Plumbaginaceae from saudi arabia using its sequences of nuclear ribosomal dna

Amplification of ITS Region 

ITS  sequences  of  nuclear  ribosomal  DNA  were  amplified  using 

primers [Table-2] of via the polymerase chain reaction (PCR) using 

the AccuPower HF PCR PreMix (Bioneer, Daejeon, South Korea) in 

20 μL volumes containing 2 μL of 10X buffer, 300 μM dNTPs, 1 μL 

of a 10 pM solution of each primer, 1 unit of HF DNA polymerase. 

One round of amplification consisting of initial denaturation, dena-

turation, annealing, and extension, and a final extension [Table-3]. 

The PCR products were purified with the SolGent PCR Purification 

Kit-Ultra (SolGent, Daejeon, South Korea) prior to sequencing [Fig-

3]. 

Table 2- Primer sequence used in amplification of ITS region 

Table 3- PCR Reaction condition USED FOR AMPLIFICrion of ITS 

region of nrDNA  

DNA Sequencing 

The purified fragments were directly sequenced using dye termina-

tor chemistry following the manufacturer’s protocol. The sequencing 

reaction  was  performed  in  a  10  µl  final  volume  with  the  BigDye 

Terminator  cycle  sequencing  kit  (Perkin-Elmer,  Applied  Biosys-

tems). Cycle sequencing was conducted using same primers used 

in  amplification  and  BigDye  vers.  3  reagents  and  an  ABI  PRISM 

3100  DNA  Analyzer  (Perkin-Elmer,  Applied  Biosystems).  Cycling 

International Journal of Molecular Biology 

ISSN: 0976-0482 & E-ISSN: 0976-0490, Volume 6, Issue 1, 2015 

Phylogenetic Relationship Studies on the Genus Limonium Mill. Plumbaginaceae from Saudi Arabia Using its Sequences of Nuclear Ribosomal 

DNA