L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Gen ontologiyasi ( http://www.geneontology.org/ ) ierarxik, tuzatilgan lug'at bo'lib, unda "gen ifodasi mahsulotlarini biologik jarayonlar, hujayra komponentlari va molekulyar funktsiyalar bilan bog'liqligi nuqtai nazaridan turlarning o'ziga xosligidan qat'i nazar" tavsiflanadi. Ushbu qidiruv vositasi turli yo'llarning tarkibiy qismlarini o'rganishda foydali bo'lishi mumkin.
KEGG ( http://www.genome.jp/dbget-bin/show pathway?hsa04010+5894) - turli metabolik, signalizatsiya va boshqa yo'llarni taqdim etish va vizualizatsiya qilish uchun mo'ljallangan sayt. Saytda metabolik yo'llar va tarmoqlarda ishtirok etadigan barcha oqsillarning izohlari va tavsiflariga havolalar, shuningdek, umumiy oqsillarni o'z ichiga olgan yo'llarga o'zaro havolalar va boshqa ma'lumotlar bazalaridagi oqsillarga havolalar mavjud.
Entrez Gen
( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=search&db=gene ) oqsillar va genlar haqidagi ma'lumotlarni o'z ichiga olgan ma'lumotlar bazasi. Bundan tashqari, mavjud ketma-ketlik yozuvlari bilan bog'liq asl hujjatlarga havolalar mavjud. Entrez Gene undagi barcha oqsillar uchun sinonimlar haqidagi ma'lumotlarni saqlaydi - bu ma'lumotlar bazasiga aniqroq va to'liqroq so'rovlarni amalga oshirishga yordam beradi.
PubMed
( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=search&db=pubmed ) -
Medline ma'lumotlar bazalariga kirish uchun asosiy portal. Ushbu ma'lumotlar bazasida ko'rib chiqiladigan jurnallardagi maqolalarga iqtiboslar mavjud (tahlil qilingan jurnallarda chop etilgan maqolalar). PubMed tomonidan o'tkaziladigan iqtiboslar ko'pgina ilmiy maqolalar uchun to'liq bibliografik ma'lumotlar va tezislarga ega.
Web of Knowledge ( http://portal.isiknowledge.com/?DestApp=WOS ) — hayot haqidagi matnlar va maqolalar uchun qidiruv tizimi. U xususiydir va unga faqat universitet tarmoqlaridan yoki obuna orqali kirish mumkin.
EBIMed ( http://www.ebi.ac.uk/Rebholz-srv/ebimed/index.jsp ) qidiruv natijalarini maqolalarda topilgan korrelyatsiyalar, atamalar va giperhavolalar jadvalida taqdim etadigan qidiruv tizimidir. Biz undan yo'llarda tasvirlangan havolalarni sinab ko'rish uchun foydalanamiz. Ushbu qidiruv tizimi TM elementlarini o'z ichiga oladi, masalan, leksikon yordamida nomlangan ob'ektni tanib olish.
ChiliBot ( http://www.chilibot.net/ ) TM elementlarini olib yuruvchi yana bir qidiruv tizimidir. Bu foydalanuvchilarga bir nechta kalit so'zlarni qidirish va keyin ularning har biri yoki barchasi uchun natijalarni bir vaqtning o'zida ko'rsatish va bu kalit so'zlarning jumlalarda bir vaqtning o'zida paydo bo'lish tarmoqlarini - o'zaro ta'sir va atamalarning o'zaro bog'liqlik tarmoqlarini qurish imkonini beradi.
GATE ( http://gate.ac.uk/ ) kuchli TM vositasi boʻlib, u oʻz TM mashinangizni yaratish uchun oldindan tuzilgan komponentlardan (masalan, bloklar) foydalanish imkonini beradi. GATE umumiy maqsadli matnlar bilan ishlash uchun yaratilgan. Asbob biologik matnlarni qidirish uchun etarli darajada mos emas, chunki ularni qayta ishlash uchun qo'shimcha komponentlar talab qilinadi. Bunday hollarda, qo'lda izohlangan GENIA ma'lumotlar bazasidan olingan namunada dasturning onlayn versiyasining ishlashini baholash uchun Annotation Diff vositasidan foydalanishingiz kerak.