Philos Theor Pract Biol (2017) 9: 2

1.2  Determinizm  va  bashorat  qilish  Keng  

tarqalgan  noto'g'ri  tushuncha  shundan  iboratki,  determinizm  qat'iy  bashorat  qilish  bilan  bir  xil  narsadir  (Hoefer  2016;  

Werndl  2016).  Bu  ikkisi  shu  qadar  osonlik  bilan  bir-biriga  bog'langanki,  hatto  Laplas  va  Popper  ham  xatoga  yo'l  

qo'ygan  (Xoefer  2016).  Determinizm  va  bashorat  qilish  tushunchalarini  chalkashtirib  yuborish  oson  bo'lsa-da,  

muhim  farq  shundaki,  birinchisi  ontologik  da'vo,  ikkinchisi  esa  epistemologik  da'vodir.  Determinizm  -  bu  tizimning  

holati  (haqiqiy  yoki  model  bo'ladimi)  bir  vaqtning  o'zida  ushbu  tizimning  o'tmishdagi  va  kelajakdagi  holatini  belgilaydi  

degan  umumiy  fikrdir  (Butterfield  2005).

Boshqa  tomondan,  bashorat  qilish  -  bu  boshlang'ich  holatlar  va  shartlarni  aniq  o'lchash  asosida  kelajakni  hisoblash  

yoki  bashorat  qilish  qobiliyati.  Inson  o'lchovi  hech  qachon  to'liq  aniq  bo'lmasligi  sababli,  deterministik  tizimlar  turli  

yo'llar  bilan  oldindan  aytib  bo'lmaydigan  bo'lishi  mumkinligi  ajablanarli  emas  (Werndl  2016),  bu  determinizmni  to'liq  

bashorat  qilish  sifatida  belgilash  muammosini  ochib  beradi.

Deterministik  kunlik  yog'ingarchilik  modelini  deterministik  bo'lmagan  tanga  aylanma  modeli  bilan  taqqoslab,  Werndl  

shuni  ko'rsatadiki,  bu  ikki  model  kuzatish  funktsiyasiga  nisbatan  bir  xil  bashoratlarni  beradi,  ya'ni  deterministik  

modellar  va  stokastik  modellar,  aslida,  bir-birini  istisno  qilmaydi  (2009). ;  2013;  2015;  2016).  Hikoyaning  axloqiy  

jihati  shundaki,  biologik  tadqiqotlarda  determinizmni  taxmin  qilish  ikki  barobar  muammoli  bo'lishi  mumkin.  Avvalo,  

bu  determinizm  va  bashorat  qilish  turli  tushunchalar  ekanligini  va  deterministik  jarayonlar  turli  yo'llar  bilan  oldindan  

aytib  bo'lmaydigan  bo'lishi  mumkinligini  tan  olishdan  ko'ra,  sobit  prognozlilikning  noto'g'ri  ta'rifiga  asoslanadi.  

Ikkinchidan,  bu  odatiy  noto'g'ri  ta'rif  deterministik  jarayonlarni  noto'g'ri  tasniflaydi

fleming:  ikkita  dogma

ÿ  

ochiq  kirish  -  ptpbio.org

Matematikaning  so'nggi  yutuqlari  ko'rsatganidek  (eng  mashhuri  betartiblik  nazariyasi),  deterministik  tizimlar  

tasodifiy  va  tartibsiz  xatti-harakatlarni  ko'rsatishi  mumkin  (Werndl  2009,  203).  Ehtimol,  xaotik  tizimning  eng  mashhur  

namunasi  ob-havodir.  Hududdagi  kunlik  yog'ingarchilik  miqdoriga  asoslangan  modelni  tasavvur  qiling.  Ushbu  

yog'ingarchilik  tizimi  haqiqatda  deterministik  qonunlarga  amal  qiladimi  yoki  yo'qmi,  dastlabki  sharoitlarda  noaniqlik  

mavjudligi,  hatto  tini  est  miqdori  ham  bu  tizimni  oldindan  aytib  bo'lmaydi  yoki  Werndl  aniqroq  tushuntirganidek,  tizim  

"asimptotik  jihatdan  oldindan  aytib  bo'lmaydigan"  ekanligini  anglatadi.  boshlang'ich  sharoitlarda  engil  noaniqliklar  

"oxir-oqibat  vaqt  o'tishi  bilan  qiziqishning  bashorat  qilish  aniqligini  ifodalovchi  o'ziga  xos  diametrdan  ko'proq  

tarqaladi" (2016,  671).  Ushbu  tizim  uchun  aniq  bashorat  qilish  mumkin  emas,  hatto  u  oxir-oqibat  deterministik  

xarakterga  ega  bo'lsa  ham.  Tizimning  ontologiyasi  oxir-oqibatda  muhim  emas,  chunki  bizning  tizimimizda  bashorat  

qilinadigan  yoki  oldindan  aytib  bo'lmaydigan  narsa  muhim  va  agar  biz  epistemik  cheklovlarimizni  bilsak,  biz  buni  

modellashtirish  va  fanimizga  moslashtirishimiz  kerak.

biologik  ob'ekt  yoki  tizimni  qismlarga  ajratish,  balki  qismlarni  alohida-alohida  o'rganish.

Noaniq  tizimlar  ko'plab  mumkin  bo'lgan  kelajakdagi  holatlarning  ehtimolini  o'z  ichiga  oladi  va  shuning  uchun  

bunday  tizimlardan  bashorat  qilish  mumkin  bo'lgan  narsa  ehtimollik  taqsimoti  yoki  mumkin  bo'lgan  natijalar  to'plamidir.

(Kaiser  2015,  225).  Tizimning  qismlari  "ichki  jihatdan  aniqlangan"  deb  tushuniladi  va  ular  asl  kontekstdan  ajratilgan  

holda  mustaqil  ravishda  o'rganilishi  mumkin  (Bechtel  va  Richardson  2010,  26;  Kaiser  2015,  225).  Qismlar  o'rtasidagi  

har  qanday  o'zaro  ta'sirlar  oldindan  aytib  bo'ladigan,  oddiy  va  ketma-ket  bo'lishi  haqidagi  g'oya  qat'iy  deterministik  

asosning  faraziga  tayanadi  (Kaiser  2015,  233).  Soto  va  Sonnenschein  xulosa  qilganidek,  "reduksionistik  pozitsiyani  

egallaganlar  oxir-oqibat  aniq,  chiziqli  sabablar  zanjiri  aniqlanishiga  umid  qilishadi" (2006,  372).  Boshqacha  qilib  

aytganda,  reduksionizm  va  determinizm  osonlikcha  yonma-yon  ketadi.

Noaniq  jarayonlarni  ehtimollik  qonunlariga  muvofiq  vaqt  o'tishi  bilan  rivojlanadigan  jarayonlar  sifatida  stokastik  

tarzda  modellashtirish  mumkin.  Va  bu  bizning  sezgiimizga  zid  bo'lishi  mumkin  bo'lsa-da,  Werndl  "deterministik  va  

noaniq  modellar  kuzatishda  ekvivalent  bo'lishi  mumkinligini"  ko'rsatadi  (2016,  677).

Machine Translated by Google

---

4

va  stoxastik  jarayonlar  bir-birini  istisno  qiladi,  bu  esa  biologik  tadqiqotlar  va  metodologiyaga  keraksiz  

to'sqinlik  qiladi.  Ammo,  agar  biz  determinizm  dogmasidan  voz  kechsak,  bizning  biologik  usullarimiz  

(masalan,  reduksionizm)  har  qanday  asosiy  qarama-qarshiliklarga  qaramay,  stokastik  modellar  va  

ehtimollik  metodologiyalarini  o'z  ichiga  olish  uchun  ochiqroq  bo'lishi  mumkin.  aniqlanishi  kerak."

So'nggi  50  yil  ichida  biokimyoda  "ketma-ketlik  tuzilmani  aniqlaydi,  funktsiyani  belgilaydi"  yoki  

"Genomikaning  markaziy  dogmasi",  deyilganidek  (Petsko  2000)  hukmronlik  qilgan.  Asosiy  g'oya  shundan  

iboratki,  bir  o'lchovli  polipeptid  zanjiri  (aminokislotalar  qatori)  noyob,  katlanmÿÿ,  uch  o'lchovli  funktsional  

tuzilmani  (oqsil)  kodlaydi.  Kristian  B.  An  Finsenning  1960-yillarda  oqsillarni  yig'ish  bo'yicha  olib  borgan  

kashfiyotlaridan  beri  (bu  unga  1972  yilda  kimyo  bo'yicha  Nobel  mukofotini  qo'shishiga  olib  keldi),  bitta  

katta  savol  javobsiz  qolmoqda:  qanday  qilib  aminokislotalar  ketma-ketligi  bitta  aniq  3D  tuzilmani  kodlashi  

mumkin?  50  yildan  ortiq  vaqt  davomida  biokimyo  laboratoriyada  denatüratsiya  qilingan  oqsillar  qanday  

qilib  astronomik  darajada  ko'p  bo'lishi  mumkin  bo'lgan  konformatsiyalarni  hisobga  olgan  holda,  zerikarli  

qidiruv  yoki  sinov  va  xato  natijasida  juda  tez  tezlikda  o'z  tuzilishiga  qaytishini  tushuntirishga  harakat  

qilmoqda. .  Bu  yutuq  jismoniy  kuchlar  va  oqsillarga  ta'sir  ko'rsatadigan  boshqa  molekulyar  omillar  

(masalan,  vodorod  aloqalari,  van  der  Vaals  o'zaro  ta'siri)  haqidagi  ma'lumotlar  bilan  tuzilgan  kompyuter  

dasturlari  va  algoritmlaridan  kelib  chiqishi  kutilgan  edi.  Darhaqiqat,  “Birinchi  kunlarda  oddiy  ketma-ketlik  

naqshlarini,  masalan,  gidrofobik,  qutbli,  zaryadlangan  va  aromatik  aminokislotalarni  topish  umidlari  paydo  

bo'ldi,  bu  protein  tuzilmalari  va  barqarorligini  bashorat  qiladi.  Bu  amalga  oshmadi" (Dill  va  MacCallum  

2012,  1043).  Bunday  omillar  oqsil  tuzilishiga  aniq  taalluqlidir,  ammo  ko'rinib  turibdiki,  oqsillarni  katlama  

mexanizmi  birinchi  o'ylagandan  ko'ra  ancha  murakkabroq.  Aminokislotalar  ketma-ketligidan  oqsil  

tuzilishini  bashorat  qilishning  hozir  imkonsiz  bo'lib  tuyulishi  "oqsillarni  katlama  muammosi"  deb  nomlanadi.  

Garchi  "dastlabki  kunlar"  deterministik  va  reduksionistik  asosda  ishlab  chiqilgan  kompyuter  algoritmlari  

muammoni  hal  qiladi  deb  taxmin  qilishda  optimistik  bo'lgan  bo'lsa-da,  protein  katlamasini  hal  qilish  

konteksti  o'zgardi.

Aminokislotalar  ketma-ketligidan  oqsil  tuzilishini  bashorat  qilish  uchun  eng  yaxshi  kompyuter  

algoritmlarini  topish  maqsadida  ishlab  chiqilgan  bir  qator  jahon  miqyosidagi  musobaqalar  mavjud.  Eng  

mashhuri  1994  yilda  boshlangan  va  har  ikki  yilda  bir  marta  o'tkaziladigan  "Oqsil  tuzilishini  bashorat  

qilishning  tanqidiy  bahosi"  yoki  CASP.  Uning  12-  tanlovi  2016-yilning  may  oyida  boshlanishi  rejalashtirilgan  

edi  va  tanlov  har  doim  koÿr-koÿrona  oÿtkazilmagani  uchun  eÿlon  qilinmagan  tuzilmalar  va  natijalar  2016-

yilning  dekabr  oyida,  12-  tanlov  yakunlanishi  kerak  boÿlgan  vaqtda  eÿlon  qilinadi.  Dill  va  MakKallum  

xulosa  qilganidek,  “Aminokislotalar  ketma-ketligidan  oqsilning  3D  tabiiy  tuzilishini  bashorat  qila  oladigan  

kompyuter  algoritmini  ishlab  chiqish  katta  muammo  boÿldi” (2012,  1043).  Ammo  bu  maqsadga  

erishishdan  qanchalik  uzoq  ekanligimizdan  hayratlanish  va  hayratlanishning  umumiy  mavzusi  bor,  

ayniqsa  vaqt,  pul  va  ta'qibga  berilgan  ahamiyatni  hisobga  olgan  holda.  Bundan  tashqari,  har  bir  yangi  

CASP  raqobati  bilan  ommabop  ma'lumotlar  banklari  tez  sur'atlar  bilan  o'sib  borishi  sababli  ko'proq  

ma'lum  protein  tuzilmalari  mavjud.  Misol  uchun,  2016  yil  18  avgust  holatiga  ko'ra,  Protein  ma'lumotlar  

banki  (Berman  va  boshq.  2000)  hozirgi  xoldinglarida  ro'yxatga  olingan  113  095  ta  oqsil  va  98  510  ta  

struktura  faktor  faylini  o'z  ichiga  olgan.  Shunga  qaramay,  Dill  va  MacCallumning  so'zlariga  ko'ra,  CASP6  

dan  beri  "umumiy  taraqqiyot  sekinlashdi" (2012,  1044).  Protein  tuzilmalari  haqidagi  bilimlarimiz  ortib  

borayotganiga  qaramay,  ularni  aminokislotalar  ketma-ketligi  asosida  bashorat  qilish  haqida  gap  ketganda,  

"so'nggi  o'n  yil  ichida  bashorat  qilishning  ma'lum  sinflari  uchun  faqat  oddiy  yutuqlarga  erishildi" (Khoury  va  boshq.  2014,  1815).

fleming:  ikkita  dogma

ÿ  

ochiq  kirish  -  ptpbio.org

Eng  so'nggi  raqobat,  CASP11,  ehtimol,  odatdagidan  ko'ra  ko'proq  rag'batlantirdi,  bu  ko'p  jihatdan  

evolyutsion  ulanishning  yangi  usullari  tufayli  (Monastyrskyy  et  al.  2015).  Lardan  biri