Morfologiya (yunoncha— morf o — shakl; logos — fan deganidir) — o’simlikning tashqi tuzilishi, shakli, individual rivojlanishi (ontogenezi) va tarixiy taraqqiyoti (filogenezi)ni o’rganadi.
Morfologiya fani o’z navbatida o’simliklar anatomiyasi — ularning ichki tuzilishini o’rganadi. Sitologiya (yunoncha s i t o s — hujayra) o’simlik hujayralari, ularning tuzilishi, organlari va vazifalarini; embriologiya (yunoncha embrion — murtak) murtak hosil bo’lishi va uning rivojlanishi; gistologiya (yunoncha g i s t o s — to’qima) o’simlik organlaridagi to’qimalarning joylashishi hamda tuzilishini; gistoximiya — o’simlik to’kima va hujayralaridagi moddalarning joylashishini mikroskop yoki ximiyaviy usullar yordamida o’rganadi.
Bundan tashqari morfologiya o’simliklarning organ hamda qismlarini tasvirlab beradigan organografiya (yunoncha organon — qurol)ga bo’linadi.
Polinologiya(yunoncha p o l i n — chang) o’simliklarning chang va sporalarini tekshiradi; karpologiya (yunon. karp — meva) — mevalar tavsifi va klassifikatsiyasi bilan shug’ullanadi; teratologiya esa o’simlik organlari tuzilishida uchraydigan anomal (yunoncha anomaliya — g’ayritabiiy o’zgachaumumiy tartibdan chetga chiqish) holatlarini o’rganadi.
O’simliklar fiziologiyasi— o’simlik organizmida sodir bo’ladigan barcha hayotiy jarayonlarni (moddalar almashinuvi, o’sish, oziqlanish, nafas olish, fotosintez, rivojlanish va boshqalarni) o’rganadi. Murakkab biologik hodisalarni o’rganishda zamonaviy, fizik va kimyoviy usullardan foydalanadi.
O’simliklar bioximiyasifani organizmlar tarkibiga kiradigan kimyoviy birikmalarning o’zgarish jarayonlarini hamda tashqi sharoitdan organizmlarga kiradigan moddalarni o’rganadi.
O’simliklar sistematikasi — o’simliklarni kelib chiqishiga hamda urug’doshlik (qarindoshlik) xususiyatiga qarab, ularni alohida guruxlar — taksonlar (yunoncha — taksis — tartib bo’yicha joylashish, nomos — qonun) — turkum, oila, qabila, sinf va bo’limlarga ajratib, klassifikatsiya qiladi. Guruhlar orasidagi urug’doshlik (qarindoshlik) munosabatlarini va o’simliklar olami evolyusiyasida muayyan guruhlarning tutgan o’rnini belgilash bilan shug’ullanadi. Bu masalani hal etishda sistematika faqatgina morfologiya ma’lumotlari bilan chegaralanmasdan botanika fanining hamma ma’lumotlariga asoslanadi. Akademik A. L. Taxtadjyan iborasi bilan aytilganda sistematika — biologiyaning poydevori hisoblanadi.
Sistematika tuban va yuksak o’simliklar sistematikasiga bo’linadi.
Tuban o’simliklar sistematikasi bir qancha ilmiy fanlarga bo’linadi.
Mikrobiologiya (yunoncha m i k r o s — mayda, bios — hayot, logos — fan) mikroblarning hayotini hamda ularning tashqi muhit bilan aloqasini va organik dunyo uchun ahamiyatini, mikologiya (lot. mikos — zamburug’) zamburug’larni; algologiya (lotincha a l g o — suvo’t) — suvo’tlarni; lixenologiya (lotincha l i x ye n — lishaynik) lishayniklarni o’rganadigan fanlarga bo’linadi.
Daraxt va butalarning morfologiyasi, sistematikasi, ekologiyasi va xo’jalik ahamiyatini dendrologiya (yunoncha dendron — daraxt, logos — ta’limot) fani o’rganadi.
O’simlik taraqqiyoti evolyusiyasini o’rganishda muhim ahamiyatga ega bo’lgan fanlardan paleobotanika (yunoncha palayos — kadimgi) — bu qazilma holida uchraydigan o’simliklar haqidagi fan bo’lib,o’simliklar olamining rivojlanish tarixini bilish uchun muhim ahamiyatga ega.