Chigʻatoy ulusi tarkibida Chigʻatoy ulusi tarkibiga kirgan Buxoro keyinchalik 1238, 1263, 1273—1276-yillarda ham qattiq buzgʻunchilik va vayronkorlikka mubtalo etildi.
1316-yil kuzida Huloku ulusi moʻgʻullarining Buxoro shahri va vohasini soʻnggi bora vayronaga aylantirishdi va talon-taroj qilishdi. Shu bois 1333-yili Buxoro orqali oʻtgan marokashlik sayohatchi Ibn Battutaning: «Bir nechasini eʼtibordan soqit qilganda, hozirgi vaqtda Buxoro masjidlari, madrasalari va bozorlari vayrona holida yotibdi», — deya yozganiga aslo ajablanmasa ham boʻladi.
Shunday qilib, shahar bir necha bor qirgʻin va talon-taroj qilinib, aholisi haydab ketilganligi va shaharga oʻt qoʻyilganligiga qaramay, Buxoro asta-sekin qaddini rostlay bordi. Bunga uning faqat Buyuk ipak yoʻli chorrahasida anʼanaviy joylashgan yirik savdo, hunarmandchilik va madaniyat markazlaridan biri sifatidagi mavqeigina emas, balki bu davrga kelib uning maʼnaviy-diniy markaz, musulmon olamining Sharqiy Makkasi sifatida uzil-kesil qaror topganligi ham katta imkon berdi. Shuning uchun moʻgʻul hukmdorlarining ogʻir yillarida ham Buxoro Movarounnahrning yirik iqtisodiy va siyosiy markazi — ikkinchi poytaxti boʻlib qolaverdi.
