Plumbaginaceae from saudi arabia using its sequences of nuclear ribosomal dna

Phylogenetic Analyses 

The Maximum Parsimony (MP), Maximum Likelihood (ML), NJ and 

Bayesian analyses were performed using PAUP* 4.0b10 [42]. 

Maximum Parsimony (MP) Analysis 

Maximum Parsimony (MP) analysis was performed with the follow-

ing  settings:  heuristic  search  algorithms  with  tree  bisection  recon-

necting (TBR) branch swapping, MULPARS in effect, all characters 

equally  weighted,  gap  treated  as  missing  characters,  zero  length 

braches  collapsed,  random  addition  sequence  set  to  1000  repli-

cates,  and  branch  swapping  limited  to  10000000  rearrangements 

per  replicate.  When  maximum  parsimonious  tree  were  saved,  a 

strict consensus tree [43] was constructed. Bootstrap analysis [44] 

was  performed  using  1000  replicates,  with  the  random  addition 

sequence set to 10, and branch swapping limited to 10000000 rear-

rangements per replicates. 

Table 4- ITS sequences of nrDNA retrieved from GenBank for phy-

logenetic analyses 

Table 5- Generic classification of Limonium 

International Journal of Molecular Biology 

ISSN: 0976-0482 & E-ISSN: 0976-0490, Volume 6, Issue 1, 2015 

Al-Ghanem S.M.S.