Microsoft Word 00 KeyNote Speakers Materiallar


IV INTERNATIONAL SCIENTIFIC CONFERENCE OF YOUNG RESEARCHERS



Yüklə 22,28 Mb.
Pdf görüntüsü
səhifə9/148
tarix16.02.2017
ölçüsü22,28 Mb.
#8634
1   ...   5   6   7   8   9   10   11   12   ...   148

IV INTERNATIONAL SCIENTIFIC CONFERENCE OF YOUNG RESEARCHERS 

22

 



Qafqaz University                                                                                          29-30 April 2016, Baku, Azerbaijan 

молекулярной  динамики  и  пример  использования  кинематической  модели  для  решения 

типовой задачи кинематики.  

Чтобы пояснить основную идею нашего подхода, рассмотрим общую структуру алгоритма 

метода  молекулярной  динамики  на  примере  пакета GROMACS и  сравним  ее  с  блок-схемой 

кинематической модели: 

 

 

 



 

 

 



 

 

 



 

 

 



 

 

 



 

 

 



 

 

 



 

 

А) Общая структура модели МД



 

 

Б) Структура кинематическоймодели 



Как  видно  из  сравнения  блок-схем,  в  обобщенной  кинематической  модели  отсутствуют 

блоки,  связанные  с  вводом  силовых  полей  и  расчета  соответствующих  градиентов, 

определяющих ускорения, действующие на частицы, роль которых играют атомы молекулы. В 

кинематической  постановке  задача  сводится  к  заданию  начальных  условий,  описывающих 

движение  тела  или  системы  тел,  а  дальнейшее  движение  определяется  силами,  заданными  в 

задаче,  при  этом  силы  могут  быть  заданы  в  форме  ускорений,  в  соответствии  со  вторым 

законом  Ньютона.  В  задачах  молекулярной  динамики  рассматриваются  причины,  а 

следовательно,  и  математические  модели  различных  типов  взаимодействий  между  атомами 

высокомолекулярных  соединений,  другими  словами,  важную  роль  играют  причина 

возникновения сил взаимодействия. Описание механизмов взаимодействия здесь определяется 

заданием  силовых  полей,  которые  могут  определяться  как  из  «первых  принципов»,  так  и  на 

основе экспериментальных данных.  

В нашей универсальной кинематической модели была реализована схема Б). При создании 

модели  были  реализованы  как  консольный  вариант,  так  и  вариант  с  визуальным 

программированием на базе Borland Builder 6.   

В  качестве  примера  проведения  компьютерного  эксперимента  рассмотрим  следующую 

задачу:  

Камень  брошен  вертикально  вверх  с  башни  высотой 25 м.  со  скоростью 20 м/с.  После 

достижения максимальной высоты, камень падает вниз вдоль своей же траектории, не ударяясь 

о  башню,  а  затем  ударяется  о  землю.  Найти  а)  Максимальную  высоту  от  точки  бросания;  б) 

Время достижения максимальной высоты; 

Эта  задача  является  примером  прямой  задачи.  Посредством  входного  файла  вводятся 

исходные  данные  задачи.  Выходной  файл,  файл  траектории,  содержит  исчерпывающую 

информацию о движении тела, следовательно, содержит ответы на вопросы задачи.    



IV INTERNATIONAL SCIENTIFIC CONFERENCE OF YOUNG RESEARCHERS 

23

 



Qafqaz University                                                                                          29-30 April 2016, Baku, Azerbaijan 

Для примера, используя выходной файл траектории, определим ответы на вопросы задачи. 

Рассмотрим фрагмент файла, содержащий наивысшую точку траектории:  

==================Current time ct=2.000037 ------- Particle #ip=0  

 x[0]=0.000001;  y[0]=44.989559;  

 vx[0]=0.000001;  vy[0]=-0.000362;  

Отсюда видно, что максимум высоты достигается после значения высоты  y=44.989559 м,  

при  этом  скорость  тела  уже  через 1/1000 секунды  становится  отрицательной.  Разумеется, 

уменьшив  интервал  времени  итерации,  можно  получить  заранее  заданную  точность. 

Аналитическое решение дает  Hmax=45 м; 

Время достижения максимальной высоты можно определить из того же фрагмента файла 

траектории: текущее время, соответствующее максимальной высоте равно 2 секундам. 

Используя  специально  разработанные  утилиты,  аналогично  системам,  моделирующим 

молекулярную  динамику,  можно  построить    графическое  изображение  траектории  движения 

тела,  однако,  для  этой  же  цели  можно  использовать  и  готовые  прикладные  программы, 

например, MS EXCELL. Графическое изображение траектории с использованием данных файла 

траектории, полученное таким образом, приведено ниже: 

 

 



 

 

 



 

 

 

 

 

 

 

ЭЛЕКТРОННЫЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ ПРОСТРАНСТВЕННЫХ 

СТРУКТУР АДРЕСНЫХ  ФРАГМЕНТОВ МОЛЕКУЛ  

ГЕМОКИНИНА-1 ЧЕЛОВЕКА И ГЕМОКИНИНА-1 

МЫШИ/КРЫСЫ 

 

Г.А.АГАЕВА  

Бакинский Государственный Университет 



gagayeva1@qu.edu.az  

АЗЕРБАЙДЖАН



 

У.Т.АГАЕВА  

Институт Физических Проблем 

АЗЕРБАЙДЖАН

 

 

Флуктуации  полярных  групп  в  пределах  пептидной  молекулы  в  зависимости  от  заряда, 

электростатического  поля  или  конформационного  изменения  играют  важную  роль  в 

определении  структуры  и  связывающих  свойств  молекулы.  Было  показано,  что  флуктуации 

атомных  зарядов  при  конформационных  изменениях  достигают  нескольких  десятых  единиц 

заряда  электрона.  Этот  эффект  является  одним  из  проявлений  электронно-конформационного 

взаимодействия  и  может  вносить  существенный  вклад  в  изменение  энергии  взаимодействия 

между  функциональными  группами  и  в  изменение  реакционной  способности  молекулы. 

Электронное строение адресных пентапептидов молекул гемокининов-1 изучалось с помощью 

полуэмпирическиого  метода  квантовой  химии CNDO, позволяющего  количественно  оценить 

суммарное  влияние  структурных  изменений  на  распределение  электронной  плотности 

молекулы  в  целом  и  в  любой  ее  части.  Расчеты  электронной  структуры  проводились  с 

использованием  комплекса  сервисных  программ HyperСhem v. 8.0, позволяющего  проводить 

квантово-химические  расчеты  молекул  методом CNDO. Для  реализации  поставленной  цели 

необходимо  решение  задачи,  которая  предусматривает  анализ  полученных  квантово-

0.1


0.2

0.3


0.4

0.5


IV INTERNATIONAL SCIENTIFIC CONFERENCE OF YOUNG RESEARCHERS 

24

 



Qafqaz University                                                                                          29-30 April 2016, Baku, Azerbaijan 

химическим методом величин, характеризующих электронное строение  исследуемых молекул 

пентапептидамидов – эффективных  зарядов  и  электронных  плотностей  на  атомах, 

энергетических  характеристик  и  дипольных  моментов.  Кроме  этого,  интересно  было 

проследить  изменение  перечисленных  параметров  а,  следовательно,  и  протоноакцепторной 

способности потенциального реакционного центра в молекулах в зависимости от электронной 

природы  заместителя,  т.е.  замещения  боковой  цепи  остатка  фенилаланин (Phe) на  радикал 

остатка  тиразин (Tyr), который  содержит  присоединенную  к  бензольному  кольцу 

гидроксильную группу.  

 

 



Рис.1  Энергетически  предпочтительная  конформация  адресного  пентапептида  гемокинина-1  человека  (а) , 

распределение  электронной  плотности  в  данной  конформации    и  (б)  электростатический  потенциал  в  данной 

конформации (зеленый цвет – положительная область, черный цвет – отрицательная область). 

 

   



 

 

Рис. 2. Энергетически предпочтительная конформация адресного пентапептида гемокинина-1 мыши/крысы (а), 

распределение  электронной  плотности  в  данной  конформации  (б)  и  электростатический  потенциал  в  данной 

конформации (зеленый цвет – положительная область, черный цвет – отрицательная область). 

 

Спиральные конформации пентапептидов реализуются взаимодействием пептидных групп 



остова, т.е. орбиталями карбонильной группы и неподеленных электронных пар атомов азота и 

кислорода, что приводит к высокой полярности таких молекул и лабильности их электронного 

строения  при  замещении  и  под  влиянием  межмолекулярных  взаимодействий.  Наличие  в 

молекулах  пентапептидамидов  двух  потенциально  реакционно  способных  центров – атома 

кислорода  карбонильной  группы  и  атома  азота  аминогруппы – позволяет  им  в  принципе 

образовывать  два  типа  связей  с  молекулами  донорами  протона.  На  рис. 1 приведены 

распределение  электронной  плотности  (б)  и  эквипотенциальная  поверхность  (в)  в 

энергетически  предпочтительной  конформации  адресного  пентапептидного  фрагмента 

гемокинина-1человека.  В  дальнейшем  расчеты  проводились  только  с  оптимизацией 


IV INTERNATIONAL SCIENTIFIC CONFERENCE OF YOUNG RESEARCHERS 

25

 



Qafqaz University                                                                                          29-30 April 2016, Baku, Azerbaijan 

геометрических параметров заместителя бензольного кольца, тем самым прослеживая влияние 

другого  заместителя  на  распределение  электронной  плотности  бензольного  кольца. 

Электростатический потенциал молекул часто позволяет интерпретировать их электрофильные 

и  нуклеофильные  свойства  м  в  основном  и  электронно-возбужденном  состояниях. 

Электростатический  потенциал  чувствителен  даже  к  малым  изменениям  молекулярной 

структуры.  

 

Таблица 1.Электронные характеристики глобальных конформаций C-концевого пентапептида Phe1-Phe2-Gly3-

Leu4-Met5NH2 молекул гемокинина-1 человека (ккал/моль). 

c-концевой 

адресный 

фрагмент 

Полная 

энергия 


 

Эн

ерги



я 

связывания

 

Энергия  



изолированных  

атомов 


Электр

онная


  

энергия


 

Энергия  

взаимодействия  

остовов 


Суммарный  

дипольный  

момент 

(Debay) 


h HK-1 

-271520  -24767 

-246753 

-2215709 

194489 

43 


 

Таблица 2.Электронные характеристики глобальных конформаций C-концевого пентапептида Phe1-Tyr2-Gly3-

Leu4-Met5NH2 молекулы гемокинина-1 мыши/крысы(ккал/моль). 

c-концевой 

адресный 

фрагмент 

Полная 


Энергия 

Эн

ерги



я 

связывания

 

Энергия  



изолирован- 

ных атомов 

Электр

онная


 

энергия


 

Энергия  

взаимодействия  

остовов 


Суммарный  

дипольный  

момент 

(Debay) 


r/m HK-1 

-283089 


-24990 

-258099 


-2297800 

201474 


45 

 

Сравнение  рассчитанных  величин  дипольных  моментов  двух  исследуемых  молекул, 



согласно  таблицам 1 и 2 между  собой  показывает,  что  более  высоким  дипольным  моментом 

обладает  молекула  пентапептида Phe1-Tyr2-Gly3-Leu4-Met5NH2, т.е.  замещение  атома 

водорода  в  бензольном  кольце Tyr на  гидроксильную  группу  –ОН  увеличивает  дипольный 

момент.  Разница  в  значениях  дипольных  моментов  рассматриваемых  пентапептид  амидов 

связана  с  различиями  в  их  электронной  природе,  обусловленными  присутствием  в 

гидроксильной  группе  атомов  кислорода,  обладающего  значительной  величиной 

электроотрицательности. 

Таким  образом,  анализ  зарядовых  характеристик  и  электронной  плотности  на  атомах 

пептидных  групп  исследуемых  пентапептидамидов  позволяет  сделать  вывод,  что  большей 

электронодонорной  способностью  обладают  атомы  кислорода  карбонильной  группы  по 

сравнению  с  другими  атомами  молекул  пентапептидамидов.  По  всей  видимости  наличие  в 

пентапептидах  высокозаряженных  пептидных  групп  играет  существенную  роль  в  их 

реакционной способности, т.е. биологической активности.  

 

 

 

 

 

 

 

 

 


IV INTERNATIONAL SCIENTIFIC CONFERENCE OF YOUNG RESEARCHERS 

26

 



Qafqaz University                                                                                          29-30 April 2016, Baku, Azerbaijan 

(Ag

2

S)

6

 VƏ (Au

2

S)

6

 NANOQURULUŞLARININ ENERGETİK  

PARAMETRLƏRİNIN TƏYİNİ 

 

Faiq H. PAŞAYEV, Arzuman Q. HƏSƏNOV, Günay S. ABBASOVA,  

Gülbahar R. MİRZƏYEVA 

hasanovarzuman@hotmail.com 

AZƏRBAYCAN 



 

Nanoquruluşların bir sıra xassələrin təcrübi tədqiqi zamanı müəyyən çətinliklər yaranır. Belə 

çətinliklərin bəzilərini nəzəri tədqiqatlar aparmaqla aradan qaldırmaq olar. İşdə (Ag2S)6 və (Au2S)6 

nanohissəciklərin elektron quruluşunu Molekulyar orbitallar (MO) metodunun yarımempirik variantı 

olan Volfsberq – Helmhols (VH) metodu ilə  tədqiqinə baxılmışdır. Nanoquruluşların xassələrini 

tədqiq etmək üçün Ui molekulyar orbitalların analitik ifadəsi məlum olmalıdır. MO LCAO 

yaxınlaşmasına  əsasən Ui funksiyaları nanoquruluşdakı atomların  χq atom orbitallarının xətti 

kombinasiyası  şəklində axtarılır. Atom orbitalları olaraq eksponensial tipli funksiyalardan istifadə 

olunur. Belə funksiyalar olaraq Qauss və Sleyter funksiyaları götürmək olar. Müəyyən edilmişdir ki, 

Sleyter funksiyaları valent oblastda elektronun halına Qauss funksiyalarına nisbətən daha yaxşı təsvir 

edir. Hesablamalarda atom orbitalları kimi Sleyter funksiyalarından istifadə olunmuşdur [1]. Ui 

molekulyar orbitallarını qurmaq üçün Ag atomların 5s-,5px-, 5py-, 5pz- və Au atomlarının 6s-, 6px-, 

6py-, 6pz- və S atomlarının 3s-, 3px-, 3py-, 3pz- valent atom orbitallarından istifadə olunmuşdur[2, 3, 

4]. (Ag2S)n və (Au2S)n nanoquruluşlarında n-i tapmaq üçün 

=

 

 



 

 

 



 

 

(1) 



düsturundan istifadə edilir. “Kip qablaşdırılmış” zərrəciklər modelinə əsasən hesab olunur ki, Ag2S və 

Au2S-lər R-radiuslu sferanın içərisini doldururlar. 



h

r

- isə Ag2S və Au2S birləşmələrini içərisində 

saxlayan sferanın radiusudur (Şəkil 1). 

 

Şəkil 1. Au2S birləşməsi və nanohissəciyinin modeli    

rh-ı hesablamaq üçün atomların aşağıdakı kovalent radislarından istifadə edilmişdir: 

r

,



 

;   


r

,

 



r

,

 



 

 

Nəticədə Ag2S və Au2S üçün rh=0,357 nm alınmışdır. (Ag2S)n və (Au2S)n üçün isə R=0,65 nm 



götürülmüş  və n=6 alınmışdır. Nanohissəciklərin modelləri qurulmuş  (Şəkil 2) və atomların dekart 

koordinatları tapılmışdır (Cədvəl 1). 



IV INTERNATIONAL SCIENTIFIC CONFERENCE OF YOUNG RESEARCHERS 

27

 



Qafqaz University                                                                                          29-30 April 2016, Baku, Azerbaijan 

 

 



 

 

Şəkil  2. (Ag2S)6 və (Au2S)6  nanohissəciklərinin modelləri 

 

Cədvəl 1. (Ag2S)6 və (Au2S)6 nanohissəciklərinə daxil olan atomların dekart  koordinatları(a.v.) 

 

Sıra 


N-si 

(Ag


2

S)

6



 (Au

2

S)



6

 

X Y Z X Y Z 



-3.529386198   -2.363916043   -2.662530684   -5.787250769   -4.494545303   6.903247874 

-3.529386198   2.700551989  



-2.662530684   -5.787250769   0.569714859  

6.903247874 

0.85649981  



5.232748211  

-2.662530684   -1.401251377   3.10198667  

6.903247874 

5.242555893  



2.700457503  

-2.662530684   2.984955884  

0.569601475  

6.903247874 

0.856669886  



-4.896187854   -2.662530684   2.984955884  

-4.494658687   6.903247874 

5.242555893  



-2.3642184  

-2.662530684   -5.78572009  

0.562042568  

0.124136159 

0.856821064  



-4.895904395   -9.442360496   -1.40102461  

3.09686551  

0.12481646  

-3.528913766   2.700646476  



-9.441302249   2.986486563  

0.567069241  

0.124910947 

0.856745475  



5.233315129  

-9.440678639   2.989377845  

-4.497549969   0.124344029 

10 


5.242801558 

2.701024421  

-9.440905406   -5.783263445   -4.502501054   0.130032106 

11 


5.242782661  

-2.363670379   -9.441736886   -1.395204251   -7.032316219   0.123663727 

12 

-3.528384643   -2.363859351   -9.442303804   -1.401043507   -7.026930498   6.903247874 



13 

-6.038376573   -3.812958613   -6.052776292   5.499709927  

-5.946063415   3.513909335 

14 


-6.039000183   4.149405586  

-6.051623559   5.495155685  

2.017283442  

3.514778609 

15 

0.856235248  



8.13194829  

-6.051415689   -8.293028609   -5.950164123   3.520315509 

16 

7.752812386  



4.149707943  

-6.051037744   -1.40323559  

5.998578925  

3.511830635 

17 

0.856783269  



-7.795387933   -6.053777847   -8.297223802   2.013692961  

3.511471587 

18 

7.753114742  



-3.814357011   -6.052889676   -1.39548771  

-9.929966722   3.513795951 

 

Yuxarıda qeyd olunan bazisdə hesablamalar aparmaqla (Ag2S)6 və (Au2S)6 nanohissəciklərinin 



orbital enerjiləri, ionlaşma potensiallarının qiyməti, qadağan olunmuş zonanın eni, möhkəmliyi və 

şüalandıra biləcəyi fotonun dalğa uzunluğu hesablanmışdır. Hesablamaların nəticələri Cədvəl 2 və 3-

də verilmişdir. 

 

 



 

 

 



 

 


IV INTERNATIONAL SCIENTIFIC CONFERENCE OF YOUNG RESEARCHERS 

28

 



Qafqaz University                                                                                          29-30 April 2016, Baku, Azerbaijan 

Cədvəl 2. (Ag

2

S)



6

 və (Au


2

S)

6



 nanohissəcikləri üçün 

YTMO

 



yuxarı tutulmuş və 

ABMO

 



aşağı boş molekulyar orbitalların 

enerjilərinin hesablanmış qiymətləri 

Sıra  

N-si 


Nanoobyekt Yuxarı tutulmuş molekulyar 

orbitalın enerjisi 



YTMO

(eV) 



Aşağı boş molekulyar orbitalın 

enerjisi 



ABMO

(eV) 



1 (Ag2S)6 

-10.11948624 

-10.10511851 

2 (Au2S)6 

-11.20329805 

-11.20237285 

 

Cədvəl 3. Kompüter hesablamalarının nəticələri 

Sıra 


N-

si 


Nano-

obyekt 


Tam enerji 

E (a.v.) 

Stabilləşmə 

parametri 



E

(a.v.) 



Qadağan  

olunmuş zona



YTMO

ABMO



(eV) 


İonlaşma 

potensialı  



p

I

(eV) 


Nano-

hissəciyin 

möhkəmliyi 

 



Şüalandıra 

biləcəyi 

dalğa 

uzunluğu 



 (mkm) 


1 (Ag

2

S)



6

 

-31.838134 -0.02 



0.014 

10.12 


0.007 

86.523 


2 (Au

2

S)



6

 

-32.017092 -0.29 



3.4E-05  11.20 

1.7E-05 


1343.64 

 

 

BEYİN NEUROTROPHIC FAKTORU, BDNF MOLEKULUNUN  

SER-LYS-LYS-ARG TETRAPEPTİDİNİN  KONFORMASIYA ANALİZİ 

 

G.Z.NƏCƏFOVA  

Qafqaz Universiteti 



gnecefova@qu.edu.az 

AZƏRBAYCAN



 

G.Ə.AĞAYEVA 

Bakı Dövlət Universiteti 



gagayeva1@qu.edu.az  

AZƏRBAYCAN



 

 

Beyin neurotrophic faktoru (BDNF), neurotrophinlər ailəsinin üzvü -böyük həcmlı zülal 

molekuludur, insanin yaşlı  və qocalma dövründə  mərkəzi sinir sisteminin bir neçə regionunun 

plastikliyinin inkişafında vacib rol oynayır. Məlumdur ki, sinir sistemində zülal fosforlaması, 

ağacşəkilli cytoskeletal onurğa sütunlarının  və yeni neyronlar nəslinin yenidən qurulması BDNF 

molekulunun funksional  və morfoloji dəyişikliklərındən asılıdır. Müəyyən edilib ki, BDNF-in ifadə 

səviyyəsinin azaldılması Parkinson xəstəliyinin, depressiyanın və  əsəb gərginliklərinin  əlamətlərinə 

gətirib çıxarır,  əksinə autizm pozulmaları isə BDNF molekulunun artımı ilə  səciyyələndirilir.  Əlavə 

olaraq,göstərilmişdir ki, erkən mərhələlərdə başlayan BDNF defisiti Altsheymer xəstəliyin və neyronal 

degenerasiyanın sonuncu mərhələlırində xolinergik neurotransmissionun hüceyrələrin ölümü və itkisi 

ilə  nəticələnir. Bununla əlaqədar olaraq, insanın neyrodegenerativ xəstəliklərin potensial  müalicə 

strategiyası  kimi  BDNF  səviyyələrinin farmakoloji modulyasiyası  təklif edilmişdir. Lakin bir neçə 

amillər bu BDNF səviyyəsinin modulyasiyası yanaşmasının istifadəsinə mane olur. Bunlardan biri 

BDNF molekulun çox qısa (1 dəqiqədən az) plazma yanı həyatıdır, sonra beyin qanınındakı maneələr 

və  çətin intraparential daxil olunmasıdır. Bu baxımdan özü BDNF-dən törəyən, BDNF-in 

funksiyalarını  modullaşdıra bilən, qan molekullarının zərbəsindən keçə bilən və yüksək stabilliyə 

malik olan daha kiçik peptid molekulların istifadəsi cazibədar alternativ yanaşma kimi qəbul edilə 

bilər. Belə daha kiçik peptid molekullar neurotrophic faktorun mimetiklərı kimi  farmakoloji cəhətdən 

daha yaxşı xidmət edə bilən agentlər ola bilərlər. Bu məqsədlətədqiqatçılar tərəfindən BDNF-in 

müxtəlif aktiv regionlarına müvafiq olaraq müxtəlif tetrapeptid fraqmentləri seçilmişdir. BDNF-in 

funksiyasını təqlid etmək üçün bu peptidlərin mümkün neyrogenik xassələri, neyrotrofik potensialı və 

həmçinin müqayisəli effektləri  öyrənilmışdir. Bu tədqiqatda Ser-Lys-Lys-Arg tetrapeptidi  qismən  

antaqonistlər kimi və BDNF ilə  onun TrkB reseptorunu fəallaşdırmaq məqsədi ilə  rəqabət aparan 

peptidlər kimi göstərilmişdir. Beləliklə tədqiqatçılar  aldıqları  nəticələr əsasında belə fikrə gəlmişlər 

ki, bu sitez edilmiş tetrapeptidin terapevtik dərman kimi inkişafı, yəni modifikasiyası    və nevroloyi 

xəstəliklərin müalicəsində istifadəsi nəzərdə tutula bilər. Məlumdur ki, peptid təbiətli molekullar 



Yüklə 22,28 Mb.

Dostları ilə paylaş:
1   ...   5   6   7   8   9   10   11   12   ...   148




Verilənlər bazası müəlliflik hüququ ilə müdafiə olunur ©azkurs.org 2024
rəhbərliyinə müraciət

gir | qeydiyyatdan keç
    Ana səhifə


yükləyin