Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyi
Yüklə 72,14 Kb.
|
|
Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyi
Ministry of Education of the Azerbaijan Republic Xəzər Universiteti Khazar University Magistratura, Doktorantura və Elmi-İşlər Bölməsi Division of Graduate Studies and Research 2014-2015-ci tədris ili üçün Xəzər Universitetində MOLEKULYAR BİOLOGİYA (ixtisas şifri -2415.01) üzrə Fəlsəfə doktoru hazırlığı üçün doktoranturaya qəbul PROQRAMI (Əyani -ödənişli) Elmi - İnzibati Şuranın ______________________il _________N-li qərarı ilə təsdiq edilmişdir. Molekulyar biologiya proqramı 1. Molekulyar biologiyaya giriş Molekulyar biologiyanın bir elm kimi yaranması və inkişaf mərhələləri. Bioloji sistemlərin qanunauyğunluqlarını anlamaq üçün molekulyar biologiyanın məsələləri. Molekulyar biologiyanın müvəffəqiyyətlərinin fundamental biologiya, tibb və sənayedə istifadəsi. 2. Nuklein turşuların strukturu və xüsusiyyətləri Nuklein turşuların ilkin strukturu. Nuklein turşuların nomenklaturası. Heterotsiklik əsaslar: struktur, kimyavi və fiziki xüsusiyyətləri. Karbohidrat əsaslar. Nukleozidlər. Nukleotidlər. Nukleotidlərin tipləri. Nukleotidarası əlaqələr. Polinukleotid zəncirinin quruluşu və qütbləşməsi. RNT və DNT-nin struktur və xüsusiyyət fərqi. 3 ' və 5' – ucları. Nukleotid turşularının parçalanmasının kimyəvi və fermentativ üsulları. Turşu və qələvi hidroliz. DNT-aza, RNT-aza. Ekzo- və endonukleazalar. Restriksiya və modifikasiya fermentləri. İlkin strukturunun müəyyən edən üsullar. Maksam-Hilbert üsulu. Sancer üsulu. Sequence. RNT-nin ardıcıllığının müəyyən olunması. Polinukleotid ardıcıllığın müəyyən edən blok prinsipi. Təkamül problemləri və orqanizmlərin sistemləşməsinin həlli üçün DNT-nin ilikn strukturunun öyrənilməsinin əhəmiyyəti. Nuklein turşularının ikincili strukturu. Ikizəncirli nuklein turşuları. Zəncirlərin komplementarlığı və qütbləşməsi. Çartqaffın vəziyyəti. Uotson və Krikin ikizəncirli DNT strukturu. Ikizəncirli molekulların müxtəlif formaları, onların konformasiyası və bir-birinə keçməsi. Ikizəncirli strukturların denaturasiya və renaturasiyası. Birzəncirli nuklein turşuları, RNT və DNT-nin konformasiya xüsusiyyətlərinin fərqi və oxşarlığı. nRNT və yüksək molekularlıq xüsusiyyətinə malik RNT-nin ikincili və üçüncülü strukturlar haqqında anlayış. Ikincili strukturların öyrənilməsi üçün kimyəvi və fermentativ üsullar. 3. Zülalların struktur və xüsusiyyətləri Zülalın ilkin strukturu. Aminturşuları. Nomenklatura, quruluş və xüsusiyyətləri. Aminurşuların qalıqları – zülal zəncirlərinin monomerləri. Peptid rabitə. Zülalların ayrılıması üsulları. Aminturşusunun tərkibinin analizi. Polipeptid zəncirlərinin parçalanmasının fermentativ və kimyəvi üsulları. Zülalın strukturu. Polipeptidlərin strukturunu müəyyən edən qarşılıqlı əlaqələrin tipləri. Zülalın strukturunun aminturşularının qalıqları ilə əlaqəsi. Peptid və zülalın ikincili strukturu. Domen haqqında anlayış. Zülalın üçüncülü strukturu. Denaturasiya və renaturasiya. Zülalların dördüncülü strukturu. Zülalların bioloji rolu. Fermentlər. Təsnifatı. Biokataliz haqqında anlayış. Fermentativ kinetikanın prinsipləri. Fermentativ aktivliyin tənzim olunması. Aktivliyin allosterik tənzim olunması. İzofermentlər. Poliferment kompleks. Immunoqlobulinlər. Toxuma uyğunlaşmasının antigenləri. Kompliment sistemi. Immun cavabının mediatorları – interferonlar, sitokinlər. Hormonlar – insulin, böyümə hormonları. Struktur zülallar: əzələ və birləşdirici toxumasının zülalları. Aktomiozin kompleksi: troponinlər. Kollagen. Reseptor zülalları. Nəqliyyat zülallrı: ATFaza. Mikrob və bitki mənşəli toksin zülallar. 4. Nuklein turşularının biosintezi. DNT-nin replikasiyası. DNT-nin matriks sintezi. DNT-polimeraza. DNT sintezinin dəqiqliyi və reparasiya mexanizmi. Replikasiyanın əsas prinsipləri. Inisiasiya. DNT-praymaza. DNT-nin ikiqat spiralın açılması. Replikasiya çəngəli. Replikasiyanın başlanqıc nöqtəsi. DNT-helikaza və destabilləşdirici zülallar. DNT-topoizomeraza. Okazaki fraqmentləri. Inisiasiya zülalları. DNT-nin reparasiyası. Fotoreaktivasiya və birbaşa reparasiyanın digər növləri. Fotoliaza. O6-alkilləşmiş quaninin və O4-alikltiminin reparasiyası. Metiltransferaza. DNT-nin birzəncirli reparasiyası. AP-saytların reparasiyası. İnsertaza. Ekssizion reparasiya. Mismatch-reparasiya. Postreplikativ və rekombinasion reparasiya. SOS-reparasiya. Reparasiyanın fermentləri. Yer üzərində həyatın təkümülündə reparasiya proseslərinin rolu. Rekombinasiya. Homoloji rekombinasiya. Ümumi rekombinasiya. Bakteriyalar və faqlarda genetik rekombinasiya. Sayt-spesifik rekombinasiya. Plazmidlər və bakteriyaların mobil genetik elementləri. Bakterial plazmidlər. Plazmidlərin replikasiyası. DNT-nin donordan resepiyenta ötürülməsi mexanizmləri. İS-elementlər və transpozonlar. Kointeqratlar. Mobil elementlərin yerdəyişməsi mexanizmi. Plazmid və mobilelementlərin funksional rolu. “Eqoist” DNT konsepsiyası. Replikasiya, reparasiya və DNT-nin rekombinasiyası prosesslərin oxşarlığı. Genetik proseslərin enzimologiyası. DNT-nin restriksiya və modifikasiyası. DNT-nin metilləşməsi. Restriksiya sistemləri, siniflər və struktur xüsusiyyətlər. Transkripsiya. Transkripton- transkripsiyanın vahidi kimi. Prokariot və eukariotların RNT-polimerazasın strukturu. Transkripsiya tsikli. RNT sintezinin İnisiasiya, elonqasiya və terminasiyası. Antibiotiklər – transkripsiyanın inhibitorları kimi. Bakterilərdə transkripsiyanın tənzim olunması. Jakob-Mono operon sxemi. Fermentlərin sintezinin induksiya və repressiyası. Repressor. Effektor. Operator. Katabolik repressiya. Tsiklik AMP və zülal-repressoru. Ribosomal RNT və zülalların sintezinin tənzim olunması. Transkripsiyanın terminasiya faktorları. Ilkin transkriptlərin prossesinqi. Prokariotlarda prosessinq. Eukariotlarda prosessinq. Intron və ekzonlar. Splaysinq. Pro- və eukariotlarda ilkin nRNT-nin prossesinqi. Ribozimlər. Eukariotlarda RNT-polimeraza ilə baş verən RNT-nin prossesinqi. 5’-ucun modifikasiyası. Cap-sayt. Transkriptin 3’-ucunun prosesinqi. Poliadenilləşmə. Eukariotların genomu. Genomun ümumi strukturu. Denaturasiya olunmuş DNT-nin reassosiasiyasının kinetikası. Satellit DNT. Tandem təkrarlar. Unikal ardıcıllıq. Eukariotların kəsilmiş genləri. Eukariotlarda genlərin tənzim edici elementləri. Eukariotlarda transkripsiyanın tənzim olunması. Eukariotlarda ribosomal RNT-nin genləri. Eukariotların genomunda hərəkətli genetik elementləri. Retropozonlar. Psevdogenlər. Retrotranspozonlar. Xromosomların strukturu. Canlı aləmdə DNT-nin yığılmasının təşkil olunmasının iki forması: “sərbəst” (virus, bakteriya), nukleoproteid (ali orqanizmlər). Faq “xromosoma”sı. DNT-nin fasiləliyi, ölçü və molekulyar çəkisi. Bakterial “xromosom”. Ölçüləri, DNT ilə uyğunlaşması, Fasiləlik. Xromatinin strukturu. Eukariotik hüceyrələrdə genetik materialın struktur təşkili. Xromosoma hüceyrə dezoksinukleoproteid kimi. Histon, tipləri, struktur təşkili. Nukleoprotaminlərin molekulyar çəkisi və xüsusiyyyəti. Qeyri-histon zülallar. Nukleosoma. Nukleosom fibrillərinin təşkili. Nukleosom feyzinqi. Xromatinin kondensasiyası. Xromatinin domen təşkili. Metafaza xromosomları. Xromatinin tənzim edici zülalları. Fəal xromatinin strukturu. Viruslar. Virus nukleoproteidi genetik məlumatının daşıyıcısı kimi. Virus və virus nukleoproteidlərin kimyəvi tərkibi. DNT və RNT-tərkibli viruslar. Virus nuklein turşularının tipləri. Virus nuklein turşularının qoruyucu və fermentativ funksiyası. Hüceyrəyə daxil olma mexanizmi. Virusun strukturu. Virus zülal qişasının dördüncülü strukturu. Mürəkkəb virusların əlavə komponentləri. Virusların yığılma prinsipi. Öz-özünə yığılma və digər mexanizmlər. Virus infeksiyası zamanı RNT-nin fermentativ sintezi. Virus RNT-nin replikasiyasının problemləri. RNT-tərkibli bakteriofaqla yoluxmasının mərhələləri. 5. Ribosomun strukturu və zülalın biosintezi. Biosintezin ümumi sxemi. Kimyəvi reaksiyalar və enerji tarazlığı. Məlumat RNT-si və genetik kod. mRNT-nin kəşfi. Kodun açılması. Kod lüğəti. Kodun uzlaşması. mRNT-nin strukturu: Ilkin struktur. Funksional sahələri. Inisiator kodonları. Monosistron və polisistron. Terminator kodonları. Strukturu. nRNT-si və aminoatsil-nRNT-sintetaza. nRNT-nin və aminturşularının akseptorluğunun kəşfi. nRNT-nin strukturu: İlkin strukturu. Universal 3’-ucu. Ikincili və üçüncülü strukturu. Aminoatsil-nRNT-sintetazanın prokariot və eukariotik hüceyrələrində dördüncülü strukturu. nRNT-nin aktivlşməsi. nRNT-nin akseptorunun formalaşması. Ribosom və translyasiya. Hüceyrədə ribosomların lokallaşması. Ribosomların prokariot və eukariot tipləri. Poliribosomlar. Translyyasiyanın mərhələləri: inisiasiya, elonqasiya və terminasiya. Ribosomların strukturu. Morfologiyası. Kiçik və böyük subvahidləri. Ribosomun dissosiasiya və reassosiasiyası. rRNT. Mahiyyəti. Tipləri. Kiçik subvahidin yüksək polimerli RNT-si. Böyük subvahidin yüksək polimerli RNT-si. 16S, 18S, 23S, 28S və 5S RNT-nin ilkin və ikincili strukturu. Struktur domenlər və RNT-nin kompakt öz-özünə yığılması. Ribosomal zülallar. Müxtəliflik və nomenklaturası. Ilkin strukturu. Strukturu. Zülal komleksləri. rRNT ilə əlaqəsi. Ribosomların funksional aktivliyi və funksional sahələri. Ribosomun iş tsikli. Birləşmə funksiyası. mRNT-bağladan sahə. mRNT- və aminoatsil-mRNT-ni bağladan P-sahəsi və A-sahəsi. E-sahə və onun funksiyası. Faktorbağladıcı sahə. Katalitik funksiya. Liqandların yerdəyişmə funksiyası. (translokasiya). Elonqasiya: aminatsil-nRNT-nin ribosoma keçməsi. Kodon-antikodon əlaqəsi. Krikin adaptor nəzəriyyəsi və onun sübutu. Antikodon konsepsiyası. Kodon-antikodon birləşməsi və onun stereokimyası. EF-Tu və EF-I elonqasiya faktorları. Kompleksin ribosomlarla birləşməsi. Aminatsil-nRNT-nin qeyri-ferment birləşməsi. Inhibitorlar. Bəzi antibiotiklərin translyasiya tsiklinə təsiri. Puromitsin, tetratsiklin. Xloramfenikol. Eritromitsinlər. Kiromitsin. Yalançı kodlaşma, tipləri, təsir edən faktorlar. Normal şəraitdə səhvlərin in vivo-da dərəcəsi. Yalançı kodlaşmasının kinetik mexanizmləri və onun korreksiyası. mRNT artıqlaması. Antikodonun tanınması. Aminatsil-mRNT-nin seçməsinin korreksiyası. Elonqasiya: transpeptid. Peptid rabitəsinin yaranması. Enerjisi. Inhibitorlar. Stereokimya. Elonqasiya: translokasiya. Translokasiyanın müəyyənləşdirilməsi və eksperimental testlər. Translokasiya faktorların iştirakı (EF-G или EF-2). Qeyri-fermentativ translokasiya. Matriksin translokasiya zamanı yerdəyişməsi. Enerji mənbəyi və molekulyar mexanizmi. Elonqasiya: tənzim olunma. Seçmə tənzimliyi müxtəlif mRNT-də. Elonqasiya sürətinin total tənzimlənməsi. Virus infeksiyaları zamanı elonqasiyanın sürətinin azalması. Elonqasiyanın bitki və bakterial mənşəli toksinlərlə qarşısının alınması. Prokariotlarda translyasiyanın inisiasiyası və onun tənzim olunması. Inisiasiya kodonu. Inisiasiyanın zülal faktorları və onların funksiyası. Ilkin kompleksin (ribosomların assosiasiyası) matriks polinukleotidlə yaranması. Inisiasiya prosesinin mərhələləri. Inisiator kompleksin komponentləri olmadan yaradılması. Translyasiya səviyyəsində zülal sintezin tənzimi. MS2 faqın RNT-nin translyasiyasının tənzim olunması. Ribosomal zülalların sintezinin tənzim olunması. Eukariotlarda translyasiyanın inisiasiyası və onun tənzim olunması. Eukariotik mRNT-nin xüsusiyyətləri. İnformosomlar. Eukariot sistemlərdə inisiasiyanın xüsusiyyətləri. Inisiasiya kodonu. Inisiator nRNT-si. Inisiasiyadan əvvəl ribosmun vəziyyəti.40S subvahidin nRNT-si ilə kompleksi. 40S subvahidin mRNT-si ilə assosiasiyası. Inisiasiya kodonun tanınması. 80S ribosamal kompleksin yaradılması. Inisiasiyanın tənzim olunması. Translyasiyanın ümumi iş sxemi. Bəzi antibiotiklərin translyasiyaya təsiri. Translyasiyanın terminasiyası. Terminasiyanın kodonları. Terminasiyanın zülal faktorları. Terminasiya prosesinin mərhlələri. Prokariot və eukariot hüceyrələrdə zülal biosintezi. Sekretor və membran zülallarının biosintezi. Siqnal nəzəriyyəsi. Ko- və posttranslyasiya modifikasiyası. Oliqomer zülalların ko-translyasiya yığılması. 6. Süni genetik sistemlərdə zülalın biositezi Gen mühəndisliyin prinsipləri. Gen mühəndisliyində istifadə olunan fermentlər. Restriktazalar – restriksiyanın endonukleazaları. Restriktazaların təsnifatı. Birzəncirli DNT üçün universal restriktazalar. Izoşizomerlər. DNT-metilaza, DNT- və RNT-liqaza. DNT asılı DNT-polimeraza.Polimeraza zəncirvari reaksiya (PZR).RNT –asılı DNT-polimeraza (revertaza, dönən transkriptaza). Polinukleotidkinazalar. Terminal DNT-iltransferaza. Qələvi fosfotaza. Nukleaza. Vektorlar. DNT fraqmentlərinin klonlaşdırılması üçün plazmid vektorlar. Faq I əsasında olan vektorlar. Kosmid və fazmid. B. subtilis qram-müsbət bakterilərin inteqrasiya vektorları. Ekspressiya olunan vektorların yaradılması və funksiyası. Rekombinant genlərin ekspressiyasına təsir edən amillər.bitki və heyvan hüceyrələrdə istifadə olunan vektorlar. Gen kitabxanası. Genom və kDNT-nin kitabxanalarının alınması. Rekombinant DNT-nin bakterial ve eukariotik hüceyrələrə daxil edilməsi. Gen kitabxanasının skrininq üsullar. Hüceyrəsiz zülaltərkibli sistemlər. Prokariotik zülaltərkibli sistemlər. Eukariotik zülaltərkibli sistemlər. Gen mühəndisliyi və perspektivləri. Fiziki kartlar, genetik kartlar. Rekombinasiya vahidi. Klonoteklər. Xromosomlar üzərində “addım” və “hoppanmaq”. DNT və RNT-nin S1-xəritələşdirilməsi. Futpritinq üsulu. Genlərin ensiklopediyası. Ali eukariotların genom xəritələşdirilməsi. RFLP, STS üsullar. Tandem təkrarların istifadəsi. Mikrosatellit markerlər. Genom daktiloskopiyası. “İnsan genomu” proyekti. Bioinformatikanın əsasları. Məlumat bazası. Yeni genlərin klonlaşdırılması. Gen-namizəd. Ilişikliyin analizi. Genetik markerlər. Bir başa və dolayı gen diaqnostikası. Istiqamətli mutagenez və zülal mühəndisliyi. Istiqamətləndirilmiş mutasiyaların alınması: delesiya və insersiya. Kimyəvi mutagenez sayt-spesifik mutasiyaların alınması üçün. Zülal mühəndisliyi. Hibrid zülallarda zülal-reportyorlar. Hibrid toksinlər. Yeni fermentlərin yaradılması. Antimənalı RNT (micRNT) və ribozomlar. micRNT-nin tədqiqatlarda istifadəsi, fenokopiyaların alınmasında, hüceyrə tsiklin öyrənilməsində və virus xəstəlikləri ilə mübarizədə. Çoxhüceyrəli orqanizmlərdə rekombinant zülalların biosintezi. Transgen heyvan və bitkilər. Transgen heyvanlarda transgenlərin ekspresiyası. Transgen heyvanların alınması. Gen ekspressiyasının mexanizminin öyrənilməsi zamanı transgen heyvanların istifadəsi. Transgen bitkilər. Irsi xəstəliklərin gen terapiyası. Əlavə və müavinedici gen terapiyası. Daxil olunmuş genlərin ekspressiyasının tənzim olunması. Gen terapiyasının etik problemləri. Rekombinant DNT-nin yaradılması və yayılması ilə əlaqəli olan bioloji riskin qiymətləndirilməsi və azaldırılması. Ədəbiyyat:
Internet resurslar: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/dna-rna/ http://www.grt.kyushu-u.ac.jp/grt-docs/biolink/dna_db.html «Database of Short Genetic Variations (dbSNP)», «GenBank», «Nucleotide Database», «RefSeqGene», «UniGene», «NDB (Nucleic Acid Database», «SGKB (Structural Genomics Knowledgebase). – PubMed – elektron axtarış sistemi, MEDLINE daxildir. 60-cı illərdən başlayan 5000-ə yaxın tibbi və bioloji sahələrə aid olan jurnallar – eLIBRARY.RU – Rusiyanın informasiya portalı, elmə və təhsilə aid 12 mln yaxın elmi məqalələr daxildir. – HighWire Press – 968 jurnal və 1,39 mln məqaləni daxil edən elmi jurnalların elektron toplusu. Referat mövzuları
Tərtib edənlər: Xəzər Universitəsi Bioloji elmlər departamentinin müdiri Müşfiq Orucov, PhD (Tibb) morujov@khazar.org Dosent Günay Əkbərova, PhD (Genetika) gunay.akbarova@bsu.az Yüklə 72,14 Kb. Dostları ilə paylaş:
|