Fermentlar asosiy belgilariga ko’ra 6 ta katta sinfga bo’linadi:
Оksidoreduktazalar - oksidlanish - qaytarilish reaktsiyalarini katalizlovchi fermentlar. Transferazalar – tashuvchi (molekulalar ichida va molekulalararo ko’chishni katalizlovchi) fermentlar
Gidrolazalar – suv ishtirokida organik birikmalarning parchalanish reaktsiyasini tezlashtiruvchi fermentlar.
Ligazalar (sintetaza) – ikki molekula ATF ishtirokida uch pirofosfat bog’ining uzilishi hisobiga birikishini ta`minlovchi fermentlar.
Liazalar – nogidrolitik ravishda moddaning parchalanishini ta`minlovchi fermentlar.
Izomerazalar – izomerlanish reaktsiyalarini ta`minlovchi fermentlar. Ular molekulalar orasidagi ko’chish, oksidlanish - qaytarilish , kimyoviy bog’lanishni qayta taqsimlanishi hisobiga, kimyoviy birikmalarning fazoviy izomerlanish reaktsiyalarini katalizlovchi ferment.
Har bir sinf tarkibiga «sinfchalar» kiradi. Bu narsa fermentlarning tanlovchanligi bilan belgilangan. Masalan, gidrolazalar sinfiga kiruvchi peptidazalar kelib chiqadi. Оqsil peptidlarga gidrolizlaydi. Peptidazalar oqsilni aminokislotalargacha parchalaydi.