Ovqat hazm qilish sistemasi. Qisqichbaqaning og`iz organlari 5 juft jag`lardan iborat. Ular yordamida oziq maydalanadi. Ichak naychasi oldingi, o`rta va keyingi qismlarga bo`linadi. Oldingi qismi ancha kengayib, oshqozonni hosil qiladi. Oshqozon devorining ichki yuzasida xitindan iborat tishchali bo`rtmalari bo`ladi. Oshqozon devori muskullari qisqarganda bu bo`rtmalar oziqni xuddi "tegirmon" toshdek maydalaydi. Shuning uchun ham u oshqozon "tegirmoni" deb aytiladi. Oshqozon o`rta ichakka ochiladi. O`rta ichakka hazm qilish shiralari ishlab chiqaradigan va "jigar" deb ataladigan ikkita yirik bezlarning naylari ochiladi. Bezlar shira ajratish bilan birga hazm bo`layotgan oziqni so`rib olib, uni qonga o`tkazishda ham katta ahamiyatga ega. Keyingi ichak tananing eng oxirgi bo`g`imida joylashgan anal teshigi orqali tashqariga ochiladi.
Qon aylanish sistemasi. Daryo qisqichbaqasining qon aylanish sistemasi ochiq bo`ladi. Agar qisqichbaqaning bosh-ko`krak qismini orqa tomonidan qoplab turadigan qalqoni qaychi bilan kesib olib tashlansa, uning ostida joylashgan besh qirrali sarg`ish rangli yuragini ko`rish mumkin. Yurakdan chiqqan qon tomirlari uchi tana bo`shlig`iga ochiladi. Qon organlarga kislorod, oziq moddalar yetkazib beradi va karbonat angidridni, shuningdek, suyuq ayirish mahsulotlarini yig`ib oladi. Bu yerdan qon qisqichbaqalar ko`krak oyoqlarining asosida joylashgan jabralarga boradi. Suvda erigan kislorod jabralar orqali qonga, karbonat angidrid esa tashqi muhitga chiqariladi va natijada gazlar almashinuvi yuz beradi. Kislorodga to`yingan qon yurak teshikchalari orqali yurakoldi bo`shlig`idan yurakka o`tadi va yurak qisqarishi natijasida u yerdan tomirlar orqali yana organlar orasiga oqib boradi.
Nafas olish organlari. Barcha suv muhitida yashaydigan hayvonlar singari qisqichbaqa ham jabralari yordamida nafas oladi. Bu jabralar daryo qisqichbaqasining ko`krak oyoqlari asosida joylashgan. Ular bir necha qavat bo`lib joylashgan oqish rangli juda yupqa patsimon o`simtalardan tashkil topgan. Jabralarda juda ko`p mayda qon tomirlari bo`ladi va ana shu tomirlarning devori orqali qonga kislorod o`tadi, karbonat angidrid gazi esa suvga ajralib chiqadi.