İslahatlar istiqamətində ilk addımlar-ikipilləli ali təhsilin tətbiqi Azərbaycan öz müstəqilliyini əldə edəndən sonra digər sahələrdə olduğu kimi təhsildə də köklü islahatlar zərurəti ortaya çıxdı. Sovet təhsil sistemindən modern və dünya standartlarına uyğun təhsil sisteminə keçid prosesinin başlaması ötən əsrin 90-cı illərinin ortalarına təsadüf edir. Bu istiqamətdə atılmış ilk önəmli addım 1993-cü ildə ölkədə ikipilləli ali təhsilin (bakalavriat və magistratura) tətbiqinə başlanılmasıdır. Həmin il ilk dəfə ölkənin 23 ali təhsil müəssisəsində bakalavr pilləsinə tələbə qəbulu həyata keçirilib. Sonradan bakalavr təhsilinin məzmununda köklü dəyişikliklər və yenilənmələr baş verib. Qaydalar daha da təkmilləşdirilib, dünya təhsil sisteminin tələblərinə uyğun standartlar tətbiq edilib və təhsildə kredit sisteminin tətbiqi prosesi başlayıb. 1997-ci ildə ali təhsilin bakalavriat pilləsində ilk buraxılış olduqdan sonra ali məktəblərdə ali təhsilin ikinci – magistratura pilləsinə keçilməsinin tətbiqi başlayıb. 2005-ci ilə qədər magistraturaya qəbul ali məktəblər tərəfindən aparılıb. Həmin il magistraturaya tələbə qəbulu Azərbaycan prezidentinin fərmanı ilə Tələbə Qəbulu üzrə Dövlət Komissiyasına tapşırılıb ki, bu da ali təhsilin ikinci pilləsinə qəbul prosesinin sınaqdan uğurla çıxmış test üsulu ilə həyata keçirilməsini təmin edib.
Struktur islahatları 1999-cu ildə «Azərbaycan Respublikasının təhsil sahəsində İslahat Proqramı» təsdiq olunduqdan sonra bütün təhsil sistemində, o cümlədən ali təhsil pilləsində islahatlar sistemli xarakter alıb. Həmin proqram əsasında digər pillələrdə olduğu kimi, ali təhsildə də struktur dəyişiklikləri aparılıb, müəssisələrin şəbəkəsi optimallaşdırılıb, mütəxəssis hazırlığının strukturuna yeni ixtisaslar əlavə olunub. Təhsil müəssisələrinə xeyli müstəqillik, geniş səlahiyyətlər verilib. Ali məktəblər elmi şuraların, dövlət attestasiya komissiyalarının tərkibinin, öz daxili strukturunun müəyyənləşdirilməsi, Dövlət təhsil standartları əsasında ixtisaslar üzrə tədris planlarının hazırlanması və digər məsələləri də müstəqil həll etməyə başlayıblar. Bundan əlavə, 6 ali məktəbə daha geniş müstəqillik verilib və onlar fəaliyyətlərini özünüidarəetmə prinsipi əsasında qurmağa başlayıblar. Həmin ali məktəblərin dövlət büdcəsindən ayrıca bəndlə maliyyələşdirilməsi 2001-ci ildən etibarən həyata keçirilir.
