Layihə idarəedilməsinin təşkilati strukturu – layihənin elementləri arasındakı əlaqə və münasibətlərdir.Təşkilati struktur – layihənin sxemi, onun şaquli və üfüqi quruluşudur. İstənilən layihə şaquli və üfüqi istiqamətlər üzrə qurulur. Üfüqi quruluş - şöbə və bölmələr, şaquli quruluş isə vəzifə iyerarxiyası və tabeçilik sistemidir.
Layihənin təşkilati strukturlaşdırılması bölgüsünə aşağıdakı əsaslar daxil olmalıdır:
Layihənin böhranı zamanı cavabdeh şəxslərin idarəetmə bacarıqları;
Mövcud resurslara və təşkilati struktura nəzərən layihənin müxtəlif elementləri üçün məsuliyyət bölgüsü;
Dəqiq, zəruri xərclərin qiymətləndirilməsi - maliyyə,vaxt və material;
Planlaşdırma, büdcə, dəyər nəzarəti üçün vahid bazanın yaradılması;
Mühasibat uçotu sistemi ilə layihənin koordinasiyası;
Layihə subyektləri üçün layihə məqsədlərinin dəqiqləşdirilməsi;