Yura çöküntüləri. Leyas, Aalen, Bayos, Bat, Kellovey mərtəbələri ilə təmsil olunur və Naxçıvan (ərazisinin) vilayətində az yayılmışdır. Onlar Trias üzərinə qeyri-uyğun yataraq çökmə-vulkanogen fasiya ilə xarakterizə olunub, bazalt və onların piroplastlarından və eləcə də gillərdən, qumdaşlarından, mergellərdən, əhəngdaşlarından təşkil olunmuşdur. Ümumi qalınlıq Gülüstan kəsilişdə 700 m-ə çatır.
Təbaşir çöküntüləri Həkərı çay hövzəsində və Ordubad sinklinalında yayılmışdır və ancaq üst şöbə ilə (Senoman, Turon, Konyak, Santon, Kampan, Maastrix, Apt) təşkil olunur, litoloji tərkibcə qumdaşlarından, arqillitlərdən, əhəngdaşlarından, dolomitlərdən və gillərdən (terrigen-karbonat fasiyası) təşkil olunmuşdur. Ümumi qalınlıq 2000 m-ə çatır.
Kaynozoy. Paleogen bütün şöbələri (Paleosen, Eosen, Oliqosen) və yarımşöbələri ilə təmsil olunur.
Paleosençöküntüləri geoloji ədəbiyyatda ümumi litoloji-stratiqrafik əmələgəlmə şəraitini nəzərə alaraq Paleosen çöküntüləri birlikdə tədqiq olunur. Bunlara kəsilişin üst hissəsində qeyd olunan 50 m- lik sıx, orta, iridənəli qumdaşı qatı daxildir.
Eosençöküntüləri Ordubad sinklinalının əsas hissəsini təmamilə örtür, çökmə, vulkanogen fasiya (porfirit, tufagen brekçiyalar, əhəngdaşları, arqillitlər) ilə təmsil olunan üç şöbəyə (alt, orta, üst) bölünür. Ümumi qalınlıq 2,5 km-dir.
Oliqosençöküntüləri alt, orta və üst yarımşöbələri ilə təmsil olunur. Bunlardan üst yarımşöbə Miosen ilə birlikdə baxılır. Orta və üst Oliqosen çöküntüləri Əlincəçayın aşağı hissəsində və Nehrəm platosunun şimal-şərq hissəsində yayılmışdır. Litoloji tərkibcə tufagen brekçiyalardan, tufagen konqlomeratdan, tufagen qumdaşlarından (vulkanogen fasiya) ibarətdir. Ümumi qalınlıq 629 m-dir.
Neogen sistemi. Bu sistem Ş.A.Əzizbəyov tərəfindən Oliqosen-Miosen və alt Pliosen stratiqrafik vahidlərə bölünür. Oliqosen-Miosen çöküntüləri Naxçıvan çökəkliyini örtür və üç şöbəyə (alt- üst Oliqosen-alt Miosen; orta- orta Miosen; üst- üst Miosen) bölünür. Neogen sisteminin çöküntüləri duzlu karbonlı-terrigen litofaial ilə təşkil olunmuşdur.
ÜstOliqosen-altMiosen çöküntüləri vulkanik-molass fasiyası (tufagen qumdaşı, qumdaşı, gillər, əhəngdaşları) ilə təmsil olunmuşdur və Naxçıvan çökəkliyinin kənar hissəsində yayılmışdır, ümumi qalınlıq 441 m-dir (Kaşirdağ kəsilişi).
OrtaMiosençöküntüləri. Tarxan-Çokraq (100-250 m), Karaqan (100-625 m) və Konq horizontları ilə təmsil olunur, litoloji tərkibcə gillərdən, qumdaşlarından, əhəngdaşlarından alevritli gillərdən və gips, konqlomerat, çınqıl qatlarından ibarətdir.
AltPliosen (Beçşan effuzizv qatı). Naxçıvan çayı, Zəngəzur və Daralgöz sıra dağlarında yer üzərinə çıxır. Alt Pliosen çöküntüləri vulkanogen fasiya (vulkanik brekçiya, andezit-bazaltı) ilə təmsil olunur, ümumi qalınlığı 915 m-dir. (Toxulçay-Uçqarzali kəsilişi).