Ilm-fan. Diniy mutaassiblik, xalq ommasidan diniy aqidalarga so’zsiz itoat etish talablarining kuchayishi ilm-fan ravnaqiga salbiy ta'sir etdi. Shunga qaramasdan ilm-ahllari ijodi batamom to’xtab qolmadi. XVII asrning taniqli olimi, Mir Arab madrasasi mudarrisi Muhammad Sharif Buxoriy (1609-1697) falsafa, tasavvuf, tarix, fiqh, tilshunoslik, astronomiya sohasida 20 dan ortiq asarlar yozgan. Uning „Davriylik haqida risola" asari makon va zamon masalalariga bag’ishlangan. Uning „Xoqonga foydali maslahatlar" kitobi 25 bob 32 fasldan iborat bo’lib, unda shariat qonun-qoidalari, ijtimoiy hayot va axloqiy muammolarga oid ma'lumotlar, hukmdorlar to’g’risida qiziqarli lavhalar o’z ifodasini topgan. Matematika, handasa, kimyo, astronomiya sohasida Mulla Tursun Fariziyning, falsafa va mantiq sohasida Mulla Yusuf Qorabog’iyning asarlari bizgacha yetib kelgan. Boboxoja ibn Xoja Orif Samarqandiy tomonidan 1678-yilda falakiyot, ilmi hay'at haqida risola yozilgan. Mahmud ibn Valining 1636- yilda yozilgan „Baxr ul-asror" („Sirlar dengizi") asarida samarqandlik va buxorolik 20 nafar olim haqida ma'lumotlar berilgan. Subhonqulixon davrida tibbiyot ilmi rivojlandi. Uning tashabbusi bilan Buxoroda „Dor ush-shifouqurilib, bemorlarni davolash ishi yo’lga qo’yilgan, tibbiyotga ixtisoslashgan madrasa qurilib, shifokorlar tayyorlangan. Subhonqulixonning tibbiyotga oid kitoblar jamlangan nodir kutubxonasi bo’lgan. U „Subhoniy tibbiyoti bo’yicha davolash", „Baxtli soatni aniqlashda oy manzillarining mohiyati" nomli ilmi nujumga oid kitoblar yozgan.
Tarixnavislik . XVII-XVIII asr birinchi yarmida Buxoro tarixiga doir qator asarlar yaratiladi. Tarixchi va geograf olim Mahmud ibn Valining „Oliyjanob insonlar jasorati xususida sirlar dengizi" asarida Movarounnahr va Xuroson tarixi, mamlakatlar, shaharlar, okean va dengizlar, hayvonot olami haqida qimmatli ma’lumotlar bayon qilinadi. U „Muhabbatnoma", „Axloq husnlari" risolalari hamda 50 ming baytdan iborat katta devon muallifidir. Tarixnavislikda Muhammad Yusuf Munshiyning „Tarixi Muqimxoniy", Muhammad Amin Buxoriyning „Ubaydullanoma", Muhammad ibn Muhammad Zamon Buxoriyning „Muhit ut-tavorix" („Tarixlar dengizi"), Abdurahmon Tolening „Abulfayzxon tarixi", Xojamqulixon Balxiyning „Qipchoqxon tarixi" asarlari muhim ahamiyatga egadir.