Sanoatida iqtisodiy faol aholining 25% band. Energetika, metallurgiya, avtomobilsozlik, kemasozlik, kimyo, neft kimyosi, qurilish materiallari sanoati kabi tayanch tarmoqlar chetdan olinadigan xom ashyo hamda texnologiyaning eng yangi yutuqlari asosida deyarli butunlay yangidan barpo etildi. Energetika sanoati ham asosan, chetdan keltirilgan neftga asoslangan. Yiliga oʻrtacha 1,097 trillion kVtsoat elektr energiya hosil qilinadi; uning 706,4 mlrd. kVtsoati issiqlik elektr st-yalarida, 91,8 mlrd. kVtsoati GESlarda, 295 mlrd. kVtsoati atom elektr st-yalariga toʻgʻri keladi (2002). 2003 yil 52 atom elektr st-yasi ishladi. Yaponiya sanoatida qora va rangli metallurgiya rivojlangan. Kon sanoatida koʻmir, gaz, temir va mis rudasi, pirit, rux, qoʻrgʻoshinrux, marganets, kumush, oltin, simob, kaolin, talk va h.k. qazib olinadi. Mashinasozlik va kimyo sanoati yuksak taraqqiy etgan. Avtomobillar, maishiy texnika, elektron asboblar, aloqa vositalari, kema, poʻlat, sement, plastmassa, sintetik tola, robot ishlab chiqarish, neftni qayta ishlash, biotexnologiya mamlakat iqtisodiy taraqqiyotining ustuvor tarmoqlaridandir. Yaponiya sanoati 4 asosiy r-n: Keyxin (Tokio, Kanagava), Chukyo (Aychi, Mie), Hanshin (Osaka, Hiogo), Kita Kyushu (Fukuoka)ga boʻlingan. Mazkur r-nlarda jami sanoat mahsulotining 40% dan ortigʻi ishlab chiqariladi.
Qishloq xoʻjaligida hosildorlik boʻyicha dunyoda oldingi oʻrinlardan birida boʻlib, u yuqori darajada mexanizatsiyalashgan va avtomatlashtirilgan. Iqtisodiy faol aholining 4,2% q.x.da band. Hududining 12,9% yoki 4,8 mln. gektarida dehqonchilik qilinadi. Dehqonchilikda asosiy ekin — sholi (2002 yil 11 mln. t sholi yetishtirilgan). Shuningdek, kartoshka, sabzavot, oz miqdorda bugʻdoy va dukkakli don ekinlari ekiladi. Mevachilik, bogʻdorchilik, chorbogʻ xoʻjaligi rivojlangan. Chorvachilikda qoramol, choʻchqa, parranda boqiladi; pillachilik va baliqchilik rivojlangan. Yaponiyada 3000 dan ortiq baliq ovlash portlari boʻlib, dunyo boʻyicha ovlanadigan baliq va dengiz jonivorlarining 15% shu portlarga toʻgʻri keladi.