshlashi birinchi o‘xshashlik bo‘ladi. Ketma-ketliklar ichidan gomologlarni qidirishga harakat boshlanganda, oddiy harflarni to‘plami – so‘zlar juda ham muhimdir. Masalan, ketma-ketlik quyidagi tartibsiz harflar yig‘indisidan iborat deylik: GLKFA. Agar BLASTp (BLASToqsil) tartibsiz holatlar ostida boshqarilib turgan bo‘lsa, unda so‘zning hajmi 3 ta harfdan iborat bo‘lishi lozim. Ushbu holatda, berilgan uzun harflardan foydalanib, qidiraloytgan so‘zlar quyidagicha bo‘ladi: GLK, LKF, KFA. BLAST ning heuristic algoritm programmasi aniqlanishi kerak bo‘lgan oddiy uch-harfli so‘zlar bilan ma'lumotlar bazasidagi aniqlangan ketma-ketliklar o‘rtasida joylashgan. Bu natijalar keyinchalik taqqoslashni yaratish uchun foydalaniladi. Qidirilayotgan ketma-ketlikni so‘zlarini tuzib olinganidan keyin, yondosh so‘zlar ham jamlanadi.
Ma'lumotlarni qidirish. BLASTda ishlash uchun, avvalo, qidirilishi kerak bo‘lgan so‘rovni va unga monand ketma-ketlikni yozish kerak bo‘ladi yoki ma'lumotlar bazasidagi ketma-ketliklar soni ko‘p bo‘lishi mumkin. BLAST ma'lumotlar bazasidan so‘ralgan ketma-ketliklarga o‘xshash bo‘lgan ketma-ketliklarni qidiradi. Oddiy holatlarda, so‘ralgan ketma-ketlik ma'lumotlar bazasidagi ketma-ketliklardan anchagina kichik bo‘ladi, masalan, so‘ralgan ketma-ketlikda nukleotidlar soni 1000 ni tashkil qilsa, ma'lumotlar bazasida ushbu ketma-ketlikka oid nukleotidlar soni bir necha milliard bo‘lishi mumkin.
Biologik ketma-ketliklarning ko’plik taqqoslanishi.
Ko‘p miqdordagi ketma – ketliklarni taqqoslash uchun Clustal dasturi keng qo‘llaniladi. Clustal tipidagi birinchi dastur seriyasi 1988 yilda D.Xiggins tomonidan ishlab chiqilgan. Keyinchalik D.Feng, R.Dullitl va V.Teylorlar tomonidan takomillashtirilgan. 1992 yilda Clustal dasturining ikkinchi avlodi Clustal V paydo bo‘ldi va 1994 yilda ishlab chiqilgan uchinchi avlod Clustal W dasturi takomillashtirilgan algoritmlarning hisobiga juda ham qulay ishlash interfeysiga ega bo‘ldi. Aytish lozimki, bu avlod dasturining qulayligi taqqoslanuvi ketma – ketliklarning FASTA formati ko‘rinishida berilishi bilan belgilanadi. Clustal dasturining uchinchi avlodi ko‘plab serverlar orqali (www.pbil.ibcp.fr, http://www.ebi.ac.uk) ikki xil ko‘rinishda, interfaol va pochta tartibida beriladi. Interfaol ko‘rinishda foydalanuvchi natijalarni kutish orqali qabul qiladi. Pochta tartibida ishlanganda esa natijalar foydalanuvchining elektron manziliga (ketma – ketliklar soni ko‘p miqdorda bo‘lganda) jo‘natiladi. Clustal dasturida ishlash uchun birinchi navbatda o‘rganilayotgan aminokislotalar yoki nukleotidlarning ketma – ketliklarini mumkin bo‘lgan mavjud 7 ta serverlarning biridan (NBRF/PIR, EMBL/SWISS-PROT, Pearson/FASTA, Clustal(*aln), GCG/MSF(Pileup), GCG9/RSF, GDE) olish kerak. Bu holatlarda ko‘proq FASTA formatidan foydalaniladi. Kiritilayotgan ketma –ketliklarning umumiy uzunligi www uchun 40000, e-mail serverlari uchun esa 60000 dan ortmasligi talab etiladi. Juftlik taqqoslanishlarida o‘rganilayotgan ketma – ketliklarning barcha juftliklari taqqoslanadi. Bundan tashqari Clustal dasturi taqqoslanayotgan ketma – ketliklarning filogenetik munosabatlarini ko‘rsatuvchi dendrogrammalarni tuzish uchun ham qo‘llaniladi.