L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

aniqlashni osonlashtiradi .
turli xil gomologlar ichida kichik oilalarni tasniflash uchun ishlatilishi mumkin .
Proteinlar yuzasida past darajada saqlanib qolgan va qo'shish va o'chirishlarni o'z ichiga olgan qoldiqlar to'plamining paydo bo'lishi ehtimoli yuqori . Ushbu ma'lumotlar vaktsinalarni ishlab chiqishda ishlatilgan, chunki bu hududlar mahalliy tuzilmalar bilan yaxshi o'zaro ta'sir qiladigan antikorlarning shakllanishini rag'batlantirish ehtimoli yuqori.
Bir nechta ketma-ketlikni moslashtirishga asoslangan tuzilmani bashorat qilish usullari bitta ketma-ketlik tahliliga asoslangan usullardan ko'ra ishonchliroqdir. Masalan, gomologik modellashtirish asosan to'g'ri ketma-ketlikni moslashtirishga bog'liq.
o'zgaruvchan pozitsiyalarga nisbatan konservativ pozitsiyalarga ko'proq og'irlik berib, tekislash jadvalida ko'rsatilgan ma'lumotlar bazasidagi ketma-ketliklar bilan moslashtirish kerak.
Agar protein zanjirining har qanday qismi mutlaqo saqlanib qolganligi ma'lum bo'lsa, unda protsedura bunday motifning majburiy mavjudligini talab qilishi kerak.
Shu bilan birga, ushbu operatsiyaning qattiqligining juda yuqori darajasi qiziqarli uzoq qarindoshlarning qoldirilishiga olib kelishi mumkin, shuning uchun ba'zi og'ishlarga yo'l qo'yish kerak.
Hizalangan ketma-ketliklar jadvalidagi har bir pozitsiyaning konservatizmining miqdoriy o'lchovi sifatida aminokislotalarning ehtimollik taqsimoti taqqoslanadi.
Masalan, tekislash uchun siz vazn matritsasi yaratishingiz mumkin


A -18 -10 -1 -8 8 -33 -10 -2 -8
-22 -33 -18 -18 -22 -26 22 -24 -19 -7 -35 0 -32 -33 -76 -17 -34 -310
-27 15 -25 -26 -9 23 -9 -24 -23 -1 60 -30 12 14 -26 -29 -15 4 12 -29
-30 -20 -28 -32 28 -14 -23 -33 -27 -5 -13 -12 -25 -25 -16 14 -22 -22 -23 -10 3 -27 21 25 -29 -23 -8 33 19-23
-26 25 -25 -27 -6 4 -15 -27 -260
14 -28 19 27 -27 -20 -9 33 26 -21 3 -15 10 14 -17 -10 -9 25 12 -11
-22 -6 -24 -27 18 -15 -24 -24 -4
-30 24 -26 -28 -14 -10 -22 -24 -26 -18 -32 5 -25 -26 -9 24 -16 -17 -23 7 -18 9 -22 -22 -10 0 -18 -23 -22 -4 -22 -8 -16 -21 112 -1 -24 -19 -4
-10 -10 -6 -7 -5 -8 2 -10 -7 -11
0 -25 22 25 -19 -26 6 19 16 -16
9 -25 -18 -19 -25 -27 -34 -20 -17 -28
Y 34 -18 -1 1 -23 -12 -1900 -18
uning elementlari berilgan hizalanishning har bir ustuni uchun berilgan aminokislotalarning og'irligini ko'rsatadi .
Bunday matritsani qurishda bir nechta usullar qo'llaniladi.
Birinchidan, profilning vakili hizalanish amalga oshiriladigan ketma-ketliklar soni bilan ortadi.
Ikkinchidan, ma'lum aminokislota i ning boshqa kuzatilgan aminokislotalarning o'rinbosar og'irligi aminokislotalarni almashtirish matritsalari, masalan, PAM250 yoki BLOSUM62 yordamida hisobga olinadi. Bunday holda, aminokislota i qiymatini olishi mumkin
affia D i 1 (,1) □ a D i 2 ( ,2) □ da D i ₃ (,20).
Aslida , aminokislotalar uchun qiymatlar vektori almashtirish matritsasi va qoldiqlarning chastota vektori mahsulotidir.
Ushbu sxema qiymatlarni kuzatilgan aminokislotalar o'rtasida taqsimlaydi, almashtirish ehtimoli bo'yicha tortiladi. So'rovlar ketma-ketligidagi aminokislotaga yuqori qiymat beriladi, agar u so'rovda shu pozitsiyada tez-tez paydo bo'lsa yoki bu pozitsiyada keng tarqalgan turlarning qoldiqlaridan mutatsiya natijasida paydo bo'lish ehtimoli yuqori bo'lsa. Ya'ni, aminokislotalarni taqsimlash sifatida kuzatilgan namuna va aminokislota chastotalarining kombinatsiyasi qo'llaniladi.
cheklangan to'plamidan foydalanganda uzoq qarindoshlarni tanib olish uchun samaraliroqdir .
so'ralgan ketma-ketlik va profilning optimal tekislanishini izlashni amalga oshiradigan algoritm ikkita ketma-ketlikni tekislashning dinamik dasturlash usulini umumlashtirishdir.
Oddiy profilning nochorligi shundaki, bir nechta ketma-ketlikni moslashtirish oldindan amalga oshirilishi va qat'iy belgilangan tarzda hisobga olinishi kerak.
Muqobil variant - PSI-BLAST dasturi va Yashirin Markov Modellari (HMMs) dan foydalanish, ularning hisoblash (va bashorat qilish) quvvati ma'lumotlar bazalari hajmi bilan ortadi.
PSI-BLAST. PSI-BLAST - bu so'ralganga o'xshash ketma-ketliklar uchun ma'lumotlarga mos keladigan dastur. Bu BLAST dasturining umumlashtirilgan versiyasidir.
BLAST dasturi (va uning variantlari) ma'lumotlar bazasidagi har bir yozuvni so'ralgan ketma-ketlik bilan mustaqil ravishda taqqoslaydi.