Bazı enfeksiyonların olmaması ve floranın bozulması T2 yardımcı hücrelerinin, T1 yardımcı hücrelerine olan hakimiyetini artırarak mukozal bağışıklığı etkiler.
Sonuçta immün tolerans yeteri kadar gelişemez bozar ve birçok alerjik hastalığın ve astımın sıklığını artırır.
Bunun tersine bazı enfeksiyonların olması ve bağırsak florasının bozulmaması başta astım olmak üzere çeşitli alerjik hastalıklardan korur.
Mikroflorası sağlıklı olan kişilerde, mükerrer olarak alerjenlere maruz kalma reaktiviteyi artırmaz; tam tersine reaktiviteyi azaltarak immün toleransın gelişmesini sağlar.
Düzenleyici (regulatuar) T hücreleri (Treg) salgıladıkları antienflamatuar maddeler (IL-10 ve transforme edici büyüme faktörü-β) ile immün toleransının gelişmesini sağlayan en önemli ögelerdir.
