Tez özetleri Astronomi ve Uzay Bilimleri Anabilim Dalı

Fusarium Graminearum Ve Fusarium Culmorum İzolatlarının Rapd Markırlarına Dayalı Genetik Tiplendirmesi

Bu çalışmada yurdumuzun çeşitli yörelerinde yetiştirilen arpa ve buğdayda başak yanıklığına neden olan toplam 18 Fusarium izolatı genetik düzeyde PZR’nuna dayalı yöntemler kullanılarak tanımlandı. Ayrıca bu izolatların RAPD markırlarına dayalı genetik tiplendirmesi de yapıldı.

Öncelikle Fusarium izolatlarında tüm mantarlarda yüksek düzeyde korunmuşluk gösteren 28S rRNA geni PZR ile tarandı. Her bir izolatın bu korunmuş diziyi taşıdığı gösterildi. İzolatlar tür düzeyinde SCAR markırları çoğaltılarak tanımlandı. Kültür koleksiyonundan sağlanan 5 izolatın (F5, F6, F7, F8 ve F9) da F. graminearum türüne ait oldukları doğrulandı. Ancak F. culmorum izolatlarından F13 tür düzeyinde SCAR markırı ile tanımlanamadı. Geri kalan 11 izolatın bu türün bireyleri olduğu gösterildi. Tarla izolatının ise bu iki türe de ait olmadığı belirlendi. Ayrıca mikotoksin biyosentez yolağıyla ilişkili olan tri7 ve tri3 gen dizileri temel alınarak, PZR analizleri kemotip ve alt kemotipleri belirlemede kullanıldı. Çalışmada kullanılan tüm Fusarium izolatlarının DON kemotipine sahip oldukları belirlendi. Aynı zamanda, F. graminearum izolatlarının 15-ADON, F13 hariç tüm F. culmorum’ların ise 3-ADON mikotoksinlerini üretme potansiyeline sahip oldukları gösterildi. Ancak, tarla izolatının (B) alt kemotipi belirlenemedi. Bugüne kadar tanımlanmış 3-ADON alt kemotipindeki F. culmorum izolatlarından farklı olarak, bu çalışmada kullanılan F. culmorum izolatlarının tam boyda tri7 genini taşıdığının belirlenmesi kayda değer bir bulgudur.

Yurdumuzun farklı bölgelerinden izole edilen toplam 18 izolatın tür içi ve türler arası benzerliği RAPD yöntemi kullanılarak araştırıldı. Fusarium graminearum’un tür içi benzerliği % 43-76.1 (sırasıyla, F5 ile F8, F6 ile F7), Fusarium culmorum’un tür içi benzerliği ise % 49-81.1 olarak hesaplandı (sırasıyla, F2 ile F17, F20 ile F21). Bu iki tür arasında genetik olarak en yakın izolatların F. graminearum F7 ve F. culmorum F2 olduğu belirlendi (% 13.7). Ayrıca iki türün yüksek polimorfizm (% 93.3) potansiyeli taşıdığı da gözlendi.

Tekrarlanabilen kararlı polimorfik RAPD markırlarının SCAR markırları olarak kullanılabilirliği araştırıldı. Bu amaçla taranan 22 RAPD markırından yedisinin çeşitli organizma genomları ile yüksek homolojiye sahip olduğu belirlendi. Ancak elde edilen RAPD markırları genomda allelik bölgeye ait olmadıklarından bu markırlarının SCAR markırı olarak Fusarium tür tanısında kullanılamayacağı gösterildi