Elmi–tədqiqat prosesinin məntiqi quruluşu Elmi biliyin əldə edilməsi özlüyündə mürəkkəb bir yaradıcılıq fəaliyyəti olub, işin təşkilində və icrasında müəyyən məntiq ardıcıllığı tələb edir. Yeni biliyin formalaşmasının əsas formasını fakt, elmi problem, hipotez və nəzəriyyə təşkil edir. Onların inkişafı elmi–tədqiqat prosesinin məntiqi ardıcıllığını müəyyənləşdirir: faktların aşkar edilməsi, onların izahı və ümumiləşdirilməsi, elmi problemin qoyulması və formulə edilməsi, elmi hipotezin tərtibi, nəzəriyyənin qurulması və onun praktiki həlli yollarının təyini. Bu ardıcıllığa riayət etməklə intizamlı, məqsədyönlü və yüksək effektivli tədqiqat işlərinin həyata keçirilməsi mümkündür.
Faktların toplanması İstənilən elmi–tədqiqat işi faktların yığılması, sistemləşdirilməsi və ümumiləşdirilməsindən başlayır. Əsasən həqiqət və elmi faktlar fərqlənir.
Həqiqət faktları – bu baş verən və ya artıq baş vermiş hadisələrdir. Elmi faktlar isə tədqiqatçı tərəfindən empirik mühakimələr əsasında yoxlanmış, düşünülmüş və elmi dildə qeyd olunmuş faktlardır. Digər sözlə faktlar elmi biliyin məntiqi strukturunun tərkib hissəsi olduqda ona elmi faktlar deyilir. Lyu de Broyl yazırdı ki, “eksperimentin nəticəsi sadəcə qeyd olunmuş faktlardan ibarət deyil. Bu nəticədə həmişə müəyyən qədər nəzəri əsaslara söykənən izaha ehtiyac var” [9, 10]. Elmi–tədqiqatın empirik mərhələsində bir–birindən xarakterik fərqlənən məsələlər həll olunur.
Birinci mərhələdə faktların əldə olunmasına cəhd edilir. Bütün faktların başlanğıcı real həqiqətlərdir: tarixi hadisələr, şəxsiyyətlərin və xalqların fəaliyyət göstəriciləri, həmçinin təbii hadisələr və proseslər. Tədqiqatçı heç də həmişə hadisə və proseslərlə bağlı ilkin faktlarla işləmək imkanına malik olmur. Bu, çox vaxt zaman və məkan amilləri ilə bağlıdır. Ona görə də, elmdə bir çox hallarda ikinci və ya üçüncü dərəcəli faktlarla işləyirlər. Müxtəlif yol və üsullardan istifadə etməklə tədqiqatçı faktları toplayır, seçir və bununla işin sonrakı mərhələləri üçün baza yaradır.
Empirik tədqiqatın ikinci mərhələsi toplanmış faktların ilkin emalı və qiymətləndirilməsi ilə məşğul olur. Bu mərhələdə artıq düşündürücü işə qədəm qoyulur. Tədqiqatçı nəyin fakt olması, nəyin isə sadəcə fikir olmasına aydınlıq gətirməyə çalışır. O, elmin nəzəri əsaslarına, qanun və kateqoriyalarına əsaslanaraq faktların məzmununu təyin edir, onlar arasındakı əlaqəni aydınlaşdırır, xassələrinin vacibliyinə və aktualllığına görə onları qruplaşdırır.
Nəzəri mərhələdə tədqiqatçı faktların dərin analizi ilə məşğul olur. Burada araşdırılan hadisənin məzmunu izah edilir, qanunlar üzə çıxarılır və formulə edilir. Növbəti addımda hadisənin və ya prosesin gələcək gedişatı proqnozlaşdırılır və bunun əsasında müxtəlif proses və hadisələrin praktiki idarə edilməsi üçün prinsipial göstərişlər işlənir. Ancaq faktların sinifləşdirilməsi hələ də elmi elm etmir. Bu o vaxt baş verir ki, o faktın yaranmasını izah və proqnoz edərək, praktiki fəaliyyətini insanlara yönəltsin.
Elmi problemin qoyulması, tədqiqatın empirik və nəzəri mərhələləri arasında birləşdirici bənd rolunu oynayır.