L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

statistik tahlili 5'- va 3'-UTRlarni aniqlash uchun ham foydali bo'lishi mumkin (shuningdek, noto'g'ri tarjimani aniqlash uchun), chunki bu hududlarda kam foydalanilgan kodonlarning xarakterli bo'lmagan darajada ko'p uchraydi.
4.1-jadvalda turli organizmlar aminokislotalar serinlarini kodlash uchun foydalanadigan kodonlarni tanlashda sezilarli o'zgaruvchanlik ko'rsatilgan.
uchun oltita mumkin bo'lgan kodon mavjud bo'lib, ular printsipial ravishda kodlash ketma-ketligida serin ko'rsatilganda teng chastotada ishlatilishi mumkin (4.1-jadval). Biroq, aslida, organizmlar juda kodon selektivdir . 17-jadvalda ko'rsatilgan kodon chastotalaridagi xarakterli farqlar, ehtimol, oqsillarni kodlaydigan DNK hududlarini bashorat qilishda qo'shimcha omil sifatida ishlatilishi mumkin.
Kodondan foydalanishning turga xos naqshiga qo'shimcha ravishda, ko'pgina organizmlar uchinchi kodon holatida ( wo^/e -pozitsiyalar) a yoki t dan ko'ra g yoki c nukleotidlarini afzal ko'radilar.
paydo bo'lish chastotasining g yoki c ga muntazam og'ishi ham ORF prognoziga yordam berishi mumkin.


4.1-jadval. Turli xil eksperimental organizmlarda qayd etilgan serin kodonlarini qo'llash chastotasi (foizda).

kodon	Escherichia coli, ichak tayoqchasi	Drosophila melanogaster, mevali chivin	Homo sapiens, inson	Zea mays, makkajo'xori	Saccharomyces cerevisiae, pivo xamirturushi
agt	3	bitta	o'n	to'rtta	5
yoshi	yigirma	23	34	o'ttiz	to'rtta
teg	to'rtta	17	9	22	bitta
choy	2	2	5	to'rtta	6
tet	34	9	13	to'rtta	52
tcc	37	42	28	37	33

Prokaryotik genlarning boshlang'ich kodonining yuqori qismidagi mintaqadagi ORFlarni aniqlashning yaxshi usuli ribosomalarni bog'lash joylarini topishdir (bu ribosomalarni to'g'ri tarjimaning boshlang'ich pozitsiyalariga yo'naltirishga yordam beradi).

Eukaryotlarda muqobil birlashma turli uzunlikdagi potentsial gen mahsulotiga olib kelishi mumkin, chunki barcha ekzonlar oxirgi transkripsiyalangan mRNKda qolmasligi mumkin (garchi ekson tartibi har doim saqlanib qolsa ham).
Agar mRNKni tahrirlash jarayoni turli uzunlikdagi polipeptidlarning tarjimasiga olib keladigan bo'lsa, unda bunday oxirgi oqsillar qo'shilish variantlari yoki muqobil ravishda birlashtirilgan shakllar deb ataladi. Shunday qilib, cDNK yoki mRNK namunalari uchun ma'lumotlar bazasini qidirish natijalari (so'rovlar ketma-ketligi bilan mos keladigan bir nechta bo'shliqlarni ko'rsatadigan transkripsiyadan keyingi darajadagi ma'lumot muqobil birlashma natijasi bo'lishi mumkin.

2. 
   Ketma-ketlik ta'rifi.
   

Klon - bu olingan shablon bilan bir xil bo'lgan ko'chirilgan DNK parchasi. Klonlarning nukleotidlar ketma-ketligini aniqlash jarayoni butun DNK ketma-ketligini tahlil qilish imkonini beradi. Ketma-ketligi allaqachon ma'lum bo'lgan ba'zi genlarni klonlash bo'yicha tajriba yakunida klonlangan ketma-ketlik haqiqatan ham nashr etilgan transkript bilan bir xil ekanligiga ishonch hosil qilish kerak.
DNKning asl kloni mRNK shabloni yordamida sintezlanadi. Keyinchalik bu klon ketma-ketlashtiriladi. Genomning fizik xaritasidan olingan klonlar ketma-ketligini ochish ov miltig'i usuli bilan ketma-ketlashtirilgan butun genomni yig'ish orqali amalga oshiriladi. To'pponcha usuli bilan butun genom ketma-ketligi quyidagicha amalga oshiriladi.