Karantin hududiga kirish, u orqali o'tib ketish (tranzit) viloyat fuqarolar muhofazasi rahbariyatining ruxsati bilangina amalga oshiriladi; karantin hududi orqali o'tib ketish uchun faqat o'tadigan joylar, yo'llar dezinfeksiya ishlovi o'tqazilgandan keyin ruxsat beriladi. Avtotransportlarning o'tishi guruh kolonnalari tarzida, to'xtamay katta tezlikda va avtonazorat ko'magida bajariladi. Temir yo'l transportlari ham mazkur joydan o'tayotganida, tezligini oshiradi (mabodo, odamlar va yuklar olib o'tiladigan bo'lsa, ularni har qanday tirqishi (mayda, yirik) zich qilib, berkitiladi. Karantin hududidan o'tgan barcha transportlar, zarur deb topilsa, albatta zararsizlantirish ishlovlaridan o'tqaziladi.
Odamlarni karantine'lon qilingan hududdan olib chiqish tartibli ravishda tashkil etilishi shart; ayni maqsadda, ular barcha chiqariladiganlar observator deb nomlangan alohidalash xonalari, bo'limlariga (nomi aniqlangan) yuqumli dardning yashirin davri uchun belgilangan muddat o'tgunicha joylashtirilib, ko`zatuv va tahlil amallari olib boriladi. Bu yerdagi odamlar bilan tashqarida bo'lgan odamlar orasidagi bevosita aloqalarga mutlaqo chek qo'yiladi. Kasallikning o'tish davri muddatida, uning alomatlari ko'zga tashlanmasa, tahlil natijalari ijobiy bo'lgan tardirda, tashqariga tartibli ravishda ravona bo'Iishga ruxsat etiladi. Fuqarolar muhofazasining kerakli miqdordagi kuchlari va vositalari karantin e'lon qilingan hududga kiritiladi. Bu yerga kirish alohida kimsalarga juda zarur bo'lganida, ruxsat etiladi.
Karantin e'lon qilingan hududda quyidagi amallar bajariladi:
yuqumli kasalliklar shifoxonalari, suv manbalari, oziq-ovqat omborlari, oziq-ovqat ishlab chiqaradigan korxonalarni qo'riqlash;
hududda komendantlik xizmatini tashkil etish;
turli istiqomat qilinadigan manzilgohlardagi aholi, ularning ishlab chiqarish faoliyatini hisobga olgan holda, aholini imqoniyat boricha tarqoqlashtirish uchun aholining harakat yo'nalishlarida nazoratchilar qo'yiladi;
korxonalarda epidemiyaga qarshi tartibni yaratish; ishchilar va xizmatchilarni navbatlari, ish joyi bo'yicha ajratish. Mazkur maqsadga erishish uchun ish tartibi shunday tashkil qilinadiki. unda bir joydagi odamlar boshqa joydagilar bilan bevosita mutlaqo aloqada bo'lmasliklari shart;
aholi orasida o'zaro aloqaga nuqta qo'yish uchun tomosha muassasalari, o'quv dargohlari, bozorlar, auksionlar, stadion, ring, tennis kortlari faoliyatlarini to'xtatish.
Yuqorida keltirilgan ma'lumotlardan ko'rinib turibdiki. observatsiya amallari yuqumli kasalliklar tarqalganda aholi xatti-harakatlari ma'lum darajada cheklanish bilan ko'zga tashlansa, karantin jarayoni e'lon qilinganida esa, aholi o'rtasida xatti-harakatlar mutlaqo, ayniqsa, tashqi dunyo bilan bevosita aloqalar batamom to'xtatiladi.
Maxsus tekshirishlar natijasiga ko'ra, karantinni davom ettirish yoki unga barham berish, yoxud observatsiya tartibiga o'tish masalasi hal etiladi. Dushman tomonidan qurol sifatida o'ta xavfli, yuqumli dardlar (vabo, o'lat, chin va qora chechak, toshmali tif, sariq isitma, meloidoz (Fletcher yoki Stenton kasalligi), manqa [(sap) betobligi tayoqchasiga o'xshash mikrojonzotlar tomonidan qo'zg'atiladigan manqasimon, dabdurustdan boshlanadigan, yiring hosil qilish bilan kechadigan kasallik bo'lib, asosiy belgilariga quyidagi alomatlar kiradi: tana haroratining ko'tarilishi, shiliq pardalar, terida mayda yiringli pufakchalar paydo bo'ladi va ayrim hollarda zotiljam va ich ketishi bilan kechadi)], ornitoz (tibbiy sharoitda parrandalarda uchraydigan yuqumli kasallik bo'lib, qo'zg'otuvchisi virus. Odamda uchrashi mumkin bo'lgan ornitoz xastaligining alomatlari: isitmalash va asosan o'pkalarning yallig'lanish belgilari majmuasidan iborat bo'ladi) qo'zg'atuvchilari qo'llanilganda, karantin tartibi joriy etiladi.
Mabodo, dushman tomonidan kam yuqumli kasallik sababchilari ishlatilganda esa, karantin jarayoni observatsiya jarayoni bilan almashtiriladi. Buning uchun bakteriologik (biologik) zararlangan o'choqdagi aholi to'la-to'kis sanitar ishlovidan o'tqaziladi, inshootlarga esa, zararsizlantirish (dezinfeksiya) ishlovi ta'sir etiladi yoki o'z-o'zidan zararsizlanish amalini tavsiya qilinadi.
Joriy epidemik sharoitdan kelib chiqqan holda, karantin yoki observatsiyali tartiblar yo o'choqning bir qismida yoki o'choqning butun qismida to'xtashi mumkin.