Mərhələlər Təhsil sistemində islahatların üç mərhələdə aparılması nəzərdə tutulur.
Bir il müddətini əhatə edən birinci mərhələ — hazırlıq mərhələsi (1999-cu il) Azərbaycan Respublikası vətəndaşlarının Konstitusiyada müəyyən olunmuş təhsil almaq hüququnu təmin edən, bazar iqtisadiyyatının tələblərinə uyğun yeni təhsil sisteminin normativ hüquqi, iqtisadi və informasiya bazasını yaratmaq
üçün təşkilati işlərin aparılmasını, eləcə də onun infrastrukturu və kommunikasiya sisteminin müəyyən edilməsini nəzərdə tutur.
Qısamüddətli perspektivi əhatə edən ikinci mərhələdə (2000-2003-cü illər) təhsil sahəsinin sosial-iqtisadi stabilliyini təmin edən təxirəsalınmaz problemlərin həll olunması və geniş miqyaslı islahatın aparılması üçün təşkilati-hüquqi, kadr, maliyyə, maddi-texniki təminatının və yeni idarəetmə modelinin yaradılması nəzərdə tutulur.
Üçüncü mərhələ (2004-cü ildən) proqramda nəzərdə tutulan bütün tədbirlərin həyata keçirilməsini əhatə edir.
Başlıca istiqamətlər. Müasir tələblərə cavab verən istedadlı uşaqlar üçün təhsil müəssisəsindən tutmuş, inkişafında qüsur olan, reabilitasiyaya ehtiyacı olan uşaqlar üçün yaradılmış yeni tipli təhsil müəssisələri şəbəkəsinin yaradılması. Bütün tipdən olan təhsil müəssisələrinin diversifikasiyası (əlaqələndirilməsi); əmək bazarına tələbatın formalaşması ilə bağlı tədris proqramlarının, təhsilin məzmununun və metodikasının yeniləşdirilməsi. Burada əsas meyl respublika iqtisadiyyatının başlıca inkişaf istiqamətlərinə, eləcə də humanitar və ictimai fənlərin məzmununun keyfiyyәtinin yüksəldilməsinə yönəltməklə, günün tələblərinə cavab verməyən proqramlar, metodikalar və səmərəsiz təhsil fəaliyyətləri aradan qaldırılacaqdır;
təhsil müəssisələrinin maddi-texniki resurslarına tәlәbat normalarının hazırlanması. Təhsilin keyfiyyәtinә, standartların icrasına nəzarət, eləcə də təhsil müəssisələrinin və ayrı-ayrı təhsil proqramlarının ekspertiza və akkreditasiya mexanizminin yaradılması;
təhsil müəssisələrinin inkişaf strategiyası və məqsədlərinin müəyyən edilməsində, müvafiq qərarların çıxarılmasında və s. müstəqillik verən yeni idarə-etmə mexanizminin yaradılması;
təhsil sisteminin maliyyələşdirilməsinin yeni mexanizmini əks etdirən iqtisadi modelin yaradılması.