Burxoniylar hokimligi davrida Bu davr musulmon ruhoniylari, ayniqsa Samarqand va Buxoro ruhoniylarining taʼsiri va qudrati orta borishi bilan eʼtiborga sazovor. Samarqand xoni Ahmad ular bilan kurashda 1095-yili halok boʻldi. Ana shu kurashning ilk bosqichida 1069-yili uning oʻtmishdoshi Shamsulmulk Buxoroda juda eʼtiborli kishilardan biri boʻlgan imom Ismoil as-Safforni qatl ettirdi. XII asr boshlarida Sulton Sanjar oʻziga xos Burxoniylar yoki sadrlar sulolasining asoschisi boʻlib qolgan boshqa oilaning aʼzosi Imom Abdulazizni Buxoro shahri raisligiga (hokimligiga) tayinladi. Ular XIII asr boshlanishiga qadar Qoraxoniylarga boʻysunishgan lekin, oʻz qoʻllarida Buxoro vohasi ustidan ham diniy hokimiyatni jamlashdi.
Eng muhimi Burxoniylar tangalar chiqarmagan, Buxoroning Qoraxoniylari esa turli xil tangalarni (dinorlar, dirhamlar, falslar) chiqarganlar.[11] Sulolaning ikkinchi aʼzosi Abdulazizning oʻgʻli Umar 1141-yili Qatvon jangida qatnashib, urushdan keyin qoraxitoy gurxon tomonidan qatl qilindi. Shunga qaramay, qoraxitoylar uning oʻrniga Ahmadning ukasini tayinlashdi. XIII boshlariga kelib haddan tashqari boyib ketgan sadrlar shia savdogarining oʻgʻli tomonidan boshqarilgan qoʻzgʻolon vaqtida quvib yuborildi. U shaharni egallagach Malik Sanjar deb ataladigan boʻldi. 1207-yili Muhammad Xorazmshoh Buxoroni zabt etdi va uni oʻzinig ulkan saltanatiga qoʻshib olib, bu yerga sadrlarni qaytardi.
Qoraxoniylar davrida bunyodkorlik ishlari Garchi Somoniylarning taxtdan ketishi tufayli Buxoro oʻzining ilgarigi siyosiy markazlik mavqeini yoʻqotgan boʻlsada, XI—XII asrlarda uning ahamiyati hali nihoyatda yuqori edi, koʻpgina Qoraxoniylar u haqda gʻamxoʻrlik qilishdi. Shamsulmulk Buxoro tevaragida Shamsobod qoʻriqxonasini barpo ettirib, saroy, bogʻ, yaylov va hayvonot bogʻi tashkil qildi, shaharning oʻzida esa 1069-yili jome masjidini taʼmirlatib, qayta qurdirdi. Shamsulmulk vorislaridan biri Buxoroda yana muhtasham qasr qurdirdi. Arslonxon Muhammad (1102—1130) bu yerda ayniqsa koʻp qurilishlar qildi. U qoʻrgʻonni va shaharning tashqi devorlarini tiklatdi. Yangidan minorali muhtasham jome masjidi, ikkita hammom, ikkita saroy qurdirdi. Ana shu saroylardan biri keyinchalik madrasaga, shahardan tashqari namozgohga aylantirildi. Mazkur inshootlardan Namozgoh, aniqrogʻi uning pishiq gʻishtdan koʻtarilgan va sernaqsh bezatilgan mehrob devori, shuningdek jome masjidining minorasi — Arslonxon minorasigina (Minorai Kalon) saqlanib qolgan. U hozirga qadar Buxoroning goʻyoki betakror ramzi sifatida saqlanib kelmoqda. Magʻoki Attori masjidi ham XII asrga oid boʻlib, uning peshtoqi oʻsha davr meʼmoriy bezagining butun boyligi va xilma-xilligini namoyon etadi. Qilich Tafgach xon Masud 1165-yilda Buxoroda shahar devorlarini tikladi.[12]