Komplikace spojené s metodou LASIK jsou převážně spojené s nedokonalým řezem vytvořeným mechanickým mikrokeratomem. Nahrazením mechanického mikrokeratomu femtosekundovým laserem můžeme vytvořit přesnou lamelu v jakémkoliv bodě rohovky (možnost volit pozici můstku). Metoda femto-LASIK nabízí větší bezpečnost, reprodukovatelnost, předvídatelnost, flexibilitu zákroku a větší šetrnost k rohovkové tkáni. Riziko vytvoření nepravidelného, neúplného či volného flapu se tu výrazně snižuje, naopak s pomocí femto-laseru lze vytvořit i velmi tenký flap. Rovněž výskyt rohovkových strií, epiteliálních defektů a depozit se snižuje za použití femto-LASIKu [27].
