L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

E qiymati. Ma'lumotlar bazasini qidirish dasturlari, jumladan PSIBLAST, E-qiymatini bildiradi.
e-qiymati - biz dasturga so'rov sifatida tasodifiy ketma-ketlikni berganimizdek , bir xil Z-balli (yoki yaxshiroq) bo'lgan ketma-ketliklarning kutilgan soni .
Taxminan, E -qiymatlari quyidagicha talqin qilinishi mumkin:
E < 0,02, ehtimol, ketma-ketliklar gomologlardir;
0,02 < E < 1 gomologiya aniq emas;
E > 1 tasodif bo'lishini kutish kerak.
Shuni ta'kidlash kerakki, statistik baholash foydali va zarurdir, ammo ular sog'lom fikr va natijalarning biologikligini sinchkovlik bilan va aniq tahlil qilish o'rnini bosa olmaydi.
Optimal oqsil ketma-ketligi hizalamasida bir xil aminokislotalar qoldiqlarining foizini talqin qilish uchun ko'plab asosiy qoidalar mavjud.
Agar ikkita oqsilning optimal moslashuvida 45% dan ortiq bir xil qoldiq bo'lsa, unda bu oqsillar o'xshash tuzilishga ega va, ehtimol, umumiy yoki hech bo'lmaganda o'xshash funktsiyaga ega deb ishonish uchun yaxshi asoslar mavjud.
Agar ular 25% dan ortiq bir xil qoldiqlarni o'z ichiga olsa, ular o'xshash burmalarga ega bo'lishlari mumkin.
Boshqa tomondan, ketma-ketlik o'xshashligining past darajasi gamologiya imkoniyatini istisno qila olmaydi.
Rassell F. Dulitl 18-25% ketma-ketlik o'xshashligi mintaqasini noaniqlik mintaqasi (yoki noaniqlik mintaqasi) sifatida aniqladi, buning uchun faqat gamologiyani taxmin qilish mumkin. Bu maydon ostida joylashgan juftlashtirilgan hizalamalar unchalik ma'lumotli emas.
Shu bilan birga, muhim ketma-ketlik o'xshashligining yo'qligi umuman strukturaviy o'xshashlikning yo'qligini anglatmaydi.
xamirturush (1plq protein) va E. coli (2pol protein) gomologik DNK sirpanish qisqichlarining aminokislotalar ketma-ketligi bor-yo'g'i 12% o'xshash, ammo ular tuzilishi va funktsiyasi jihatidan deyarli bir xil (3.14-rasm).

a b
3.14-rasm. DNK tutuvchi oqsillar: a - xamirturush oqsili 1plq; b - oqsil 2pol
Escherichia coli
Xulosa qilish uchun noaniqlik maydoni ishonchsiz bo'lsa-da, hizalanishning "teksturasi" (profillari) haqiqiy munosabatlar masalasini hal qilish uchun ham muhimdir - bu o'xshash qoldiqlar izolyatsiya qilingan va ketma-ketlikda tarqalganmi yoki ular "aysberglar" ni tashkil qiladimi? - umumiy faol saytga mos kelishi mumkin bo'lgan yuqori o'xshashlikdagi mahalliy joylar (boshqa atama Doolittle). Umumiy ligandlar yoki funktsiyalar haqida qo'shimcha ma'lumotlardan foydalanish ham foydalidir. Agar fazoviy tuzilmalar ma'lum bo'lsa, biz ularning o'xshashligini bevosita tekshirishimiz mumkin.
Bosh barmoq qoidalari naqshlardan ko'ra ko'proq ko'rsatmalardir. Keling, yana bir nechta odatiy misollarni ko'rib chiqaylik.
Sperma kiti miyoglobin va lyupin leggemoglobin optimal moslashuvda 15% bir xil qoldiqlarga ega. Bu shuningdek, Doolittle tomonidan belgilangan noaniqlik maydonidan past. Shu bilan birga, ikkala molekula ham uch o'lchamli tuzilishga o'xshash, gem protez guruhlarini o'z ichiga oladi va kislorodni bog'laydi. Ular haqiqatan ham uzoq gomologlardir.
Xuddi shu rodan oqsilidagi N- va C-terminal qismlarining ketma-ketligi optimal moslashuvda 11% bir xil qoldiqlarga ega. Agar ular turli xil oqsillarda paydo bo'lgan bo'lsa, ularning munosabatlarini faqat ketma-ketlik asosida hukm qilish mumkin emas edi. Biroq, bitta oqsildagi bunday holat ularning genlarning ko'payishi va divergentsiyasi orqali sodir bo'lganligini ko'rsatadi. Ularning tuzilmalarining aniq o'xshashligi ularning munosabatlarini tasdiqlaydi.
Ikki proteaz ximotripsin va subtilisin 12% o'xshash ketma-ketlikka ega. Bu serin proteazalar xuddi shunday funktsiyani bajaradi va ularning faol joyi ularga xos bo'lgan uchta qoldiqdan hosil bo'ladi. Biroq, ular turli xil fazoviy tartibga ega va bir-biriga bog'liq emas (3.15-rasm).
Ularning katalitik funktsiyalarining o'xshashligi konvergent evolyutsiyaga misoldir. Shuning uchun, bir-biriga o'xshamaydigan ketma-ketlikka ega bo'lgan oqsillar o'rtasidagi munosabatlarni faqat ularning funktsiyalarining o'xshashligiga asoslangan holda qabul qilmaslik kerak.




a b
3.15-rasm. - serin proteazalarning tuzilishi sxemasi: a - tripsin turi; b -
subtilisin turi. U-spirallar, □-varaqlar va U-tsilindrlar sxematik tarzda ko'rsatilgan. Faol markazning maydoni qora uchburchak bilan ko'rsatilgan.

3. 
   Bir nechta ketma-ketlikni tekislash
   

Ko'plik ikki yoki undan ortiq ketma-ketlikning hizalanishidir.