MUSTAQILLIK YILLARIDA BILIM YURTNING FAOLIYATI O‘zbekiston Respublikasi mustaqillikni qo‘lga kiritgach, mamlakatimizdagi ta’lim muassasalari qatori harbiy mutaxassisliklar tayyorlovchi oliy harbiy ta’lim muassassalariga ham turli harbiy yo‘nalishlardagi yuqori malakali, yuksak salohiyatli harbiy kadrlar tayyorlashdek dolzarb vazifa yuklatildi. 1991-1993- yillarda bilim yurtida “Moto-o‘qchi qo‘shinlari qo‘mondonlik taktikasi,” ixtisosligi bo‘yicha ofitserlarni tayyorlashni davom ettirish bilan birga bo’lg’usi ofitserlarni turli yo’nalishlarda o‘qitishga tayyorgarlik ko‘rildi. XX asr oxirida 134-bitiruv kursantlari birinchi bo‘lib O‘zbekiston Respublikasining suvereniteti va mustaqilligini himoya qilish uchun qasamyod qabul qildilar. Bilim yurti ofitserlari va kursantlari bir necha bor O‘rta Osiyo harbiy harakatlar teatridagi vaziyatlarda jangovar vazifalarni bajarish uchun jalb qilingan. Mustaqillik yillarida yangi kafedralar tashkil etildi, bilim yurtidagi barcha inshootlar, o‘quv mashg‘uloti binolari va o‘quv-moddiy bazasi qayta ta’mirlandi, bilim yurti yangicha ko‘rinishga ega bo‘ldi. Toshkent oliy umummqo‘shin bilim yurti Respublika Mudofaa vazirligi tasarrufidagi harbiy ta’lim muassasalari o‘rtasida o‘tkazilgan tanlovlarda g‘oliblikni qo‘lga kiritib, “Eng yaxshi harbiy ta’lim muassasasi” nomiga bir necha bor sazovor bo‘lgan.
O‘zbekiston Respublikasi Mudofaa vazirining 1993 yil 26 martdagi 46- sonli buyrug‘i bilan Qizil Bayroqli Qizil yulduz ordenli V.I.Lenin nomidagi Toshkent oliy umumqo‘shin qo‘mondonlik bilim yurti Toshkent oliy umumqo‘shin qo‘mondonlik bilim yurti (TOUQBYu) deb yuritila boshlandi.
Sobiq SSRI va O‘zbekistonning davlat tuzumi va ijtimoiy-siyosiy hayotida ro‘y berayotgan o‘zgarishlarga qaramay, Toshkent OUQBYu bir daqiqaga bo‘lsa ham bo‘lajak ofitserlar tayyorlashdek muqaddas vazifani to‘xtatmagan holda, ushbu ilm dargohida uzluksiz ravishda o‘quv-tarbiyaviy jarayon davom etib kelmoqda.
BIRINCHI O‘ZBEKISTON RESPUBLIKASI QUROLLI KUCHLARI AKADEMIYASI (1994 – 2017- yy.) O‘zbekiston Respublikasi Qurolli Kuchlari Akademiyasi O‘zbekiston Respublikasi Vazirlar Mahkamasining 1994-yil 15avgustdagi 414-49-sonli qarori bilan tashkil etilgan. 1995-yil 2-sentyabr kuni Qurolli Kuchlar Akademiyasi O‘zbekiston Respublikasining birinchi Prezidenti I. A. Karimov tomonidan tantanali ravishda ochildi. Akademiyaning asosiy vazifalari boshqaruvning taktika va operativ-taktika bo‘g‘inlari ofitserlari tarkibini tayyorlash, Qurolli Kuchlar rahbar kadrlarini qayta tayyorlash va malakasini oshirish, mudofaa qurilishida olib boriladigan ilmiy-amaliy tadqiqotlarni o‘zaro muvofiqlashtirish va ishlab chiqish, mamlakatda harbiy ta’lim sifat-samaradorligini oshirishdan iboratdir. Tinglovchilarni o qitishda O‘zbekiston Respublikasi Qurolli Kuchlari manfaatlariga javob beruvchi tajribaga ega bo‘lgan mamlakatimizning yetakchi oliy taʼlim muassasalari hamda xorijiy mamlakatlarning tadqiqot markazlari ekspert va mutaxassislari jalb qilinmoqda. Akademiyada harbiy sohada milliy xavfsizlikka tahdid va hurujlarni, zamonaviy urushlar va harbiy mojarolarning o‘ziga xos xususiyatlarini, mudofaa qurilishining xorijiy tajribasini chuqur o‘rganishga, shu asosda o’quv, ilmiy-uslubiy adabiyotlar va axborot-tahliliy materiallarni tayyorlashga, tinglovchilarning harbiy-ilmiy jamiyati faoliyatini amalga oshirishga qaratilgan tizimli ilmiy tadqiqotlar olib borilmoqda. 1994 yildan 2017 yilga qadar Akademiyada jami 21 marotaba bitiruv o‘tkazilib, boshqaruvning operatin-taktik bo‘g‘iniga 1160 nafar ofitserlar tayyorlandi va ulardan 93 nafar Akademiyani a’lo baholarga tamomladi.
1995 yil 5-mart kuni Toshkent oliy umumqo‘shin qo‘mondonlik bilim yurtiga Mudofaa vaziri tomonidan Jangovar Bayroq va O‘zbekiston Respublikasi Prezidentining Yorlig‘i tantanali ravishda taqdim etildi.
Toshkent oliy umumqo‘shin qo‘mondonlik bilim yurti, harbiy ta’lim beruvchi yetakchi oliy harbiy ta’lim muassasasi sifatida, turli xil davrlarni boshidan kechirgan (ko‘p asrlik tarixi davomida bilim yurtining nomi 18 marta o‘zgartirilgan), ularning har birini o‘z taraqqiyoti, o‘zining eng yuqori rivojlanish cho‘qqisi mavjud bo‘lgan. Aynan shu maskan, aynan mana shu dargoh o‘z davrining qahramonlarini yetishtirib bergan.
72 nafar qahramonlar, 200 nafar generallar, minglab ofitserlar davlat mukofotlari bilan taqdirlandilar, 20 nafar bitiruvchlar Mustaqil Davlatlar Hamdo‘stligi mamlakatlaridagi harbiy idoralarda rahbarlik qilganlar. Toshkent OUQBYu bitiruvchilari deyarli barcha Mustaqil Davlatlar Hamdo‘stligi davlatlarining Qurolli Kuchlarida xizmat qilgan va xizmat qilmoqdalar, ko’plari jangovar harakatlar, antiterror operatsiyalarida qatnashganlar va harbiy ishlar bo’yicha malakali mutaxassislar sifatida tanilganlar.
Akademiya harbiy ta’lim tizimidagi yagona yuqori salohiyatga ega bo‘lgan muassasa sifatida e’tirof etilayotgan harbiy ilm-fan markazidir. Tinglovchi va kursantlarni tayyorlashda mamlakatimizdagi yetakchi oliy o‘quv yurtlari va xorijiy mamlakatlar ilmiy markazlari mutaxassislari jalb qilingan. Ularning tajribasi O‘zbekiston Respublikasi Qurolli Kuchlari ta‘lim oluvchilarida katta qiziqish uyg‘otmoqda.