Otopsi bulguları: İçleri berrak sıvı ile dolu veziküllerin veya veziküllerin patlaması sonucu oluşan erozyonların özellikle ağız ve rumen mukoza epitel hücrelerinin stratum spinosum tabakasında lokalize olduğu tespit edilir. Genç hayvanlarda myokarditis tablosu görülür. Kalp kasında kaplan postu görünümünde gri-beyaz çizgiler ve lezyonlar görülür. Histo-patolojik olarak kas ipliklerinde hyalin dejenerasyonu, nekroz ve leukosit infiltrasyonu tespit edilir.
Teşhis: Özellikle bir sürüde aynı anda veya kısa süre içerisinde hızlı bir şekilde hayvanların arka arkaya hastalanmaları karakteristiktir. Aşırı iplik tarzında salivasyon, ağız şapırtısı, mukozalarda, tırnak arası ve meme başlarında veziküller ve erozyonların oluşması klinik tanı için yeterlidir. Aynı bölgede sığır, manda, koyun, keçi ve domuzların aynı anda hastalanıp hastalanmadığına dikkat edilir. En güvenli teşhis, lezyonlardan indirekt virus izolasyonu veya serolojik olarak antijen varlığının tespit edilmesidir.
Ayrıcı tanı:Stomatitis vesicularis, IBR, BVD/MD, stomatitis papullosa, Çiçek hastalığı, sığır vebası, CGB, mavi dil, koyunlarda ektima ile karışır. Ayrıcı tanısında şap hastalığın çok karakteristik klinik belirtilerinin olmasıyla diğer hastalıklardan kolayca ayırt edilir. St. vesicularis;Şapa benzeyen lezyonlar, bir bölgede hem atlarda hem de sığırlarda birlikte görülür. Sığır vebası; Ağız ve diş etlerinde kepek serpilmiş tarzda grimtrak nekrotik odaklar ve yüksek ateş mevcuttur. Şiddetli gastroenteritis, seromüköz burun akıntısı ve göz yaşı tipiktir. Ölüm oranı çok yüksektir ve morbidite % 100’e kadar ulaşır. Ayaklarda lezyon gelişmez. VD-MD; Ağız lezyonları sığır vebasına benzer, morbidite yüksek (şap hastalığı kadar yüksek değildir) ancak mortalite düşüktür. Hayvanlarda tipik bir vezikül yoktur ve yaygın ülserler ile birlikte gastroenteritis mevcuttur. CGB; Hastalık çok tipik patognomik semptomlarından dolayı kolayca tanınır. Ağızda erozyon ve ülserler ile yüksek ateş vardır. Dil papillarında hiperemi ve uçlarında nekroz vardır. Deri, gastrointestinal ve baş-göz formlarındaki (encephalitis, çevreden merkeze doğru keratitis) bulgularla kolayca ayırt edilir. Ayaklarda lezyon gelişmez. Mavi Dil; Koyun ve sığırlarda görülür, dilde siyanotik bir görünüm vardır. Ayaklarda lezyon gelişmez. Ektima; Koyun, kuzu ve oğlaklarda görülen bir hastalık olup dudaklarda papillomlara neden olur. Dudak ve burunda karnabahar görünümündeki papillomlar tipiktir.