Oqsilning birlamchi strukturasi oqsil tuzilishining eng oddiy darajasi boʻlib, polipeptid zanjiridagi aminokislotalarning ketma-ketligi hisoblanadi. Misol uchun, insulin gormoni quyidagi diagrammada koʻrsatilgan ikkita A va B polipeptid zanjiriga ega. (Bu yerda koʻrsatilgan insulin molekulasi sigir insulinidir, uning tuzilishi inson insuliniga oʻxshash.) Har bir zanjir oʻzining maʼlum tartibda joylashgan aminokislotalar toʻplamiga ega. Masalan, A zanjir ketma-ketligi B zanjir ketma-ketligidan farq qiladi va A zanjirning N-oxiri glitsin bilan boshlansa, C-oxiri asparagin bilan tugaydi.
Oqsil ketma-ketligi oqsilni (yoki oqsilning bir qismini) kodlovchi gen DNKsi tomonidan belgilanadi. Gen DNKsi ketma-ketligining oʻzgarishi oqsil tarkibidagi aminokislotalar ketma-ketligining ham oʻzgarishiga olib kelishi mumkin. Oqsildagi hattoki bir aminokislota ketma-ketligining oʻzgarishi ham oqsilning umumiy strukturasi va vazifalariga taʼsir koʻrsatadi.
Oqsil ketma-ketligi oqsilni (yoki oqsilning bir qismini) kodlovchi gen DNKsi tomonidan belgilanadi. Gen DNKsi ketma-ketligining oʻzgarishi oqsil tarkibidagi aminokislotalar ketma-ketligining ham oʻzgarishiga olib kelishi mumkin. Oqsildagi hattoki bir aminokislota ketma-ketligining oʻzgarishi ham oqsilning umumiy strukturasi va vazifalariga taʼsir koʻrsatadi.
Oqsil strukturasining keyingi bosqichi ikkilamchi strukturasi asos zanjir atomlari orasidagi oʻzaro aloqalar tufayli polipeptid ichida hosil boʻlgan oʻralgan strukturani anglatadi. (Asos zanjir R guruhidan tashqari faqat polipeptid zanjirigagina tegishlidir, yaʼni ikkilamchi strukturada R guruhi atomlari ishtirok etmaydi.) Ikkilamchi strukturaning eng koʻp uchraydigan turlari: α spiral va β qavat hisoblanadi. Har ikkala struktura ham bir aminokislotaning karbonil O i va ikkinchi aminokislotaning H i orasida hosil boʻladigan vodorod bogʻlar shaklida namoyon boʻladi.