L. A. Kadirova, A. A. No’monjonov bioinformatika o‘zbekiston Respublikasi vazirligi tomonidan ta’lim yo‘nalishi bo‘yicha darslik sifatida tavsiya etilgan

OIV ketma-ketligi ( B betga ) :
>C.ZA_AY047297
>C.ZA_AY047296
>C.ZA_AY047295
>C.ZA_AY047299
>C.ZA_AY047298
>C.IN_Y17891
>C.IN_Y17892
>C.IN_Y17893
>C.IN_Y18199
OIV konverti oqsillari (B bandiga):
>H1_ELI_D >H1_LAI_B
>H1_MAL
>H1_NDK_D
>H2_D205_B
>H2_ROD_A
>H2_ST_A
>H2_UCI_B
>S_MAC
>S_CP2
>S_AGM
>S_MAN
OIV gag oqsillari (B bandiga):
>H1_ELI_D >H1_LAI_B
>H1_MAL
>H1_NDK_D
>H2_D205_B
>H2_ROD_A
>H2_ST_A
>H2_UCI_B
>S_MAC
>S_CP2
>S_AGM
>S_MAN
OIV pol oqsillari (B bandiga):
>H1_ELI_D >H1_LAI_B
>H1_MAL
>H1_NDK_D
>H2_D205_B
>H2_ROD_A
>H2_ST_A
>H2_UCI_B
>S_MAC
>S_CPZ
>S_AGM
>S_MAN
DNK viruslari H 5 N 1 (C bandiga):
Laboratoriyani yakunlash uchun 4-laboratoriyadagi parranda grippi virusi DNK ketma-ketliklaridan foydalaning.D bandi uchun ketma -ketliklar.
>Papio_hamadryas (babun)
>Pan_troglodytes (shimpanze)
>Homo_sapiens (odam)
>Pongo_pygmaeus (orangutan)
>Pan_paniscus (pigmy shimpanze)
>Phoca_vitulina (port muhri)
> Gorilla _ gorilla ( gorilla )
Laboratoriya darsi № 10. Biologik molekulalarning 3D vizualizatsiyasi .
Maqsad: biomolekulyar vizualizatsiya dasturlari bilan tanishish *
DNK-oqsil kompleksining vizualizatsiyasi.
Uskunalar: kompyuter sinfi, Internetga ulanish.
Nazariy material (ish tartibi):
Agar siz tanangizdagi barcha hujayralarning DNKsini yechsangiz, ular 16 milliard kilometr masofaga cho'ziladi - bu taxminan Yerdan Plutongacha va orqaga bo'lgan masofa.
1869 yilda Fridrix Misher DNKni kashf etdi. Dastlab yangi modda nuklein deb ataldi, keyinchalik Misher bu “modda” kislotali xususiyatga ega ekanligini aniqlangach, modda nuklein kislota deb ataldi.DNK qo‘sh spiralining tuzilishini 1953-yilda Frensis Krik va Jeyms Uotsonlar tomonidan taklif qilingan. Moris Uilkins va Rozalind Franklin tomonidan olingan rentgen ma'lumotlari va "Chargaff qoidalari" Asar 1962 yilda fiziologiya yoki tibbiyot bo'yicha Nobel mukofotiga sazovor bo'lgan.
Proteinlar - peptid bog'i bilan zanjirda bog'langan alfa-aminokislotalardan tashkil topgan makromolekulyar organik moddalar.
Biomolekulalarni ko'rish uchun dasturlar

• 
  Rasmol ( http://rasmol.org/ )
  
• 
  Cn3D ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/CN3Dcn3dinstall.shtml ) • Shveytsariya PDB Viewer ( http://spdbv.vital-it.ch/ )
  
• 
  PyMol ( http://www.pymol.org/ ) • Jmol (veb)
  

PyMol
Tavsif:
PyMol ( PyMOL Molekulyar Grafika System ) oqsillar, kichik molekulalar, molekulyar sirtlar va traektoriyalarning 3D vizualizatsiyasini ta'minlovchi grafik dastur hisoblanadi . Dastur o'rnatilgan Python tarjimoniga asoslangan bo'lib , bu sizning ehtiyojlaringiz uchun dastur imkoniyatlarini kengaytirishni osonlashtiradi. Vizualizatsiyadan tashqari , PyMol tahlil qilingan ma'lumotlarni tahrirlash va keyin uni PDB formatiga yozish uchun ishlatilishi mumkin.
RasMol
Oqsillarning birinchi fazoviy tuzilmalari 1950-1960 ­-yillarda olingan.
http :// www . rcsb . org /
Vizualizatsiya uchun dastlabki ma'lumotlar - markazlarining koordinatalari bo'lgan atomlar ro'yxati (ba'zi koordinatalar tizimida)
Ochiq ma'lumotlar 1 crn . pdb modellari:
Simli model - atomlar orasidagi kovalent bog'lanishlar ularning markazlarini bog'laydigan chiziqlar bilan tasvirlangan. RasMol , qoida tariqasida, atomlar markazlari orasidagi masofa bo'yicha kovalent aloqalar mavjudligini aniqlaydi. (Wireframe, Ties) Wireframe Ties Buyruq: sim ramka
Menteşeli model - atomlar sharlar bilan, bog'lanishlar esa simli model bilan ifodalanadi. Atomlar va havolalar buyrug'i: cpk va simli ramka
Yadro modeli - Ca - atomlarini bog'laydigan shartli chiziqlar (Skelet) tasvirlangan. Kontaktlar jamoasi: magistral Ca atomi
Rasmol jamoalari
Sichqonchaning chap tugmasi - X, Y o'qi bo'ylab aylanish
Shift + sichqonchaning o'ng tugmasi - Z o'qi bo'ylab aylantiring Sichqonchaning o'ng tugmasi - X, Y o'qi bo'ylab harakatlaning Shift + sichqonchaning chap tugmasi - kattalashtirish y x z
tanlang - to'plamni cheklashni tanlaydi - to'plamni tanlaydi va grafik oynasidan qolgan hamma narsani o'chiradi define - to'plam nomini belgilaydi.
To'plamni qanday o'rnatish kerak. Zanjirning barcha atomlari R : *: R Barcha oqsillarning barcha serinlarining barcha atomlari Ser * Barcha Ca - atomlari: *. CA Berilgan qoldiqning barcha atomlari: 15: R qoldiq diapazonining barcha atomlari: 10-28: R Bir atom: Ser 15 : R. OG - bu R zanjirining 15-serinidagi OG atomi Hamma narsa - hammasi Hech narsa (bo'sh to'plam) - hech biri (" cheklash " hech biri "grafik oynani tozalamaydi) oqsilning barcha atomlari , DNK - oqsil , DNK Suvning barcha atomlari - suv Barcha magistral atomlar (oqsil, DNK) - magistral
Mantiqiy operatorlar Mantiqiy "yoki" (to'plam birlashmasi) - vergul yoki " yoki " 15: A ,17: A ,19: A - uchta qoldiqning barcha atomlari Mantiqiy "va" (to'plam kesishishi) - " va " ser va * A - zanjirdagi barcha serinlarning barcha atomlari A Mantiqiy "emas" (to'plamni to'ldiruvchi) - " emas " ser va emas * A - zanjirli serinlardan tashqari barcha serinlar A 15 17 19 yoki Ser * A va Ser * A va emas
Biz nimani ko'ramiz?
Protein yoki DNKni tanlang Protein va DNKni tanlang Suv emas tanlang *:B va (*.CA,*.CB) DNKni tanlang va magistral emas tanlang (leu,met,val,ile) va *:Z va magistralni tanlang. (oqsil, DNK, suv)
rang buyrug'i bilan belgilanadi Rang buyrug'idan keyin quyidagilar bo'lishi mumkin:

• 
  rangni og'zaki belgilash (qizil, yashil, oq, qora, moviy, qizil rang, jigarrang, kulrang)
  
• 
  " cpk " so'zi atom tipidagi rang berishni anglatadi
  
• 
  " zanjir ", " tuzilish ", " model " bo'yicha rang berish ham mumkin *Fon rangini o'zgartirish - fon Atom imzosi: yorlig'ini tanlang 'nomi' barcha serin atomlarining avtomatik imzosi - yorliq ser 1 shrift hajmini o'zgartirish - o'rnatish fontsize Shou tuzilishi haqida ma'lumot ma'lumot - shou molekulasi uchun statistik ma'lumotlarni ko'rsatadi sequence - ketma-ketlikni ko'rsatadi
  

dan 4,0 A dan yaqinroq joylashgan barcha atomlar to'plami (4,0, dna ) ichida " ichida " operatori (1 angstrom = 1,0 x 10-10 metr) ser va ichida (5,0, DNK va magistral ) DNK magistralidan 5 A dan yaqinroq joylashgan barcha serin atomlari to'plami 1 000 000 000 kamroq! = 1 A10 -10 10 -1 m m
Datalcrn.pdb-ni oching Buyruq: hech birini cheklash, oqsilni, magistral 50 ni tanlash, spiralni cheklash Buyruq: hech birini cheklash, oqsilni, magistral 50 ni tanlash, varaqni cheklash Buyruq: ma'lumotni ko'rsatish Alfa spirallari Beta qatlamlari.
Laboratoriya ishi №11. Neyron tarmoq paketining
GUI interfeysidan foydalanish .