84
połączonej wiązaniem N-glikozydowym z zasadą azotową i fosfory-
lowanej (najczęściej na pozycji piątej piątego atomu węgla
w deoksyrybozie).
Zasady azotowe wchodzące w skład DNA to zasady purynowe:
adenina (A) i guanina (G) oraz pirymidynowe: cytozyna (C) i tymina (T).
Nukleotydy mogą łączyć się ze sobą, tworząc wiązanie fosfodiestrowe.
Łącząc się z kolejnymi cząsteczkami, budują łańcuch z ułożonych na
przemian cząsteczek (a raczej reszt) deoksyrybozy i kwasu fosforowego,
a od każdej cząsteczki deoksyrybozy „w bok” od łańcucha odchodzi
zasada azotowa. Należy pamiętać, że w takim łańcuchu
zawsze jeden z
końców zakończony jest „wolnym” trzecim atomem węgla w cząsteczce
deoksyrybozy, a drugi – piątym. Są to końce 3’ i 5’ (ryc. 7). Średnica
takiego łańcucha wynosi 2,2-2,6 nm, a jego długość może przekraczać 23
cm (to wymiary najdłuższej ludzkiej cząsteczki DNA – chromosomu 1,
złożonego z ponad 220 milionów par zasad).
W cząsteczce DNA najczęściej są dwa łańcuchy, leżące równolegle
(choć istnieją cząsteczki pojedyncze, potrójne i poczwórne). Zasady
odchodzą w kierunku drugiego łańcucha, zatem leżą naprzeciwko siebie,
co pozwala na wytworzenie między nimi wiązań wodorowych.
Jednak
wytworzenie tych wiązań uzależnione jest od budowy zasad azotowych:
adenina i tymina tworzą dwa takie wiązania, cytozyna i guanina – trzy.
Ponadto zasady purynowe mają duże cząsteczki (dwupierścieniowe),
pirymidynowe – małe (jeden pierścień). Tak więc tylko w przypadku,
kiedy naprzeciwko siebie leżą adenina i tymina lub cytozyna i guanina
– jest odpowiednia odległość cząsteczek i odpowiednia wartościowość,
aby powstały takie wiązania. Jest to
zasada komplementarności.
Dwa równoległe łańcuchy DNA są wobec siebie komplementarne –
naprzeciwko siebie leżą zawsze odpowiednie zasady azotowe.
Łańcuchy te leżą wobec siebie odwrotnie końcami 3’ i 5’: koniec 3’
jednego leży naprzeciwko końca 5’ drugiego łańcucha; jest to tzw.
ułożenie antyrównoległe. Cząsteczka DNA może mieć układ liniowy, ale
może też zamykać się, tworząc formę kolistą. Nici są skręcone wokół
siebie, tworząc podwójną, prawoskrętną helisę. Dwie nici zbliżone są do
siebie bardziej niż wynosi połowa odległości między kolejnymi
„skrętami” helisy, więc tworzy się „rowek duży” i „rowek mały”. Taki
układ umożliwia dostęp kompleksów enzymatycznych do DNA.
Ogrzewanie dwuniciowej helisy DNA powoduje jej denaturację, czyli
zerwanie wiązań wodorowych pomiędzy parami nukleotydów oraz
rozdzielenie nici DNA.
85
W jądrze komórkowym cząsteczki DNA muszą być niezwykle
precyzyjnie ułożone, aby przy ich ogromnej długości (ludzki
DNA ma
prawie 2 metry długości, musi się zmieścić w jądrze komórkowym
o średnicy rzędu kilku µm) zapewnić szybki dostęp w razie konieczności
użycia jakiegoś fragmentu do transkrypcji. Mają w tym wielki udział
białka histonowe. Wyróżnia się ich pięć głównych klas: histony H1, H2A,
H2B, H3 oraz H4. Białka te są bardzo bogate w aminokwasy zasadowe –
lizynę i argininę. Jednocześnie w środowisku jądra komórkowego mają
duży ładunek dodatni – są polikationami. Sprawia to, że łatwo wchodzą
w interakcje z DNA (kwasem, będącym w środowisku nukleoplazmy
polianionem)
Histony H2A, H2B, H3 i H4 razem tworzą dysk. Dwa takie dyski
układają się równolegle. Na powstałą strukturę, wzdłuż krawędzi dysków,
nawija się dwukrotnie podwójna helisa DNA na długości 146 par zasad.
Taki element strukturalny złożony z histonowego rdzenia i nawiniętego
na nim DNA nosi nazwę nukleosomu. Nukleosomów jest wiele na jednej
cząsteczce DNA; pomiędzy nimi znajdują się odcinki DNA o długości ok.
60
par zasad, stabilizowane histonem H1. Histon ten może powodować
dalsze skręcenie opisanej struktury w solenoid – spiralę o średnicy ok. 30
nm. W czasie podziałów komórkowych, solenoid ulega dalszej kondensacji
dzięki niehistonowym białkom jądrowym budującym rusztowanie
chromosomowe: powstają pętle DNA łączące się w rejonach łącznikowych.
Mniej lub bardziej zespiralizowane DNA wraz z histonami tworzą
Dostları ilə paylaş: