L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Nazariy material (ish tartibi).
Odatda tekislashni amalga oshiradigan dastur ClustalW dir . Ushbu vosita uchun hujjatlarni http :// www . ebi . ac . uk /2 mumkin / tutorials / nukleotid / clustalw . html .
O'tgan laboratoriya ishi bizni mahalliy va global moslashuvga asoslangan ketma-ket taqqoslash usullari bilan tanishtirdi. Bu safar biz buning uchun turli xil vositalar va turli skor matritsalaridan foydalanamiz.
Bir nechta ketma-ketlikni tekislash (MSA) nima uchun?
http://en.wikipedia.org/wiki/Multiple Sequence Alignment
Oqsillar yoki DNK ketma-ketliklari o'rtasidagi evolyutsion munosabatlarni o'rganishda bir nechta hizalanishlardan foydalanish mumkin. Evolyutsiya jarayonida nukleotidlar ketma-ketligidagi o'zgarishlar to'planganligi sababli, turli organizmlarning homolog genlarini (bir xil evolyutsion kelib chiqishi bo'lgan genlar) tahlil qilish va keyin ularni MSA yordamida solishtirish mumkin . Bunday moslashtirish natijalari konservativ, saqlanib qolgan, umumiy hududlarni, ya'ni o'zgarishi funktsiyaga ta'sir qilishi mumkin bo'lgan hududlarni aniqlash bo'lishi mumkin. Bu ma'lum oqsillarning funktsiyasini aniqlash va o'zgartirish bo'yicha tajribalarni loyihalash, oqsilning tuzilishi va funktsiyasini bashorat qilish va ma'lum protein oilalarining yangi a'zolarini aniqlash uchun (ya'ni, tasniflash uchun) juda foydali.
MSA ketma-ketliklar to'plamining (oilasining) xususiyatlarini ifodalash uchun foydalidir. Ushbu xususiyatlar (deskriptorlar) keyinchalik mavjud to'plamga o'xshash ketma-ketliklar uchun ma'lumotlar bazalarini qidirish uchun shablon sifatida ishlatilishi mumkin ( bootstrapping ).
MSA MSA uchun progressiv strategiyalar va dasturlar :
Bir nechta tekislash uchun umumiy yondashuv (evristik) ketma-ketlik juftlarini ketma-ket tekislashdir. Ushbu yondashuvning barcha usullari ikki bosqichni nazarda tutadi: barcha ketma-ketliklarni juftlik bilan tekislash, so'ngra klasterlash, yo'riqnomani qurish. daraxtga o'tkazing va qo'llanmaga ko'ra juftliklarni tekislash natijalarini tekislang daraxt .
MSA uchun eng mashhur dasturlardan biri bu ClustalW (va uning modifikatsiyalari). DNK yoki oqsil ketma-ketligini MSA bajarish uchun yuqoridagi yondashuvdan foydalanadi . U eng yaxshi juftlik hizalamasini aniqlaydi va uni birinchi pozitsiyalarga qo'yadi, uni rang bilan ta'kidlaydi va hokazo. Dastur shuningdek, filogramma (filogenetik daraxt) va kladogramma (evolyutsiyadagi vaqt omilini hisobga olmasdan, ma'lum guruhlar o'rtasidagi o'zaro o'zaro yozishmalar grafigi) hosil qiladi. Bu ketma-ketliklar to'plamidagi evolyutsion munosabatlarni o'rganish uchun foydali bo'lishi mumkin.

1. 
   MSAni bajarish uchun ClustalW dan foydalaning EBI veb - saytida http :// www . ebi . ac . uk / Asboblar / msa / clustalw 2 / . Eng oddiy format