Mavzu: Genomni tahrirlash texnologiyasi Reja. Genom tahrirlash usullari

Sink barmoq yadrolari
Kamchiliklari:

• Dizayn jarayonining nisbatan yuqori narxi va murakkabligi.
• Nomukammal o'ziga xoslik. Ba'zi ZFNlar maqsaddan bir oz farq qiladigan DNK hududlariga bog'lana oladi. Ba'zi ZFNlar buni tez-tez bajaradilar, buning natijasida ular sitotoksiklikka ega bo'lib , genomni tahrirlash uchun yaroqsiz bo'lib qoladilar.

ZFN genom muhandisligida haqiqiy inqilob edi (bu kontseptsiya odatda ular tufayli tug'ilgan), ammo tezda ba'zi yangi, yanada muvaffaqiyatli usullar kerakligi ma'lum bo'ldi.

TALEN (transkripsiya faollashtiruvchisi kabi effektor Nukleaza)
TALE oqsillari patogen Xanthomonas bakteriyalari tomonidan chiqariladi . Ular mezbon o'simliklarning promotorlari bilan bog'lanish va ularning genlarining transkripsiyasini faollashtirish, bakteriyaning omon qolishiga va infektsiyaning tarqalishiga yordam berish uchun kerak.
" TALE kodi " 2009 yilda buzilgan. Ma'lum bo'lishicha, bunday oqsillarning har bir kichik domeni BIR DNK nukleotidini maxsus bog'laydi. Bittasi uchtadan yaxshiroqdir. TALE domenlari to‘plamini FokI yadrosi bilan birlashtiring va sizda TALEN bor!

• Genomdagi deyarli har qanday ketma-ketlik uchun mo'ljallangan bo'lishi mumkin
• Transgenezning yanada samarali, yuqori darajasi
• Nonspesifik faoliyat darajasi sezilarli darajada past
• TALEN muhandislik jarayoni sezilarli darajada kamroq vaqt talab etadi, kamroq mehnat talab qiladi va sezilarli darajada arzon

TALEN - bu inson hujayralarida mitoxondrial DNK uchun ishlagan yagona genomni tahrirlash texnologiyasi!
Tahrir qilish juda qiyin, chunki agar biron bir DNK transfeksiyadan keyin yadroga kirsa, ta'rifga ko'ra, uni mitoxondriyaga qo'yish mumkin.

TALEN
ga nisbatan afzalliklari :
CRISPR/Cas9 – genom muhandisligining yangi davri
CRISPR - klasterlangan muntazam intervalgacha qisqa palindromik takrorlar , maqsadli DNK hududlari bilan bir-birini to'ldiruvchi tarzda bog'laydigan va Cas nukleazasini o'ziga tortadigan qisqa RNKlarni kodlaydigan bakterial genomlarning bo'limlari , bu ulanish joyida ikki zanjirli uzilishni keltirib chiqaradi. Aslida, bakteriyalarda bu tizim immunitet tizimidir - CRISPR RNKlari bakterial genomga kiritilgan xorijiy (ko'pincha fag) DNK bo'limlaridan transkripsiya qilinadi.
CRISPR/Cas9
Aslida, bakteriyalarda ko'plab Cas oqsillari mavjud , ammo faqat Cas9 tizimdagi yagona protein sifatida ishlaydi. Boshqa hollarda, bir nechta Cas oqsillarining kombinatsiyasi talab qilinadi , bu tizimlarni amaliy foydalanish uchun noqulay qiladi.
CRISPR/Cas9
Cas9 ning DNK bilan bog'lanishi uchun ulanish joyi NGG deb ataladigan PAM ketma-ketligi bilan tugashi kerak . Genomda bunday ketma-ketliklar ko'p va agar CRISPR RNK bo'lmasa , Cas9 ularning har biri bilan teng ehtimollik bilan bog'lanadi. Ammo CRISPR RNK mavjud bo'lgani uchun ular Cas9 ni faqat kerakli joyga sudrab boradilar. Ammo shuni yodda tutish kerakki, Cas 9- ni jalb qilmoqchi bo'lgan joyda RAM bo'lishi kerak!