L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Nazorat savollari va topshiriqlari

1. 
   Prokariotlar genomining tashkil etilishi eukariotlarnikidan nimasi bilan farq qiladi?
   
2. 
   Nima uchun tartibga solish mexanizmlari genom tahlilini murakkablashtiradi?
   
3. 
   Nima uchun mRNK splicing genom tahlilini murakkablashtiradi?
   
4. 
   Genetik axborotni tahlil qilish asosida oqsillarni bashorat qilishning umumiy qoidasini tuzing?
   
5. 
   Nima uchun oqsillarning translatsiyadan keyingi modifikatsiyalari genetik ma'lumotlarga asoslangan holda ularni bashorat qilishni qiyinlashtiradi?
   
6. 
   DNK molekulalarining oqsil kodlovchi hududlarini aniqlashning ikkita usuli qanday?
   
7. 
   Nima uchun kompyuter genomi annotatsiyasi eukariotlarga qaraganda bakteriyalar uchun aniqroq va to'liqroq?
   
8. 
   Eukaryotik genomlarda ab initio genini identifikatsiyalash protsedurasining xususiyatlari qanday ?
   
9. 
   Nima uchun geksanukleotidlar statistikasi yordamida eukaryotik genomning kodlangan va kodlanmagan hududlarini samarali ajratish mumkin?
   
10. 
    E. coli genomining qaysi qismi operonlarga yig'ilgan?
    
11. 
    E. coli fermentlarida bo'lishiga misol keltiring .
    
12. 
    E. coli genomining qaysi qismi fermentlarni kodlaydi?
    
13. 
    E. coli bakteriyalari fermentlari to'plamining qanday xususiyatlari uning metabolik moslashuvchanligini ta'minlaydi?
    
14. 
    M. genitalium genomining qaysi qismi kodlanadi?
    
15. 
    M. genitalium bakteriyasining parazitar hayot tarzi uning genom tarkibiga qanday ta'sir ko'rsatdi?
    
16. 
    Eukaryotik genomdagi keraksiz DNK nima?
    
17. 
    Paraloglar nima va ular orfologlardan nimasi bilan farq qiladi?
    
18. 
    Insonning barcha gemoglobin va miyoglobin genlari qanday elementlardan iborat?
    
19. 
    Xamirturush genomi murakkabroq eukaryotlarning ma'lum genomlariga qaraganda kodlash hududlarida zichroq bo'lishining ikkita sababi nima?
    
20. 
    D. melanogaster genomi getero- va euxromatin o'rtasida qanday taqsimlanadi?
    

2. 
   Ochiq o'qish ramkasini topish. ORF Finder.
   
   1. 
      O'qish ramkasini ochish.
      

Ochiq o'qish ramkalari DNK ketma-ketligining to'xtash kodonlari bilan to'xtatilmagan (bu oqsil sintezining tugashiga olib keladigan) va translatsiyaning boshlanishi (boshlang'ich kodon) va oxiri (to'xtash kodon) uchun tegishli signallar bilan chegaralangan segmentlardir . . Shunday qilib, ma'lum bir minimal miqdordagi aminokislotalarni (taxminan 100) kodlaydigan birinchi to'xtash kodonining (tga, 1aa yoki teg) paydo bo'lishigacha bo'lgan nukleotidlarning har qanday ketma-ketligini ochiq o'qish ramkasi deb hisoblash mumkin. Prokaryotlarda ochiq o'qish ramkasini aniqlash qiyin emas. Eukariotlarda ochiq o'qish ramkasini topish intronlar mavjudligi bilan murakkablashadi.
To'g'ri o'qish ramkasi odatda to'xtash kodoni bilan to'xtatilmagan eng uzun ramka hisoblanadi. Aynan u ochiq o'qish ramkasi hisoblanadi (ochiq o'qish ramkasi, ORF). Ochiq o'qish ramkasining oxirini topish uning boshlanishini topishdan ko'ra osonroqdir.
Proteinlarni taxminiy ravishda kodlaydigan DNK mintaqalarining ko'rsatkichlari sifatida bir nechta xususiyatlardan foydalanish mumkin. Bunday xususiyatlardan biri ochiq o'qish ramkasining etarli uzunligi . Kodlash ketma-ketligining boshlanishini aniqlashda qo'shni Kozak ketma-ketliklarini tanib olish ham foydali bo'lishi mumkin: (5')-acc augg - (3') - boshlang'ich kodonning o'ziga xos nukleotid muhiti. "Kozak ketma-ketligi" uni kashf etgan Merilin Kozak sharafiga nomlangan.
Bundan tashqari, ishlatiladigan kodonlar to'plami kodlash va kodlanmagan hududlarda farq qilishi aniqlandi.
Xususan, ma'lum aminokislotalarni kodlash uchun kodondan foydalanish chastotalari har xil turdagi organizmlar o'rtasida farq qiladi va ketma-ketlikning tarjima qilish uchun mo'ljallanmagan hududlarida kodondan foydalanish qoidalari buziladi.