Plumbaginaceae from saudi arabia using its sequences of nuclear ribosomal dna

Fig. 3- Photos (Gel electrophoresis) to amplify the DNA by PCR 

technique 

Sequence Alignment 

Sequence  alignment  was  performed  using  ClustalX  version  1.81 

[40]  with  gap  opening  penalty  10  and  gap  extension  penality  3.0. 

Sequence  alignments  was  subsequently  adjusted  manually  using 

BioEdit [41]. Insertion-deletions (Indels) were scored as single char-

acters when we had confidence in positional homology. Gaps were 

treated as missing

 

data in phylogenetic analysis. 

Sequence Retrieved from GenBank 

ITS sequences of nrDNA of 19 species of Limonium and Outgroup 

[Table-4] were retrieved from GenBank database of National Center 

for Biotechnology Information (www.ncbi.nlm.nih.gov). The generic 

classification  of  the  Limonium  has  been  present  in  the  [Table-5]. 

The  boundaries  between  the  ITS1,  5.8S,  and  ITS2  gene  for  the 

data  set  (both  the  sequence  generated  for  the  present  study  and 

the  sequences  retrieved  from  the  GenBank)  were  determined  ac-

cording to span mentioned in features of the nrDNA ITS sequences 

available  in  GenBank.  ITS2  sequences  were  extracted  from  the 

complete set of the ITS sequence and used in the further analysis.