L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

Uskunalar: kompyuter sinfi, Internetga ulanish.
Nazariy material (ishni bajarish).

10.4-rasm. T-RNK sintetazasining ishi.

T-RNK sintetazasining roli. Bakterial tRNK ketma-ketligini tanlash uchun BLAST dan foydalaning. Tanlangan ketma-ketliklardan foydalanib filogenetik daraxt tuzing.

ssu-16s ketma-ketligi (ribosoma RNK subunit 16s ketma-ketligi) yordamida turning filogenetik daraxtini tuzing. Olingan daraxtlarni solishtiring va ularning o'xshash va farqlarini tushuntiring.

Laboratoriya ishi № 9. Filogenetik daraxtlar.

Maqsad: filogenetik daraxtlar va ularning qurilishi haqida amaliy ko'nikmalar va tushunchalarga ega bo'lish. Dasturiy ta'minot
Uskunalar: kompyuter sinfi, Internetga ulanish.
Nazariy material (ish tartibi).
Polytree: Dasturning veb-versiyasidan foydalanishingiz mumkin http://www.dina.dk/~sestoft/bsa/Match7Applet.html
Phylip: Filipp xizmatiga onlayn kirish:
http://bioweb2.pasteur.fr/phylogeny/intro-en.html . Phylip to'plamiga kiritilgan dasturlar ro'yxatini http://evolution.genetics.washington.edu/philip/programs.html saytida topish mumkin .
Filipp serveridan yuklab olishingiz mumkin:
( http://evolution.genetics.washington.edu/philip/getme.html ) va ushbu paketni mahalliy kompyuteringizda ishlatish uchun oʻrnating. Shuningdek, paketning manba kodlari, ko'rsatmalar va misollar va filogenetik tadqiqotlar uchun boshqa dasturlarga havolalar mavjud.
PORTLASH: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi va o'zgarishlar
PSIBlast (menyu masofasi daraxti yoki natijalar).
Mashqlar
A . Globinlar oilasida filogeniyaning tuzilishi ( beta zanjiri )
Masofalarni va almashtirish matritsalarini hisoblash uchun ClustalW/Phylip dan foydalaning .
a ) Ish uchun zarur bo'lgan fasta formatidagi globin ketma-ketliklari ilovada keltirilgan.
b ) ClustalW ilovalarining istalgan birini oching (onlayn versiyalar, mahalliy ilovalar yoki EMBOSS ( ClustalW o'rami bo'lgan emma dasturi )).

• 
  Browse tugmasi yordamida globin ketma-ketliklarini o'z ichiga olgan fasta faylini yuklang.
  
• 
  Sozlamalarni sukut bo'yicha qoldiring. Chiqish formati PHYLIP ga o'rnatilishi kerak.
  
• 
  Yuborish tugmasini bosing - tekislash algoritmi ishga tushadi.
  
• 
  Hizalamani yangi matn fayliga nusxa ko'chiring va uni saqlang (bu Phylip dasturlariga kirish sifatida xizmat qiladi).
  

c ) Phylip alignment faylini saqlagan katalogni oching.
d ) Phylip paketidagi protdist dasturidan foydalanish (yoki onlayn versiyalari: http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::protdist va http://www.cbib.u-bordeaux2 fr/pise/protdist.html ) masofa matritsasini hisoblash,
tuzilgan globin moslashuviga mos keladi. Saqlangan hizalama nomini Phylip formatida protdist oynasiga kiriting.
e ) Protdist natijalarini fayl matritsasida saqlash.
f ) Endi biz Phylip paketi yoki http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms : :neighbor serveridagi qo'shni dasturidan foydalanib, qo'shnilarni birlashtiruvchi daraxtlarni qurishimiz mumkin. Kirish maydoniga masofa matritsasini kiriting. E'tibor bering, ushbu xizmat sizga UPGMA algoritmidan foydalangan holda daraxt qurish usulini tanlash imkonini beradi. Ikkala algoritmdan foydalangan holda daraxtlar qurishga harakat qilishingiz va ularni solishtirishingiz mumkin.
g ) Qo'shni ikki xil faylni chiqaradi - tashqi fayl (daraxt vizualizatsiyasi) va daraxt fayli (masofalar).
h ) Dragtree dasturidan foydalanib ildizsiz qo'shni birlashtiruvchi daraxtni yoki Dragram yordamida ildiz otgan daraxtni (UPGMA uchun) qurishingiz mumkin. Yaratilgan daraxt fayli foydali bo'ladi.
va ) Phylip paketidagi fitch yoki kitsch dasturlari (yoki http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms : :fitch va onlayn versiyasi) yordamida filogenetik daraxtlarni ham qurishingiz mumkin.
http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms:kitsch ). Vizualizatsiya qilish uchun allaqachon ma'lum bo'lgan chizma yoki chizilgan rasmdan foydalaning. http://mobyle.pasteur.fr/cgibin/portal.py?#forms::protein masofasi filogeniyasi serveridagi kirish maydoniga ketma-ketliklarni qo'yish orqali oddiyroq avtomatlashtirilgan usul mavjud.

2. 
   OIV ma'lumotlarining kelib chiqishi va evolyutsiyasi :
   

Fasta formatida OIV ning nukleotidlar ketma-ketligi (laboratoriya ishining oxirida). Janubiy Afrikadagi OIV kichik turi C ketma-ketliklari (C.ZA sekanslari) va Hindistondan (C.IN) yoki
Quyidagi izolatlarning konvert, gag va pol oqsillari uchun aminokislotalar ketma-ketligini o'z ichiga olgan Fasta fayllari (ilovadagi fasta ketma -ketligiga qarang).
http://artedi.ebc.uu.se/course/UGSBR/hiv/
3-jadval. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/K03454