L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Ingliz trubkasi ( http://alias-i.com/lingpipe/web/demos.html ) - onlayn
biologik matnlar bo'yicha o'qitiladigan komponentlarga ega TM Java kutubxonasining demo versiyasi. Biroq, unda yaxshi foydalanuvchi interfeysi va ba'zi boshqa baholash vositalari va vositalari yo'q.
3-rasmda ko'rsatilgan RKIP signalizatsiya yo'li Cho va boshqalar (2003) 6 da juda yaxshi tasvirlangan. Ushbu signalizatsiya yo'lida ishtirok etadigan mexanizmlarni tushunish saraton kasalligini o'rganishda juda muhimdir. Tadqiqotchilar RKIPga ega bo'lgan hujayralar ustida o'nlab tajribalar o'tkazmoqdalar, yo'lning qismlarini olib tashlash yoki blokirovka qilish, retseptorlarni rag'batlantirish, reaktsiyalar kaskadlarini boshlaydigan oqsillar yoki turli birikmalar (dorilar) qo'shish. RKIPning tuzilishi va funksiyasi asta-sekin ko'plab tajribalar orqali paydo bo'la boshladi. RKIP yo'li Raf kinaz inhibitori (RKIP) bilan o'zaro ta'sir qiluvchi Raf-1 oqsilini o'z ichiga olgan MAPK yo'lining bir qismidan iborat.
Ushbu yo'lni tashkil etuvchi Raf-1, RKIP, ERK-PP va boshqalar oqsillari keltirilgan. Raf-1/RKIP ularning o'zaro ta'sirini ifodalaydi, MEK yoki ERK dan keyin "PP" (mos ravishda MEK-PP va ERK-PP) oqsilning faollashtirilgan shaklini bildiradi. Bu, o'z navbatida, ERK-PP ERK bilan bir xil emasligini anglatadi, ammo bu nomlar uchun standart belgilar mavjud emas va shuning uchun ko'plab olimlar yozma ravishda pERK yoki ERKPP dan foydalanadilar.
⁶ Cho, K.-H., va boshqalar, RKIP ning ERK signalizatsiya yo'liga ta'sirini matematik modellashtirish, tizimlar biologiyasida hisoblash usullari bo'yicha birinchi xalqaro seminar materiallarida. 2003 yil Springer-Verlag. p. 127-141.
Yuqorida aytib o'tilganidek, laboratoriyaning birinchi qismida biz ushbu signalizatsiya yo'lining turli jihatlari bilan tanishish va standart vositalar yordamida biologlar aniqroq biologik ma'lumotlarni olishga harakat qilganda duch keladigan qiyinchiliklarni yaxshiroq tushunish uchun onlayn resurslardan foydalanamiz.

10.3-rasm. RKIP signalizatsiya yo'li.


1 -qism
Ushbu resurslarning ba'zilari juda tez emas, xususan, Gene Ontology AmiGO, shuning uchun turli xil brauzer oynalarida laboratoriya vazifalarini parallel ravishda bajarishga arziydi.

1. 
   RKIP signalizatsiya yo'liga kirish
   

Ushbu mashqda siz turli yo'l komponentlarini topasiz va ularning sinonimlarini aniqlaysiz. Siz ularning tarkibiy qismlarini tahlil qilish va signal yo'llari va yo'l tugunlarini bog'laydigan ulanishlarni kesib o'tish orqali yo'llarning funktsiyalarini tushunishni o'rganishga harakat qilasiz.
a ) KEGG veb-saytini oching
http://www. genome.jp/dbgetbin/show pathway?hsa04010+5894 . To'liq MARK yo'lini ko'rib chiqing. RKIP yo'li katta MAPK tarmog'iga aynan qayerda mos kelishini ayta olasizmi? Qaysi RKIP komponentlari ham MAPK komponentlari hisoblanadi? Tanlangan komponent haqida qo'shimcha ma'lumotni ko'rish uchun MAPK komponentlaridan birini bosing. Siz tanlagan komponent/ulanish o'z tarkibida yana qanday signalizatsiya yo'llariga ega?
b ) RKIP ni qidirish uchun boshqa brauzer oynasida Entrez Gene saytini http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=search&db=gene oching . "Qidiruv" ro'yxatidan "Protein" ni tanlang. Ushbu protein haqida nimani bilib oldingiz? Ushbu ma'lumotni va uning sinonimlarini yozing.
c ) Ushbu protein haqidagi ma'lumotlarni batafsilroq qidirish The Gene Ontology veb-saytida amalga oshirilishi mumkin (u bilan ishlash ba'zan uzoq vaqt talab etadi) http :// www.geneontology . org/.

2. 
   Signal uzatish yo'lini o'rganish
   

PubMed ma'lumotlar bazalaridan foydalaning
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?CMD=search&DB=pubmed yoki
Web of Knowledge http://portal.isiknowledge.com/portal.cgi?DestApp=WOS&Func=Frame for
RKIP yo'li haqida ma'lumot qidiring. Adabiyotdan signalizatsiya yoʻli komponentlari haqida koʻproq maʼlumot olishga yordam beradi deb oʻylagan turli kalit soʻzlar yordamida ushbu qidiruvni amalga oshirishga harakat qiling.

3. 
   Maxsus veb-resurslardan foydalanish
   

EBIMed-ni oching ( http://www.ebi.ac.uk/Rebholz-srv/ebimed/index.jsp ) va signalizatsiya yo'lining tarkibiy qismlarini izlashga harakat qiling. Server sizga qanday natijalarni qaytardi?
Beshta komponentni tanlang va ularni ChiliBot ( http://www.chilibot.net/ ) yordamida qidiring. Sizning xaritangiz asl signal yo'liga qay darajada mos keladi? "Sinonimlarni tahrirlash" tugmasini bosing (chapda). 1-bandda tanlagan sinonimlarni qo'shing.
Qayta qidirish.
2-qism
Ushbu qismda biz Lingpipe va GATE yordamida avtomatik ravishda nomlangan biologik ob'ektlarni tanib olishga harakat qilamiz. Asboblar sahifasidagi videoni tomosha qilish orqali GATE bilan ishlash bo‘yicha qo‘shimcha ma’lumot va ko‘nikmalarga ega bo‘lishingiz mumkin
( http://gate.ac.uk/demos/gate-tutorial-all/part-one-all-with-annic-andontology.html ).

1. 
   Turli dasturiy vositalar samaradorligini baholash uchun, juda
   

sinov uchun mos yozuvlar test majmuasiga ega bo'lish muhimdir. Ushbu to'plam odatda "Oltin standart" deb nomlanadi. Ushbu mashqda biz GENIAcorpusning juda kichik qismidan foydalanamiz (http://www-
tsujii.is.s.utokyo.ac.jp/~genia/topics/Corpus/) bu ishni bajarish uchun ba'zi tafsilotlar qo'shilgan.

2. 
   GATEni kompyuterlaringizga yuklab oling va oʻrnating http://gate.ac.uk/download/ . Sahifada *NIX, Windows va MacOS tizimlari uchun tarqatmalar mavjud.
   
3. 
   GATE ni ishga tushiring . Oyna va shrift variantlari Options Configuration -da tuzilgan .
   
4. 
   Menyuni oching Fayl yangi til manbasi GATE hujjati. "Ism" maydoniga "genia" ni kiriting va faylni ochish uchun "ko'rib chiqish" tugmasini bosing (1-ilovadagi matnni alohida faylda saqlang
   

.xml).

5. 
   chap paneldagi Til resurslarida ochilganini ko'rasiz . Uni ikki marta bosish markaziy oynada ikkinchi yorliqni ochadi. Izohlar to'plamini bosing , asl ro'yxatni kengaytiring va turli xatcho'plarni tanlashga harakat qiling. Matn boshqacha ta'kidlanganini ko'rasiz. Sichqoncha kursorini matnning belgilangan qismlari ustiga olib borish qalqib chiquvchi oynalarni keltirib chiqaradi. Ushbu tajribani bajaring. Belgilangan matn ustiga kursorni olib kelsangiz, qalqib chiquvchi oynalarda nima ko'rsatiladi?
   
6. 
   2-ilovadagi belgilanmagan matnni .txt fayli sifatida saqlang. Lingpipe sahifasiga http://alias-i.com/lingpipe/web/demo-ne.html o'ting va Internetda Named Entity Demo uchun qidiruv sahifasini ochishga harakat qiling English Biomedical Text: GENIA Corpus