Qeyd etmək lazımdır ki, KİS-in tətbiq edilməsi ayrıca bir layihə kimi nəzərdə tutulduğu üçün həmin layihənin effektivliyinin qiymətləndirilməsi lazımdır. KİS-in effektivliyinin qiymətləndirilməsi üçün aşağıdakı ğöstəricilərdən istifadə edilir: İnvestisiyaların qayıtması göstəriciləri (ROİ) Əldə etmənin ümumi dəyəri (TCO) Xərclərin faydalılığı analizi (CBA)İlkin olaraq Əldə etmənin ümumi dəyəri göstəricisinin hesablanması məqsədə uyğundur. Bu göstərici KİS-in tətbiqi və istismar dövründəki xərclərin cəmindən ibarətdir.
Bu göstəricinin çatışmamazlığı ondan ibarətdir ki, ancaq xərclər haqqda məlumatı ümumiləşdirir. Onun üçün də layihənin faydalılığının müəyyən edilməsi lazımdır. Bunun üçün İnvestisiyaların qayıtması göstəricilərindən (ROİ) istifadə edilməlidir.ROİ=(Sistemin tətbiqindən əldə edilən fayda-TCO) /TCO x100%Lakin bəzən belə göstəricinin hesablanması çox böyük çətinliklə bağlıdır. Çünki layihənin başlanğıc mərhələsində sistem tətbiqinin faydasını hesablamaq çətindir. Bunun üçün bəzən uzun müddət lazım olur.
Belə vəziyyətdə Xərclərin faydalılığı analizinin (CBA) aparılması daha məqsədə uyğundur. Xərclərin faydalılığı analizinin (CBA) əsası alternativ iki variantın müqayisəsidir. Burda nəzərdə tutulur ki, layihə tətbiq edilməsə hansı mümkün itkilər ola bilər. Burda həm kəmiyyət göstəriciləri (Əmək məhsuldarlığının artması, ehtiyatların dövriliyinin sürətlənməsi və s. ) həm də keyfiyyət göstəriciləri (Müştərilərə məhsul göndərişindəki gecikmələrin aradan qaldırılması hesabına onların loyallığının artırılması) nəzərə alınması lazımdır. Həmçinin dıgər belə KİS-lərin tətbiqini həyata keçirən şirkətlərin əldə etdiyi nəticələrin analiz edilməsi lazımdır.Hazırda bir çox müəssisələrin rəqabət qabiliyyətliliyinin artırılması yollarından biri də KİS-lərin tətbiqidir. Bu cür layihələr çox risklidir və bahalıdır. Ona görədə bu sahədə mütəxəssislərin sayı artırılmalıdır.