Əsas hissə İsmailiyyə sarayı 1907-ci ildə dövrünün qabaqcıl təsərrüfat rəhbərlərindən olan, sovet hakimiyyəti dövründə Azərbaycanda 98 bina tikdirmiş, Azərbaycana faydalı işlər görmüş Ağa Musa Nağıyev tərəfindən tikilmişdir. Dövrün sağalmaz xəstəliyi sayılan vərəm xəstəliyindən gənc yaşlarında dünyasını dəyişən oğlu İsmayılın xatirəsinə bina tikdirən Ağa Musa Nağıyev bu binanı polşalı memar İosif Ploşkoya tikdirib. İsmailiyyə sarayı haqqında Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin qurucusu Məhəmməd Əmin Rəsulzadə Türkiyədə nəşr olunan “Azərbaycan Cümhuriyyəti” kitabında belə demişdir: “Bəlkə də bu, belə bir məqsədlə tikilən binaların möhtəşəmliyindən irəli gəlir”. Bina İslam dünyasında bir ilkdir. ” [4].
Tarixçi - yazıçı Manaf Süleymanovun “Eşitdiklərim, oxuduqlarım, gördüklərim” kitabında belə bir maraqlı epizod var: Hacı Zeynalabdin fürsət qatıb soruşur: “Ağır Musa oğlunun adını əbəsiləşdirmək istəyirsən? Müsəlman xeyriyyə cəmiyyətinin öz binası yoxdur, mənim tikdirdiyim qızlar məktəbindən bir az ağaıda isə əla boş yer var. Orada ev tikdir. “İsmaıliyyə” adlandıraq. Onda sənin bəxtsiz oğlunun adı bizim yaddaşımızdan silinməz”. Musa Nağıyev ruhlanıb deyir: “ Nə deyirəm, yaxşı təklifdir. Razıyam.”
Hacı Zeynalabdin Tağıyev, Murtuza Muxtarov, Şəmsi Əsədullayev, İsa bəy Hacınski, Dadaşovların və böyük bir külənin iştirakı ilə 1908 - ci il 21 dekabrda ilk daşın təməli qoyuldu.
Tikintisi 1913-cü ildə başa çatdırılan binaya ilk olaraq Müsəlman Xeyriyyə Cəmiyyətinin rəhbərliyi köçüb. Sonra Bakıdakı bütün təhsil cəmiyyətləri binaya köçdü. Lakin bir il sonra Birinci Dünya Müharibəsinin başlaması ilə əlaqədar bina xəstəxana kimi istifadə olunmağa başladı [10].
1920-ci ildə Azərbaycanda Sovet Sosialist Respublikaları İttifaqı yaradıldıqdan sonra İsmayıliyyə sarayının sökülməsi qərara alınsa da, yerli əhali binanın qarşısına toplaşaraq buna etiraz etdiyi üçün onun bərpasına başlanılıb. Binanın bərpası üçün erməni memar Vartan Sarkisov tapşırılıb. Bərpa zamanı binanın baş planında heç bir dəyişiklik edilməsə də, fasadında müəyyən dəyişikliklər edilib. Əldə olan yazılı mənbələrdən göründüyü kimi, indi Qurani-Kərimdən ayələrin və hədislərin yer aldığı medalyonların üzərində SSRİ-nin qızıl beşguşəli qırmızı ulduzu görünür. 1924-cü il yanvarın 21-də SSRİ-nin qurucusu Vladimir İliç Ulyanov (Lenin) vəfat etdikdən bir gün sonra “İsmailiyyə sarayı” Leninin adını daşısa da, bina ictimaiyyət arasında “İsmailiyyə” kimi qalıb və elmə xidmət edir. 1924-cü ildən sonra “Azərbaycan Tədqiqat və Araşdırma Dərnəyi Türk Mədəniyyəti Sarayı” kimi fəaliyyətə başlayan bina SSRİ Elmlər Akademiyasının Zaqafqaziya Bölməsinin Azərbaycan şöbəsi kimi istifadə edilmişdir. Bina 1945-ci ildən sonra Azərbaycan SSRİ Milli Elmlər Akademiyası adlandırılmışdır. Hazırda bina Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyasının Prezident Binası kimi istifadə olunur. Bu binanın iclas zalında tez-tez elmi konfranslar, ədəbi müzakirələr keçirilir. Maksim Qorki, Vladimir Mayakovski, Nazım Hikmət kimi yazıçılar bu binanın iclas zalında oxucuları ilə görüşüblər [9].
Erməni memar Vartan Sarkisov tərəfindən bərpa edilən binanın baş planında heç bir dəyişiklik edilməsə də, fasad dizaynında müəyyən dəyişikliklər edilib. Bərpa zamanı binanın fasad dizaynında “siyasi” və “dini” dəyişikliklər edilib. Bundan əlavə, Qotika dövrü memarlığının ortaya çıxdığı coğrafiyadan uzaqda inşa edilmiş bir əsər olsa da, Qotika memarlığının fasad elementlərindən də simvolik mənada istifadə edilmişdir [14].
Məlumdur ki, qotik üslublu binalar əsasən çox pəncərəli şaquli meylli olur. Bu üslubdan “İsmaıliyyə” sarayında istifadə olunub. Lakin Ploşko Bakı memarlıq üslubuna xələl gətirməyəcək tərzdə binanı inşa etdi.
Binanın dekorativ elementləri antik və intibah dövrü memarlıq elementlərini özündə birləşdirir. Binanın memarlıq dəyərini qiymətli edən xüsusiyyətlərdən biri odur ki, eksteryerində qotika memarlıq ənənələrinin izini daşıyan memarlıq formaları interyerdə klassik forma əvəzlənib. Binanın həm eksteryer, həm də interyerində iti formaların olduqca zəif formalarla əvəzlənməsi isə İsmayıl N. Erkən ölümü və nakam həyatına işarədir [6].
Siyasi məzmunlu dəyişikliklərdən biri də binanın tikintisi zamanı fasadda Qurani-Kərimdən ayələrin və hədislərin əks olunduğu medalyonlarda edilib. Bu medalyonlar çıxarılıb və qırmızı fonda sarı xətlərlə tərtib edilmiş SSRİ-nin beşguşəli ulduzundan istifadə edilib. İsmailiyyə Sarayı yanğından əvvəl, arxiv mənbələrindən məlumdur ki, ilkin olaraq 1913-cü ildə tikilmiş binanın ön hissəsindəki medalyonlarda Qurani-Kərimdən ayələr və hədislər var idi. Memar Vartan Sarkisov bərpa zamanı SSRİ-nin simvollarından biri olan beşguşəli qırmızı ulduzu bu medalyonlara əlavə edib [15].