L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

W ga teng bo'lgan so'zlarni qidirishdan iborat bo'lib, ba'zi T chegarasidan yuqori ballga ega. W qiymati odatda oqsil ketma-ketligi uchun 3 ga va nuklein kislotalar ketma-ketligi uchun 11 ga teng. Birinchidan, BLAST (FASTA algoritmiga o'xshash (8.4-bandga qarang)) so'rovlar ketma-ketligidan so'z turkumini tanlaydi va uni har ikki yo'nalishda ham cho'zishda davom etadi, maqsadli ketma-ketlikka mos keladi va bir vaqtning o'zida moslik va nomuvofiqliklarni sanaydi, shuningdek joriy etish uchun jarimalar va davomli bo'shliqlar. So'zni davom ettirish ma'lum S chegarasiga yetguncha amalga oshiriladi.BLAST mos keladigan so'zlarning alohida juftlarini umumiy tekislash balli maksimal qiymatdan ma'lum bir chegaragacha kamayguncha davom ettiradi; natijada dastur yuqori ballga ega bo'lgan juft segmentlarni ishlab chiqaradi.
BLAST - bu paketning turli dasturlarida amalga oshirilgan evristik qidiruv algoritmi.
BLASTP so'rovning aminokislotalar ketma-ketligini protein ma'lumotlar bazasidagi mavzular ketma-ketligi bilan taqqoslaydi.
BLASTN so'ralgan nukleotidlar ketma-ketligini nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasidagi mavzu ketma-ketliklari bilan taqqoslaydi.
BLASTX nukleotid so‘rovlar ketma-ketligining har ikkala DNK zanjirining (Olti-ramkali tarjima yoki 6 -ramkali tarjima) olti kadrli kompyuterlashtirilgan hissiy tarjimasi natijalarini oqsil ketma-ketligi ma’lumotlar bazasi mazmuni bilan solishtiradi.
TBLASTN so'rov oqsillari ketma-ketligini oltita o'qish ramkalari (ikkala iplar) bilan dinamik ravishda tarjima qilingan nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasidan ketma-ketliklar bilan taqqoslaydi.
TBLASTX so'rovning nukleotidlar ketma-ketligining oltita o'qish ramkalari bilan tarjima mahsulotlarini nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasidan oltita o'qish freymlari bilan tarjima mahsulotlari bilan taqqoslaydi.
PSI-BLAST so'rovning aminokislotalar ketma-ketligini protein ma'lumotlar bazalaridagi mavzular ketma-ketligi bilan taqqoslaydi.
PSI-BLAST dasturi ma'lumotlar bazasidagi har bir yozuvni so'ralgan so'rovlar ketma-ketligi bilan elementma-element solishtirishdan boshlanadi.
Keyin u birlamchi so'rovda olingan ketma-ketliklarning mahalliy bir nechta tekislashini yaratadi va keyin ushbu ko'p tekislash yordamida ma'lumotlar bazasiga kiradi.
Keyin jarayon takrorlanadi (ko'p tekislash yana olingan nomzodlar to'plamiga asoslanadi) va natija bir necha iteratsiyalar davomida belgilangan tsikllar tugaguncha yoki protsedura yaqinlashguncha, ya'ni natijalar aniqlanmaguncha aniqlanadi. ketma-ket ikkita so'rov mos keladi.
BLAST nima uchun zarur bo'lganining sababi, to'liq rivojlangan dinamik dasturlash usullari katta ma'lumotlar bazasida to'liq qidirish vazifasi uchun etarlicha tez emas edi. Ko'pincha ma'lumotlar bazasida so'ralgan ketma-ketlikka juda o'xshash ketma-ketliklar mavjud. Kamroq aniq, ammo tezroq dasturlar yaqin o'yinlarni aniqlashga qodir, bu ko'p hollarda talab qilinadi.
Misol uchun, agar inson genomida sichqoncha oqsilining gomologlarini topish zarurati tug'ilsa, u holda o'xshashlik darajasi yuqori bo'lishi mumkin va bu vazifa uchun tezroq usullar mos keladi.
C. elegans yoki xamirturushda inson oqsilining gomologlarini topish zarur bo'lsa , farqlar yanada nozikroq bo'ladi va shuning uchun yuqori aniqlik darajasiga ega dastur talab qilinadi.
BLAST dasturi asoslangan usul odatda nuqta-matritsalarni moslashtirishga o'xshaydi, bu yaxshi mos keladigan mahalliy hududlarni ochib beradi. Ma'lumotlar bazasidagi har bir yozuv uchun so'ralgan ketma-ketlikning qisqa qo'shni hududlariga mos keladigan qisqa tutash hududlar tekshiriladi (ular uchun aminokislotalarni almashtirish matritsasi ishlatiladi), ammo bo'shliqlarsiz. Ruxsat etilgan uzunlikdagi qismlar qidirish jadvallari (xesh jadvallari) yordamida tezda aniqlanadi .
Qidiruv jadvali - bu oddiy qidiruv operatsiyasi bilan hisob-kitoblarni almashtirish uchun foydalaniladigan ma'lumotlar strukturasi (odatda massiv yoki assotsiativ massiv) . Tezlikning oshishiga kompyuter xotirasida oddiy qidiruvni amalga oshirish, mashaqqatli hisob-kitoblarni bajarishga qaraganda ancha kam kompyuter vaqtini talab qilishi tufayli erishish mumkin. Qidiruv jadvallariga misol sifatida trigonometrik funktsiyalar jadvallari yoki logarifmlar jadvallari (masalan, Bradis jadvallari) kiradi, ular muhandislik kalkulyatorlarini ommaviy ishlab chiqarishdan oldin keng qo'llanilgan.
BLAST dasturi mos hududni aniqlashi bilanoq uni kengaytirishga harakat qiladi. Dasturning ba'zi versiyalarida bo'shliqlarga ruxsat beriladi. Chiqishda dastur mahalliy segmentlar to'plamini taklif qiladi.
foydalanadigan PSI-BLAST dasturi, unchalik yaqin bo'lmagan munosabatlarni o'rganishda BLASTga qaraganda ancha samarali . PSI-BLAST 30% dan kamroq mos keladigan fragmentlarda BLASTga qaraganda uch barobar ko'proq gomologlarni aniq aniqlaydi. Shuning uchun bu usul butun genomlarni tahlil qilishda juda yaxshi qo'llaniladi. PSI-BLAST M. genitalurn genlarining 39% , xamirturush genlarining 24% va C. elegans genlarining 21% uchun maʼlum strukturaning oqsil domenlarini aniqlashga qodir .
Ketma-ket tahlilga asoslangan yagona samarali usul bu yashirin Markov modellari usulidir.

3. 
   Yashirin Markov modellari.