Indoneziya 1991-yil 28-dekabr oyida O’zbekiston Respublikasi mustaqilligini tan oldi, va 1992-yil 23-iyunda diplomatik aloqalar o’rnatildi.
Indoneziya o’zining Toshkentdagi elchixonasini 1994-yil may oyida ochdi. 1996-yilning dekabr oyidan e’tiboran Jakarta shahrida O’zbekiston Respublikasi elchixonasi faoliyat yuritib kelmoqda.
1992-yil iyun oyida O’zbekiston Respublikasining Birinchi Prezidenti I.A.Karimovning Indoneziyaga davlat tashrifi amalga oshirildi, 1995-yil aprel oyida Indoneziya Respublikasi Prezidenti X.M.Suxarto O’zbekistonga davlat tashrifi bilan keldi.
2005-yil dekabr oyida Toshkentda “O’zbekiston va Indoneziya Tashqi ishlari vazirliklari o’rtasida ikki tomonlama maslahatlashuv bo’yicha qo’mita tashkil etish to’g’risida o’zaro Anglashuv Memorandumi” imzolandi hamda siyosiy maslahatlashuvning birinchi davrasi bo’lib o’tdi. Hozirgi kunga qadar uning 6 davra uchrashuvlari o’tkazilgan. (oxirgisi 2014-yil martda Jakartada bo’lib o’tdi.)
Parlamentlararo aloqa turli darajadagi tashriflar almashinuvi orqali izchil tarzda rivojlanib bormoqda. Shu jumladan 2007-yilda Indoneziya Xalq Vakillari palatasi Spikeri Agung Laksono O’zbekistonga tashrif buyurdi. 2008-yilda esa Oliy Majlis Qonunchilik palatasi spikeri muovini Indoneziyaga safar uyushtirdi.
2013-yilda Indoneziya Xalq Vakillari palatasi Parlamentlararo hamkorlik qo’mitasi Raisi S.Hidoyat O’zbekistonga tashrif buyurdi.
2015-yil aprel va may oylarida Indoneziya Respublikasi Milliy Konsultativ kongresi raisining o’rinbosari Mahyudin hamda Indoneziya Respublikasi Mintaqalar vakillari kengashi Parlament yuqori palatasi raisi Irman Gusmanning O’zbekistonga tashrifi bo’lib o’tdi.
2013-yilda Toshkent Davlat Sharqshunoslik Institutida qoshida Indoneziya tili markazi ochildi.
Malayziya O’zbekiston mustaqilligini 1992-yil 1-yanvar kuni tan olgan. Ikki mamlakat o’rtasida diplomatik aloqalar 1992-yil 21-fevralda o’rnatilgan.
Ikki tomonlama do’stona va o’zaro manfaatli hamkorlik munosabatlarini rivojlantirishda tamal toshi O’zbekiston Respublikasi Birinchi Prezidentining 1992-yilgi va Malayziya Bosh vaziri Moxatxir Moxammadning 1993-yilgi rasmiy tashriflari chogida qo’yildi. 2003-yil esa O’zbekistonga Malayziya qiroli Tuanku Sayyod Sirajuddin Jamalullayl tashrif buyurdi.
Ikki tomonlama munosabatlardagi so’nggi muhim yangiliklar sifatida O’zbekiston davlat Rahbarining 2005-yil oktyabr oyidagi Malayziyaga va unga javoban 2008-yil noyabrda ushbu davlat Bosh vaziri Ahmad Badavining O’zbekistonga davlat tashriflari qayd etildi va bu tadbirlar chog’ida o’zaro manfaatli hamkorlikning istiqbolli yunalishlarida bir necha hukumatlararo shartnomalar imzolangan.
Davlat statistika qo’mitasi bergan ma’lumotga ko’ra davlatlar o’rtasidagi o’zaro savdo aylanmasi ko’rsatkichlari 2017-yil yakuni bo’yicha $64,8 mln.ni tashkil qilgan (eksport-$4,2 mln., import-$60,6 mln.).