Pzr uchun ishchi aralashma (master mix ) tayyorlash va termotsikler (pzr) bilan ishlashni o'rganish. Reaksiya qo'yish

Primer-BLAST dasturida PCR uchun praymerlarni loyihalash
Barcha tekisliklar odatda global (ketma-ketliklar to'liq taqqoslanadi) va mahalliy bo'linadi (faqat ma'lum bo'limlar taqqoslanadi). BLAST seriyali dasturlari turli xil oqsillarda o'xshash domenlar va naqshlarning mavjudligi bilan bog'liq bo'lgan mahalliy moslashuvlarni ishlab chiqaradi. Bundan tashqari, mahalliy hizalanish mRNKni genom DNK bilan taqqoslashga imkon beradi. Global hizalanish holatida ketma-ketlikning kamroq o'xshashligi, ayniqsa ularning domenlari va naqshlari aniqlanadi.O'rganilgan aminokislotalar ketma-ketligi (so'rov) BLAST veb-sahifalaridan biriga yuborilgandan so'ng, u boshqa kirish ma'lumotlari (ma'lumotlar bazasi, "so'z" (fitna) hajmi, E qiymati va boshqalar) bilan birgalikda serverga yuboriladi. BLAST barcha "so'zlar" jadvalini tuzadi (oqsilda bu uchta aminokislotadan iborat nuklein kislotalar va 11 ta nuklein kislotadan iborat ketma-ketliklar bo'limidir.
Keyin ularni ma'lumotlar bazasida qidirishadi. Gugurt topilganda, "so'z" ning hajmini (4 yoki undan ko'p aminokislotalar va 12 yoki undan ko'p nukleotidlarga qadar), avval bo'shliqlarsiz (bo'shliqlarsiz), so'ngra ulardan foydalanishga urinish amalga oshiriladi. O'rganilayotgan ketma-ketlikning barcha "so'zlari" o'lchamlarini maksimal kengaytirgandan so'ng, moslashtirish har bir so'rov - juftliklar uchun ma'lumotlar bazasining ketma-ketligi bo'yicha maksimal natijalar bilan belgilanadi va olingan ma'lumotlar SeqAlign tuzilmasida qayd etiladi. BLAST serverida joylashgan formatlash vositasi SeqAlign ma'lumotlaridan foydalanadi va uni turli usullar bilan (an'anaviy, grafik, jadval ko'rinishida) taqdim etadi.BLAST dasturlari tomonidan ma'lumotlar bazasida aniqlangan har bir ketma-ketlik uchun, o'rganilayotgan ketma-ketlikka (so'rovga) qanchalik o'xshashligini va bu o'xshashlik ahamiyatli ekanligini aniqlash kerak. Buning uchun BLAST har bir ketma-ketlik uchun bit sonini va E qiymatini (kutilgan qiymat, E-qiymat) hisoblab chiqadi.O'xshashlikni aniqlashda asosiy element o'rin almashtirish matritsasi hisoblanadi, chunki u har qanday mumkin bo'lgan nukleotidlar yoki aminokislotalar juftligi uchun o'xshashlik indekslarini aniqlaydi. BLAST seriyasining ko'plab dasturlarida
LOSUM62 matritsasidan foydalanadi (Bloklarni almashtirish matritsasi 62% identifikatsiya, 62% identifikatsiyali blokni almashtirish matritsasi). Istisno holatlar blastn va megablast (nukleotidni ishlatadigan dasturlar -nukleotidlarni taqqoslash va aminokislotalarni almashtirish matritsalarini ishlatmaslik).
O'zgartirilgan Smith-Waterman yoki Sellers algoritmlaridan foydalanib, barcha segmentlar (kengaytirilgan "so'zlar") aniqlanmagan, chunki ular o'xshashlik ko'rsatkichlarining pasayishiga olib keladi.
Bunday kengaytirilgan "so'zlar" juftlari yuqori ko'rsatkich segmentlari (HSP) deb nomlanadi. O'rganilgan ketma-ketliklar (m) va ma'lumotlar bazasining ketma-ketligi (n) etarlicha katta bo'lsa, HSP o'xshashlik ko'rsatkichlari ikkita parametr K (qidiruv maydonining o'lchami) va P bilan tavsiflanadi.
Ushbu ko'rsatkichlar o'rganilayotgan ketma-ketlik va ma'lumotlar bazasi ketma-ketligining o'xshashlik ko'rsatkichlarini (S) keltirishda ko'rsatilishi kerak.
BLAST (Basic Basic Alignment Search Tool) - asosiy tuzilish (ketma-ketlik) yoki uning bo'lagi ma'lum bo'lgan oqsillar yoki nuklein kislotalarning homologlarini qidirishda ishlatiladigan kompyuter dasturlari oilasi. BLAST-dan foydalanib, tadqiqotchi o'z ketma-ketligini ma'lumotlar bazasidagi ketma-ketliklar bilan taqqoslashi va taxmin qilinayotgan homologlarning ketma-ketligini topishi mumkin. Bu molekulyar biologlar, bioinformatika, sistematikalar uchun eng muhim vositadir. BLAST dasturi olimlar Stiven Altschul, Uorren Gish, Uebb Miller, Evgeniy Myers va Devid J. Lipman tomonidan AQShning Milliy Sog'liqni saqlash institutida ishlab chiqilgan va 1990 yilda Molekulyar Biologiya jurnalida nashr etilgan [1].
O'rganilgan nukleotid yoki aminokislotalar ketma-ketligi (so'rov) BLAST veb-sahifalaridan biriga kiritilgandan so'ng, u boshqa kirish ma'lumotlari (ma'lumotlar bazasi, "so'z" (fitna) hajmi, E qiymati va boshqalar) bilan birgalikda serverga yuboriladi. BLAST barcha "so'zlar" jadvalini (oqsilda, bu uchta aminokislotadan tashkil topgan va 11 ta nukleotidning nuklein kislotalaridan iborat ketma-ketliklar bo'limi) va shunga o'xshash "so'zlar" ning jadvalini tuzadi.
22222
Zamonaviy genom tadqiqotlarining o‘ziga xos belgilaridan biri bu juda katta miqdordagi ketma-ketlik ma’lumotlarini yaratishdir. Genom ma’lumotlar hajmi o‘sib borishi bilan, ma’lumotlarni boshqarish uchun murakkab hisoblash metodologiyasi talab qilinadi. Shunday qilib, genomika va bioinformatika oldida turgan birinchi vazifa - bu kompyuter ma’lumotlar bazalarini yaratish va ulardan foydalanish orqali keng hajmdagi ma’lumotlarni saqlash va boshqarish tashkil qiladi. Biologik ma’lumotlar bazasi - bu tizimda saqlanadigan ma’lumotlarning tarkibiy qismlarini yangilash, so‘rash va yuklab olish uchun mo‘ljallangan, kompyuterlashtirilgan dasturiy ta’minot bilan bog‘langan jarayon hisoblanadi. Oddiy ma’lumotlar bazasi har xil ma’lumot to‘plamini o‘z ichiga olgan bitta fayl bo‘lishi mumkin. Ma’lumotlar bazasini rivojlantirishning asosiy maqsadi ma’lumotlarni oson qidirib topishga imkon beradigan tuzimli to‘plamida ma’lumotlarni tashkil qilishdir. Misol uchun bir nechta mashhur ma’lumotlar bazalari:
NCBI - Genotika Milliy Biotexnologiya Markazi, Shveytsariya Bioinformatika Institutidan-SwissProt va Protein Axborot Resursidan-PIR ma’lumotlar bazalarini keltirish mumkin.
Biologik ma ’lumotlar bazalarining turlari. Ularning tarkibiga qarab biologik ma’lumotlar bazalarini taxminan ikki toifaga bo‘lish mumkin:
Birlamchi ma’lumotlar bazalari: Birlamchi ma’lumotlar bazalari arxivlashgan ma’lumotlar bazasi deb ham ataladi. Ular nukleotidlar ketma-ketligi, oqsillar ketma-ketligi yoki makromolekulyar tuzilish kabi eksperimental ravishda olingan ma’lumotlar kabilar bilan to‘ldirilgan. Eksperimental tadqiqot natijalari tadqiqotchilar tomonidan
to‘g‘ridan-to‘g‘ri ma’lumotlar bazasiga topshiriladi va bu ma’lumotlar arxivlanib boradi. Ma’lumotlar quyidagi bazalarga taqdim etiladi:

EMBL, GenBank NCBI va DDBJ-nukleotidlar ketma-ketligi,

Array Express Archive va GEO-funktsional genomik ma’lumotlar,
Protein ma’lumotlari banki -PDB; uch o‘lchovli makromolekulyar tuzilmalar koordinatalari.
Ikkilamchi ma’lumotlar bazalari: Ikkilamchi ma’lumotlar bazalari dastlabki ma’lumotlarni tahlil qilish natijasida olingan ma’lumotlarni o‘z ichiga oladi. Ikkilamchi ma’lumotlar bazalari ko‘pincha ko‘plab manbalardan olingan ma’lumotlarga, shu jumladan boshqa ma’lumotlar bazalariga boshlang‘ich va ikkinchi darajali ma’lumotlar bazalariga asoslanadi.
Ushbu bazalarga quyidagilar misol bo‘ladi:
InterPro- oqsil oilalari, motivlari va domenlari,
UniProt ma’lumotlar bazasi- oqsillar to‘g‘risidagi ketma-ketlik va funktsional ma’lumotlar
Ensembl-genlar o‘zgaruvchanligi, funktsiyasi, boshqarish funksiyalari to‘g‘risidagi ma’lumotlar
Bundan tashqari ko‘pgina ma’lumotlar manbalari ham birlamchi, ham ikkilamchi xususiyatlarga ega. Masalan, UniProt peptidlarni sekvenirlash tajribalarida olingan birlamchi ketma-ketlikni qabul qiladi. Shu bilan birga, UniProt peptidlar ketma-ketligini genom ma’lumotidan TrEMBL va SwissProt nma’lumotlar bazasidan oladi va tahlil qiladi.
Tarmoqlarda maxsus ma’lumotlar bazalari ham mavjud bo‘lib, ular ma’lum tadqiqotlarga qiziqish uyg‘otadi. Masalan, Flybase, OIVning ketma-ketliklari ma’lumotlar bazasi va ribosomal ma’lumotlar bazasi loyihasi ma’lum bir organizmda yoki ma’lum bir turdagi ma’lumotlarga ixtisoslashgan ma’lumotlar bazalari hisoblanadi.
Ma’lumotlar bazalarining ahamiyati ilm fanning rivojlanishidagi o‘rni juda ham muhim.
Ma’lumotlar bazalari ma’lumotlar ombori vazifasini bajaradi.